More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0653 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 353 aa  710    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  56.28 
 
 		 359 aa  382  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  55.36 
 
 		 346 aa  377  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  56.53 
 
 		 351 aa  376  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  57.31 
 
 		 346 aa  370  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  55.49 
 
 		 363 aa  371  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  55.65 
 
 		 359 aa  369  1e-101  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  55.97 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  55.4 
 
 		 353 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  55.4 
 
 		 353 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  54.57 
 
 		 369 aa  364  2e-99  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  55.56 
 
 		 360 aa  359  5e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  54.2 
 
 		 366 aa  359  5e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  53.28 
 
 		 369 aa  355  5e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  53.48 
 
 		 354 aa  354  1e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  55.85 
 
 		 342 aa  353  2e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  57.63 
 
 		 352 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  54.26 
 
 		 369 aa  350  2e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  53.89 
 
 		 353 aa  348  1e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  54.17 
 
 		 353 aa  347  2e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  54.17 
 
 		 353 aa  347  2e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  52.7 
 
 		 365 aa  341  1e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  50.82 
 
 		 358 aa  337  9.999999999999999e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  55.21 
 
 		 348 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  53.85 
 
 		 371 aa  330  2e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  51.28 
 
 		 360 aa  328  6e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  50.13 
 
 		 390 aa  323  2e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  51.51 
 
 		 366 aa  323  4e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  55.74 
 
 		 366 aa  321  1.9999999999999998e-86  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  46.91 
 
 		 408 aa  316  5e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  52.91 
 
 		 358 aa  315  9.999999999999999e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  55.05 
 
 		 311 aa  314  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  51.93 
 
 		 358 aa  311  1e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  48.21 
 
 		 361 aa  308  6.999999999999999e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  54.89 
 
 		 374 aa  297  2e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  43.75 
 
 		 374 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  44.02 
 
 		 355 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  43.49 
 
 		 339 aa  248  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  45.05 
 
 		 365 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  44.78 
 
 		 341 aa  246  3e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  44.73 
 
 		 345 aa  241  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  46.2 
 
 		 350 aa  239  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  44.07 
 
 		 314 aa  235  9e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  40.92 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  44.76 
 
 		 337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  46.67 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  45.9 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  45.9 
 
 		 341 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 344 aa  153  4e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  33.96 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  35.74 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  37.69 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  30.89 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  32.55 
 
 		 608 aa  125  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  35.42 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.73 
 
 		 582 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.81 
 
 		 847 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  36.14 
 
 		 321 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  30.58 
 
 		 871 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  25.38 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.63 
 
 		 436 aa  106  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  30.12 
 
 		 818 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  30 
 
 		 872 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  31.35 
 
 		 763 aa  103  5e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  29.81 
 
 		 646 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.08 
 
 		 583 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  32.12 
 
 		 759 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 508 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  31.6 
 
 		 896 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.53 
 
 		 495 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  28.44 
 
 		 861 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  31.05 
 
 		 758 aa  100  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  30.93 
 
 		 656 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.13 
 
 		 766 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  30.93 
 
 		 758 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  30.93 
 
 		 758 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  32.63 
 
 		 828 aa  99  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  35.89 
 
 		 825 aa  97.8  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  35.91 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  27.06 
 
 		 902 aa  97.1  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.54 
 
 		 350 aa  96.7  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  32.34 
 
 		 314 aa  96.3  7e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  30.15 
 
 		 603 aa  95.9  9e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  32.74 
 
 		 657 aa  95.9  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  33.73 
 
 		 513 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.99 
 
 		 477 aa  95.9  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  34.02 
 
 		 513 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  32.01 
 
 		 847 aa  95.5  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  30.7 
 
 		 822 aa  94.7  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.07 
 
 		 354 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  29.79 
 
 		 534 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  26.81 
 
 		 813 aa  94.4  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  29.7 
 
 		 349 aa  93.6  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  30.94 
 
 		 351 aa  93.2  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  31.55 
 
 		 376 aa  92.8  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  27.71 
 
 		 877 aa  92.8  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.84 
 
 		 311 aa  92.4  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  34.12 
 
 		 513 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  36.09 
 
 		 312 aa  90.5  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  30.95 
 
 		 845 aa  90.1  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>