More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0478 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  100 
 
 
216 aa  438  9.999999999999999e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.45 
 
 
229 aa  148  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0705  cyclic nucleotide-binding protein  30.3 
 
 
227 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0213  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 
224 aa  96.7  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  30.81 
 
 
233 aa  96.3  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1580  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.91 
 
 
215 aa  92  6e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.63 
 
 
226 aa  91.7  8e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.16 
 
 
226 aa  90.1  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.85 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990851  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01090  transcriptional regulator, crp family  30.05 
 
 
224 aa  87.4  1e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0911  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 
226 aa  86.7  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000610478  hitchhiker  0.00000000000000386547 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05960  cAMP-binding protein  30.58 
 
 
215 aa  85.5  6e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  28.77 
 
 
226 aa  85.1  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.1 
 
 
218 aa  83.6  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.07605e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1423  cyclic nucleotide-binding protein  26.92 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0243241  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 
226 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2189  hypothetical protein  30.54 
 
 
219 aa  81.6  0.000000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0895568  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0034  cyclic nucleotide-binding protein  29.83 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000350916  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.73 
 
 
222 aa  79.3  0.00000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03090  cAMP-binding protein  28.12 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0333204  hitchhiker  1.31136e-22 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  25.12 
 
 
226 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  23.72 
 
 
224 aa  71.6  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 
225 aa  71.6  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000947161  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.19 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3149  cyclic nucleotide-binding protein  26.6 
 
 
238 aa  69.3  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.77 
 
 
225 aa  68.2  0.00000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.27 
 
 
350 aa  66.2  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  24.22 
 
 
223 aa  64.3  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
220 aa  64.3  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
225 aa  63.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.84 
 
 
348 aa  62.8  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.52 
 
 
225 aa  62.4  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 
229 aa  61.6  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
231 aa  61.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2221  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
240 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.181319  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
226 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3341  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 
221 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0836398 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 
219 aa  60.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
240 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.39 
 
 
232 aa  60.5  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.06 
 
 
228 aa  60.5  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.32 
 
 
246 aa  59.7  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.21 
 
 
236 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.32 
 
 
229 aa  60.1  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  23.36 
 
 
239 aa  59.3  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.74 
 
 
220 aa  58.9  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.96 
 
 
230 aa  58.5  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0756  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
220 aa  58.5  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.26 
 
 
220 aa  58.2  0.00000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
226 aa  58.2  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2689  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.55 
 
 
246 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2472  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.72 
 
 
238 aa  57  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.26 
 
 
254 aa  57  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.37 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.24 
 
 
224 aa  57  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.73 
 
 
227 aa  57  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.05 
 
 
241 aa  56.6  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.5 
 
 
224 aa  56.6  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  25.4 
 
 
352 aa  56.6  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.92 
 
 
222 aa  55.8  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
232 aa  56.2  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2778  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.72 
 
 
238 aa  56.2  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0529131  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  24.08 
 
 
240 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  23.08 
 
 
231 aa  55.8  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.12 
 
 
239 aa  55.5  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.89 
 
 
229 aa  55.5  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.6 
 
 
231 aa  55.1  0.0000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  22.75 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.39 
 
 
222 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  23.74 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.37 
 
 
352 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.79 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.17 
 
 
234 aa  53.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
236 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1303  CRP/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
229 aa  53.5  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0519  Fnr-like transcriptional activator  20.85 
 
 
246 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  22.83 
 
 
226 aa  53.1  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.37 
 
 
225 aa  53.1  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.47 
 
 
241 aa  53.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.37 
 
 
228 aa  53.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
232 aa  53.1  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  24.3 
 
 
355 aa  53.5  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
236 aa  53.1  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.63 
 
 
229 aa  53.1  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
235 aa  53.1  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
218 aa  52.8  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.66 
 
 
224 aa  52.8  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  23.15 
 
 
236 aa  52.8  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  24.86 
 
 
215 aa  52.4  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  22.43 
 
 
236 aa  52.4  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.58 
 
 
233 aa  52.4  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.61 
 
 
229 aa  52  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.26 
 
 
230 aa  52  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0691  cyclic nucleotide-binding protein  26.24 
 
 
212 aa  52.4  0.000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.07 
 
 
242 aa  52  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.21 
 
 
222 aa  52  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0798  transcription regulator  25.14 
 
 
213 aa  52.4  0.000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892201  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  22.48 
 
 
225 aa  52.4  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>