87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3982 on replicon NC_009426
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  100 
 
 		 776 aa  1602    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  57.8 
 
 		 768 aa  812    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  55.93 
 
 		 763 aa  791    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  42.41 
 
 		 798 aa  572  1.0000000000000001e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  28.43 
 
 		 665 aa  259  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.76 
 
 		 708 aa  259  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.44 
 
 		 707 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.44 
 
 		 708 aa  254  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.44 
 
 		 708 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.44 
 
 		 708 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.44 
 
 		 708 aa  253  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.43 
 
 		 702 aa  244  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  32.91 
 
 		 723 aa  239  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  27.77 
 
 		 692 aa  234  6e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.61 
 
 		 840 aa  228  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  27.18 
 
 		 611 aa  229  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  28.48 
 
 		 657 aa  226  9e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.06 
 
 		 743 aa  225  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  29.42 
 
 		 760 aa  221  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.29 
 
 		 681 aa  213  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  25.18 
 
 		 667 aa  197  7e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.33 
 
 		 629 aa  180  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  30.83 
 
 		 509 aa  177  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.66 
 
 		 616 aa  172  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.38 
 
 		 578 aa  170  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  25.86 
 
 		 672 aa  162  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  28.92 
 
 		 562 aa  139  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  25.12 
 
 		 571 aa  139  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.43 
 
 		 604 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  27.08 
 
 		 565 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.96 
 
 		 675 aa  107  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  23.66 
 
 		 602 aa  87.8  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  23.08 
 
 		 784 aa  82  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.51 
 
 		 602 aa  75.5  0.000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.76 
 
 		 699 aa  75.5  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  24.87 
 
 		 548 aa  73.9  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.39 
 
 		 699 aa  70.5  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  25.94 
 
 		 663 aa  68.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  22.56 
 
 		 678 aa  68.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  22.43 
 
 		 695 aa  68.6  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  30.32 
 
 		 569 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  30.32 
 
 		 569 aa  65.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  23.57 
 
 		 651 aa  57.8  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  25.67 
 
 		 502 aa  56.2  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  27.08 
 
 		 110 aa  56.6  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  23.38 
 
 		 823 aa  55.5  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  22.2 
 
 		 723 aa  53.9  0.00001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  24.85 
 
 		 610 aa  53.9  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  21.32 
 
 		 714 aa  53.5  0.00001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.66 
 
 		 648 aa  53.1  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  19.53 
 
 		 573 aa  52.4  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.83 
 
 		 665 aa  51.2  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  25.64 
 
 		 661 aa  50.8  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  21.07 
 
 		 669 aa  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  21.85 
 
 		 662 aa  49.7  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  22.49 
 
 		 687 aa  50.1  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  24.23 
 
 		 662 aa  49.7  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  22.67 
 
 		 611 aa  48.9  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  21.41 
 
 		 661 aa  48.9  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  25.83 
 
 		 668 aa  48.5  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  20.91 
 
 		 608 aa  47.8  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  21.13 
 
 		 648 aa  47.8  0.0008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  21.97 
 
 		 660 aa  47.8  0.0009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  19.16 
 
 		 641 aa  47  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  25.83 
 
 		 670 aa  47  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2082  AAA ATPase  36.07 
 
 		 600 aa  47.4  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.901274 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  22.33 
 
 		 713 aa  46.6  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  25.83 
 
 		 667 aa  46.6  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  21.13 
 
 		 674 aa  46.2  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  21.26 
 
 		 588 aa  45.8  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  22.19 
 
 		 663 aa  45.4  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 662 aa  45.8  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  22.03 
 
 		 660 aa  45.4  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  22.56 
 
 		 676 aa  45.4  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  21.97 
 
 		 660 aa  45.4  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  21.14 
 
 		 827 aa  45.4  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  21.73 
 
 		 809 aa  45.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0066  type IV conjugative transfer system protein TraD  28.33 
 
 		 621 aa  45.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2342  TRAG family protein  21.38 
 
 		 585 aa  45.1  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.910402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  23.43 
 
 		 573 aa  45.1  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  24.6 
 
 		 666 aa  44.7  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  23.05 
 
 		 687 aa  44.7  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  26.74 
 
 		 673 aa  44.7  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  22.44 
 
 		 678 aa  44.3  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  24.44 
 
 		 661 aa  43.9  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  21.39 
 
 		 664 aa  44.3  0.01  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  21.41 
 
 		 828 aa  44.3  0.01  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>