More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5744 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 434 aa  842    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  49.63 
 
 		 415 aa  348  9e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  50.25 
 
 		 408 aa  334  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 419 aa  333  5e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 417 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 406 aa  321  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 397 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  47.61 
 
 		 397 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 397 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  48.23 
 
 		 397 aa  305  7e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  43 
 
 		 411 aa  286  7e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  43 
 
 		 411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  43.47 
 
 		 392 aa  278  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 414 aa  270  4e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 417 aa  252  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 404 aa  225  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  35.7 
 
 		 481 aa  201  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 400 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  36.09 
 
 		 435 aa  184  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 426 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3271  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 421 aa  150  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 331 aa  143  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 384 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 320 aa  136  7.000000000000001e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 304 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  32.92 
 
 		 304 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 318 aa  126  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 316 aa  127  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 316 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 316 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 351 aa  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 323 aa  123  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 304 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 317 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 325 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3543  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0643746  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 309 aa  113  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 315 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 315 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 316 aa  113  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 331 aa  112  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  30.71 
 
 		 284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 315 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 316 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  111  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 308 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 314 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  31.86 
 
 		 302 aa  109  8.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  30.03 
 
 		 302 aa  109  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  30.03 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 320 aa  107  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 315 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 321 aa  106  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 321 aa  106  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 314 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 314 aa  106  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4981  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 323 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 323 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 312 aa  104  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 338 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 305 aa  104  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 333 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.78 
 
 		 300 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 328 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 314 aa  103  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 335 aa  103  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 341 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>