121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4252 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4252  outer membrane autotransporter  100 
 
 		 864 aa  1725    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3451  outer membrane autotransporter  37.53 
 
 		 909 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2797  outer membrane autotransporter  35.47 
 
 		 818 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  normal  0.0793019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3419  outer membrane autotransporter barrel domain protein  37.32 
 
 		 1009 aa  384  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.270033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3069  outer membrane autotransporter  36.03 
 
 		 825 aa  365  2e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.27692  normal  0.553853 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2655  outer membrane autotransporter  35.89 
 
 		 819 aa  365  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4307  outer membrane autotransporter  37.07 
 
 		 1099 aa  299  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157591  hitchhiker  0.00000542564 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4985  Outer membrane autotransporter barrel  35.95 
 
 		 1093 aa  296  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.68858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3175  outer membrane autotransporter  35.95 
 
 		 1093 aa  296  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0115385 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2939  outer membrane autotransporter barrel  34.48 
 
 		 1115 aa  268  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.988742  normal  0.687954 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1276  Outer membrane autotransporter barrel protein  34.82 
 
 		 1049 aa  253  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0821611 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2492  Outer membrane autotransporter barrel  36.75 
 
 		 914 aa  232  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.115679  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2763  autotransporter, putative  35.33 
 
 		 927 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0118216  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0640  outer membrane autotransporter  29.69 
 
 		 1763 aa  201  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3759  outer membrane autotransporter barrel  29.23 
 
 		 1753 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0190  Outer membrane autotransporter barrel  29.69 
 
 		 1762 aa  198  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.487352  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0673  outer membrane autotransporter  29.69 
 
 		 1762 aa  198  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0568  outer membrane autotransporter  29.84 
 
 		 1770 aa  195  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0594  outer membrane autotransporter  28.8 
 
 		 1770 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367872  normal  0.807711 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2710  outer membrane autotransporter  28.62 
 
 		 1748 aa  187  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1979  Outer membrane autotransporter barrel  31.93 
 
 		 947 aa  184  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0897948  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1059  outer membrane autotransporter barrel domain protein  29.01 
 
 		 1023 aa  183  1e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3806  Outer membrane autotransporter barrel  35.58 
 
 		 924 aa  181  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.27944  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3853  outer membrane autotransporter barrel domain protein  34.35 
 
 		 1055 aa  181  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.229574  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0614  Outer membrane autotransporter barrel  28.38 
 
 		 1741 aa  159  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0347869 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2662  ShdA  30.02 
 
 		 2057 aa  152  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.285141  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2844  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.28 
 
 		 1357 aa  142  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241851  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4055  putative autotransporter protein  25.79 
 
 		 1067 aa  142  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2454  ShdA  27.08 
 
 		 3322 aa  136  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0107  outer membrane autotransporter  25.98 
 
 		 1070 aa  134  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4206  outer membrane autotransporter  26.56 
 
 		 1594 aa  133  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4077  putative autotransporter protein  25.44 
 
 		 1070 aa  133  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00997828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2537  autotransporter beta-domain-containing protein  27.13 
 
 		 356 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686468  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1818  outer membrane autotransporter  28.28 
 
 		 358 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.694582  normal  0.431978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3656  outer membrane autotransporter  28.69 
 
 		 358 aa  131  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145714 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4057  outer membrane autotransporter  29.27 
 
 		 389 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.679978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1786  outer membrane autotransporter  29.27 
 
 		 358 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.682029  normal  0.590012 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0173  outer membrane autotransporter  26.13 
 
 		 1113 aa  125  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0108054  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1053  outer membrane autotransporter  25.3 
 
 		 3415 aa  125  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0586  outer membrane autotransporter  25.82 
 
 		 2926 aa  124  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1148  outer membrane autotransporter  25.42 
 
 		 3420 aa  123  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2817  outer membrane autotransporter  26.24 
 
 		 950 aa  122  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4201  outer membrane autotransporter  25.88 
 
 		 1579 aa  120  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.597985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1711  outer membrane autotransporter domain-containing protein  25.74 
 
 		 1327 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4504  outer membrane autotransporter  26.53 
 
 		 1012 aa  118  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.590771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2148  putative lipoprotein/autotransporter domain-containing protein  26.14 
 
 		 1806 aa  118  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.589392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01481  hypothetical protein  26.6 
 
 		 466 aa  115  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1980  autotransporter (AT) family porin  24.47 
 
 		 773 aa  106  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0125961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1247  autotransporter protein YapE  25.3 
 
 		 820 aa  104  6e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3228  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.6 
 
 		 868 aa  104  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00110064  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0318  outer membrane autotransporter  26.99 
 
 		 989 aa  104  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000433697 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0377  putative outer membrane autotransporter  25.85 
 
 		 1349 aa  101  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.120406 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0374  putative outer membrane autotransporter  25.85 
 
 		 1327 aa  100  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.514292  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0332  putative outer membrane autotransporter  25.73 
 
 		 1327 aa  99.4  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3532  outer membrane autotransporter  24.31 
 
 		 1571 aa  97.1  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3962  outer membrane autotransporter barrel domain  26.49 
 
 		 955 aa  94.7  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2288  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.59 
 
 		 806 aa  92  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540701 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3981  outer membrane autotransporter barrel domain  26.32 
 
 		 955 aa  91.3  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2810  outer membrane autotransporter  23.98 
 
 		 2578 aa  91.3  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03531  hypothetical protein  23.73 
 
 		 1165 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.1665  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2767  outer membrane autotransporter  24.86 
 
 		 1108 aa  90.5  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03479  hypothetical protein  23.73 
 
 		 1165 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.112471  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4855  outer membrane autotransporter  24.59 
 
 		 1861 aa  90.1  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2013  outer membrane autotransporter  23.06 
 
 		 1593 aa  88.2  6e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4858  outer membrane autotransporter  24.03 
 
 		 2906 aa  86.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0673  putative autotransporter protein  25.72 
 
 		 4391 aa  86.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3036  outer membrane autotransporter  29.22 
 
 		 995 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0743  outer membrane autotransporter  25.29 
 
 		 4312 aa  84  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0695  putative autotransporter protein  25.14 
 
 		 1259 aa  79.3  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.931243  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3370  outer membrane autotransporter  38.05 
 
 		 1068 aa  78.2  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2384  adhesin  27.84 
 
 		 1254 aa  75.1  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.985186 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0217  outer membrane protein IcsA  21.94 
 
 		 1102 aa  74.7  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1395  pertactin family protein  45.87 
 
 		 949 aa  74.3  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830364  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2249  antigen 43  45.87 
 
 		 948 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3865  outer membrane autotransporter  24.76 
 
 		 1269 aa  73.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3367  adhesin  26.58 
 
 		 1234 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4892  antigen 43  44.95 
 
 		 948 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3347  antigen 43  44.95 
 
 		 948 aa  72.4  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1426  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.83 
 
 		 1234 aa  71.6  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.221475  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2373  adhesin  26.77 
 
 		 1250 aa  71.6  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1418  adhesin  26.83 
 
 		 1234 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000765921 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1972  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.56 
 
 		 1197 aa  69.3  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.832027  normal  0.568069 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1662  pertactin family protein  26.69 
 
 		 1626 aa  67.8  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.459563 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2528  adhesin  27.15 
 
 		 1252 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3513  outer membrane autotransporter  28.18 
 
 		 1268 aa  67  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.273383  normal  0.696988 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0152  outermembrane transporter  31.18 
 
 		 861 aa  67  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000458443  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0694  putative autotransporter protein  28.18 
 
 		 1259 aa  67  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2985  putative autotransporter protein  21.3 
 
 		 638 aa  64.3  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3064  outer membrane autotransporter  21.3 
 
 		 638 aa  64.3  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3775  putative autotransporter protein  27.84 
 
 		 1285 aa  63.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2348  outer membrane autotransporter  30.69 
 
 		 1971 aa  62  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0734  outer membrane autotransporter barrel domain protein  37.17 
 
 		 1086 aa  61.6  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.837049 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1888  putative autotransporter protein  21.01 
 
 		 638 aa  61.2  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0815512  hitchhiker  0.00028295 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0763  outer membrane autotransporter  27.15 
 
 		 1254 aa  61.2  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1312  autotransporter (AT) family porin  26.27 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000904355  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0073  outer membrane autotransporter  30.07 
 
 		 943 aa  61.2  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.475524 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1657  outer membrane autotransporter barrel domain protein  31.82 
 
 		 1039 aa  60.8  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.656845  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01154  hypothetical protein  28.49 
 
 		 338 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0499  putative autotransporter protein  20.16 
 
 		 1004 aa  60.1  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0561  outer membrane autotransporter  20.27 
 
 		 997 aa  59.7  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>