More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3717 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 702 aa  1426    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  58.83 
 
 		 727 aa  825    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  64.48 
 
 		 713 aa  867    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  47.84 
 
 		 727 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  47.35 
 
 		 719 aa  568  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  45.88 
 
 		 685 aa  531  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  43.95 
 
 		 694 aa  528  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  45.76 
 
 		 724 aa  525  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  45.31 
 
 		 687 aa  522  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  45.51 
 
 		 692 aa  523  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  45.31 
 
 		 687 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  45.27 
 
 		 694 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  45.13 
 
 		 742 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  44.36 
 
 		 677 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  44.69 
 
 		 693 aa  510  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  45.09 
 
 		 677 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  44.44 
 
 		 680 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  44.05 
 
 		 682 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  43.92 
 
 		 681 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  43.9 
 
 		 685 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  44.96 
 
 		 751 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  44.82 
 
 		 681 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  44.67 
 
 		 698 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  44.82 
 
 		 698 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  44.82 
 
 		 681 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  44.82 
 
 		 751 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  44.8 
 
 		 698 aa  490  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  44.9 
 
 		 725 aa  488  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  36.7 
 
 		 702 aa  364  3e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 		 706 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 681 aa  311  4e-83  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  33.33 
 
 		 681 aa  307  4.0000000000000004e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 		 730 aa  307  5.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  34.05 
 
 		 600 aa  300  8e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 		 744 aa  294  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1214  TonB-dependent receptor  32.07 
 
 		 734 aa  294  3e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.772889  normal  0.0390037 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  32.7 
 
 		 705 aa  289  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 682 aa  289  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 693 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  34.4 
 
 		 695 aa  283  8.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4488  TonB-dependent receptor  29.96 
 
 		 835 aa  279  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 		 821 aa  278  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  32.34 
 
 		 709 aa  278  3e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  30.67 
 
 		 758 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  32.97 
 
 		 714 aa  277  6e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  30.67 
 
 		 758 aa  276  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  31.43 
 
 		 689 aa  276  1.0000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  30.67 
 
 		 758 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  29.92 
 
 		 801 aa  275  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  30.32 
 
 		 758 aa  273  6e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  32.27 
 
 		 719 aa  272  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  32.64 
 
 		 714 aa  272  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  32.41 
 
 		 719 aa  272  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  31.2 
 
 		 689 aa  270  8.999999999999999e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 751 aa  268  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  31.84 
 
 		 676 aa  267  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  30.23 
 
 		 758 aa  267  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  32.85 
 
 		 699 aa  265  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 705 aa  258  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  29.4 
 
 		 709 aa  257  5e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  31.47 
 
 		 709 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 702 aa  254  5.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4869  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 784 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.188313  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 695 aa  253  9.000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  31.08 
 
 		 707 aa  249  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4192  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 784 aa  249  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0530533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2266  putative outer membrane hemin/siderophore receptor protein  30.84 
 
 		 774 aa  238  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4046  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 		 789 aa  237  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.236751 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 797 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 685 aa  234  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1405  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 783 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.148044  normal  0.749639 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0708  TonB-dependent receptor, plug  28.23 
 
 		 744 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  29.6 
 
 		 731 aa  228  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  29.61 
 
 		 723 aa  228  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  28.89 
 
 		 782 aa  224  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2631  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 799 aa  203  8e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0452445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 733 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 708 aa  200  7e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3729  TonB-dependent receptor, putative  25.84 
 
 		 778 aa  191  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000373318  normal  0.721597 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0270  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 766 aa  177  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 759 aa  141  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0069  iron-regulated outer membrane protein  38.18 
 
 		 868 aa  127  9e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.024885  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0859  TonB-dependent receptor plug  36.87 
 
 		 249 aa  126  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.152413  normal  0.604475 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1480  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 776 aa  125  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.329669  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2340  TonB-dependent receptor  38.79 
 
 		 836 aa  121  3e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000058543  normal  0.137103 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 732 aa  119  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2339  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 797 aa  93.6  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.608898  normal  0.596694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 		 735 aa  92.8  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 763 aa  89.7  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 730 aa  82  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 801 aa  79  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.91 
 
 		 728 aa  78.6  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 698 aa  76.6  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 824 aa  75.5  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  26.18 
 
 		 661 aa  74.3  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 649 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  31.72 
 
 		 776 aa  72.8  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 649 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 683 aa  71.6  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  31.69 
 
 		 776 aa  69.3  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>