More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0630 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 364 aa  745    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  68.33 
 
 		 360 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  67.78 
 
 		 360 aa  498  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  64.91 
 
 		 360 aa  454  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  56.94 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  57.89 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.89 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  55.43 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  55.37 
 
 		 367 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  56.3 
 
 		 359 aa  363  2e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  54.55 
 
 		 360 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  54.25 
 
 		 360 aa  360  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  53.06 
 
 		 359 aa  348  1e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  36.71 
 
 		 384 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  36.08 
 
 		 370 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  34.05 
 
 		 432 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  33.15 
 
 		 366 aa  182  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  33.88 
 
 		 403 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  34.36 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 		 360 aa  177  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 		 360 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 		 360 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  33.8 
 
 		 343 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.72 
 
 		 388 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  33.93 
 
 		 331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  30.51 
 
 		 354 aa  171  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  34.59 
 
 		 354 aa  170  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  32.86 
 
 		 357 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  31.32 
 
 		 364 aa  166  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  31.49 
 
 		 357 aa  162  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 		 361 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  31.65 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  31.93 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  30.22 
 
 		 369 aa  155  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  32.13 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 389 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  29.69 
 
 		 357 aa  153  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  30.95 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  30.37 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  29.69 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  30.03 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  30.57 
 
 		 405 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  28.53 
 
 		 357 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 		 371 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.64 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.3 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  30 
 
 		 523 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  26.74 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  29.14 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  28.57 
 
 		 359 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.92 
 
 		 402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 469 aa  128  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  25.7 
 
 		 359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 351 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  30.77 
 
 		 402 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.73 
 
 		 402 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  30.33 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.37 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  30.6 
 
 		 355 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.54 
 
 		 418 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  30.71 
 
 		 367 aa  119  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.37 
 
 		 390 aa  119  7.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 359 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  30.33 
 
 		 355 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  30.64 
 
 		 378 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  27.45 
 
 		 367 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.23 
 
 		 366 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 384 aa  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.47 
 
 		 356 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.39 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 416 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.99 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  31.43 
 
 		 416 aa  110  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.46 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 		 377 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.15 
 
 		 367 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 369 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  29.51 
 
 		 364 aa  106  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  29.15 
 
 		 367 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  28.2 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 361 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  24.46 
 
 		 415 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.18 
 
 		 384 aa  104  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.89 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  28.08 
 
 		 394 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  28.49 
 
 		 394 aa  103  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.61 
 
 		 356 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 366 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>