135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2797 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3069  outer membrane autotransporter  69.76 
 
 		 825 aa  1010    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.27692  normal  0.553853 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2655  outer membrane autotransporter  70.33 
 
 		 819 aa  1006    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2797  outer membrane autotransporter  100 
 
 		 818 aa  1633    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  normal  0.0793019 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3451  outer membrane autotransporter  41.51 
 
 		 909 aa  542  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3419  outer membrane autotransporter barrel domain protein  35.68 
 
 		 1009 aa  448  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.270033 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4307  outer membrane autotransporter  40.83 
 
 		 1099 aa  348  3e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157591  hitchhiker  0.00000542564 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2763  autotransporter, putative  46.15 
 
 		 927 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0118216  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2492  Outer membrane autotransporter barrel  48.79 
 
 		 914 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.115679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2939  outer membrane autotransporter barrel  40.46 
 
 		 1115 aa  327  7e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.988742  normal  0.687954 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4985  Outer membrane autotransporter barrel  36.9 
 
 		 1093 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.68858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3175  outer membrane autotransporter  36.9 
 
 		 1093 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0115385 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1276  Outer membrane autotransporter barrel protein  34.62 
 
 		 1049 aa  266  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0821611 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1341  Outer membrane autotransporter barrel  33.46 
 
 		 1040 aa  254  3e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.108803  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4252  outer membrane autotransporter  37.12 
 
 		 864 aa  224  6e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3806  Outer membrane autotransporter barrel  38.12 
 
 		 924 aa  206  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.27944  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3853  outer membrane autotransporter barrel domain protein  35.25 
 
 		 1055 aa  204  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.229574  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2537  autotransporter beta-domain-containing protein  32.32 
 
 		 356 aa  160  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686468  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0614  Outer membrane autotransporter barrel  29.23 
 
 		 1741 aa  157  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0347869 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4206  outer membrane autotransporter  27.91 
 
 		 1594 aa  157  9e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0640  outer membrane autotransporter  32.27 
 
 		 1763 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0190  Outer membrane autotransporter barrel  31.78 
 
 		 1762 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.487352  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0673  outer membrane autotransporter  31.78 
 
 		 1762 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1818  outer membrane autotransporter  28.53 
 
 		 358 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.694582  normal  0.431978 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2710  outer membrane autotransporter  28.11 
 
 		 1748 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0568  outer membrane autotransporter  28.66 
 
 		 1770 aa  148  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3759  outer membrane autotransporter barrel  29.08 
 
 		 1753 aa  147  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1059  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.99 
 
 		 1023 aa  146  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0594  outer membrane autotransporter  27.82 
 
 		 1770 aa  145  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367872  normal  0.807711 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2662  ShdA  30.9 
 
 		 2057 aa  144  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.285141  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1979  Outer membrane autotransporter barrel  33.14 
 
 		 947 aa  144  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0897948  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1786  outer membrane autotransporter  28.57 
 
 		 358 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.682029  normal  0.590012 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4057  outer membrane autotransporter  28.9 
 
 		 389 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.679978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2817  outer membrane autotransporter  31.22 
 
 		 950 aa  140  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2454  ShdA  30.73 
 
 		 3322 aa  140  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3656  outer membrane autotransporter  28.84 
 
 		 358 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145714 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4055  putative autotransporter protein  27.98 
 
 		 1067 aa  134  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1148  outer membrane autotransporter  26.2 
 
 		 3420 aa  131  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1053  outer membrane autotransporter  26.2 
 
 		 3415 aa  129  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0377  putative outer membrane autotransporter  26.67 
 
 		 1349 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.120406 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1711  outer membrane autotransporter domain-containing protein  27.06 
 
 		 1327 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0332  putative outer membrane autotransporter  26.51 
 
 		 1327 aa  122  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2148  putative lipoprotein/autotransporter domain-containing protein  27.15 
 
 		 1806 aa  122  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.589392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0374  putative outer membrane autotransporter  26.51 
 
 		 1327 aa  121  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.514292  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01481  hypothetical protein  26.98 
 
 		 466 aa  117  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4201  outer membrane autotransporter  26.32 
 
 		 1579 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.597985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4504  outer membrane autotransporter  26.71 
 
 		 1012 aa  115  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.590771  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3228  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.19 
 
 		 868 aa  110  8.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00110064  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0586  outer membrane autotransporter  26.24 
 
 		 2926 aa  110  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4077  putative autotransporter protein  30.34 
 
 		 1070 aa  110  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00997828 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0107  outer membrane autotransporter  30.03 
 
 		 1070 aa  110  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0673  putative autotransporter protein  25.45 
 
 		 4391 aa  97.8  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3532  outer membrane autotransporter  25.69 
 
 		 1571 aa  97.4  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0743  outer membrane autotransporter  25.45 
 
 		 4312 aa  97.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1247  autotransporter protein YapE  26.83 
 
 		 820 aa  96.7  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1980  autotransporter (AT) family porin  25.3 
 
 		 773 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0125961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2767  outer membrane autotransporter  26.84 
 
 		 1108 aa  94  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0173  outer membrane autotransporter  25.05 
 
 		 1113 aa  92.8  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0108054  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2288  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.06 
 
 		 806 aa  90.5  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.540701 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03531  hypothetical protein  24.27 
 
 		 1165 aa  90.1  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.1665  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03479  hypothetical protein  24.27 
 
 		 1165 aa  90.1  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.112471  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1662  pertactin family protein  27.79 
 
 		 1626 aa  85.9  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.459563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2510  outer membrane autotransporter  25.09 
 
 		 2637 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.995236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0217  outer membrane protein IcsA  22.88 
 
 		 1102 aa  84.3  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3770  Outer membrane autotransporter barrel  28.2 
 
 		 1234 aa  81.6  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0372  Outer membrane autotransporter barrel  28.9 
 
 		 1277 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617347  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1657  outer membrane autotransporter barrel domain protein  29.4 
 
 		 1039 aa  79.3  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.656845  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1972  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.67 
 
 		 1197 aa  76.6  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.832027  normal  0.568069 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2810  outer membrane autotransporter  25.93 
 
 		 2578 aa  76.6  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4855  outer membrane autotransporter  26.39 
 
 		 1861 aa  76.6  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4858  outer membrane autotransporter  25.75 
 
 		 2906 aa  75.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0318  outer membrane autotransporter  35.38 
 
 		 989 aa  75.1  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000433697 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1489  outer membrane autotransporter  28.25 
 
 		 729 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2844  outer membrane autotransporter barrel domain protein  24.59 
 
 		 1357 aa  72  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241851  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3370  outer membrane autotransporter  33.33 
 
 		 1068 aa  71.2  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2348  outer membrane autotransporter  26.4 
 
 		 1971 aa  71.2  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0499  putative autotransporter protein  30.88 
 
 		 1004 aa  69.7  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0561  outer membrane autotransporter  35.11 
 
 		 997 aa  69.3  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0152  outermembrane transporter  31.36 
 
 		 861 aa  67  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000458443  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0763  outer membrane autotransporter  33.91 
 
 		 1254 aa  66.6  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2034  Outer membrane autotransporter barrel  30.05 
 
 		 732 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.449525 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3962  outer membrane autotransporter barrel domain  38.18 
 
 		 955 aa  64.7  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3981  outer membrane autotransporter barrel domain  38.18 
 
 		 955 aa  64.7  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0734  outer membrane autotransporter barrel domain protein  34.64 
 
 		 1086 aa  64.3  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.837049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1880  outer membrane autotransporter  25.32 
 
 		 730 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.396897 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2225  autotransporter, putative  26.58 
 
 		 773 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192143  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2013  outer membrane autotransporter  32.55 
 
 		 1593 aa  63.5  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3095  outer membrane autotransporter  37.7 
 
 		 1028 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446562  normal  0.576928 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3865  outer membrane autotransporter  27.64 
 
 		 1269 aa  63.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1267  hypothetical protein  36.8 
 
 		 506 aa  62.4  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117469  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01153  hypothetical protein  36.8 
 
 		 506 aa  62.4  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.580835  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0333  outer membrane autotransporter  26.22 
 
 		 1602 aa  62.4  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0695  putative autotransporter protein  25.69 
 
 		 1259 aa  62  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.931243  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1395  pertactin family protein  40 
 
 		 949 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830364  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3775  putative autotransporter protein  27.37 
 
 		 1285 aa  60.1  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2249  antigen 43  39.05 
 
 		 948 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2011  autotransporter, putative  27.25 
 
 		 769 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0694  putative autotransporter protein  34.36 
 
 		 1259 aa  58.5  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3513  outer membrane autotransporter  35.38 
 
 		 1268 aa  58.2  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.273383  normal  0.696988 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3036  outer membrane autotransporter  25.24 
 
 		 995 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4892  antigen 43  32.77 
 
 		 948 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>