More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1231 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  64.17 
 
 		 769 aa  897    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  60.61 
 
 		 759 aa  852    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  100 
 
 		 766 aa  1522    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  44 
 
 		 787 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  44.13 
 
 		 783 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  44.26 
 
 		 783 aa  574  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  46.66 
 
 		 762 aa  569  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  44.36 
 
 		 782 aa  567  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  46.25 
 
 		 762 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  45.11 
 
 		 776 aa  554  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  43.17 
 
 		 765 aa  552  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  43.11 
 
 		 783 aa  545  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  43.54 
 
 		 790 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  44.23 
 
 		 761 aa  537  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  43.79 
 
 		 781 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  42.33 
 
 		 789 aa  534  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  42.54 
 
 		 781 aa  535  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  45.34 
 
 		 754 aa  531  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  44.17 
 
 		 778 aa  531  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  45.75 
 
 		 795 aa  530  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  43.17 
 
 		 790 aa  529  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  42.25 
 
 		 790 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  44.02 
 
 		 752 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  44.02 
 
 		 752 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  42.23 
 
 		 777 aa  520  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  42.7 
 
 		 790 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  45.06 
 
 		 773 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  43.78 
 
 		 792 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  42.56 
 
 		 792 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  44.29 
 
 		 788 aa  512  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  44.5 
 
 		 788 aa  510  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  42.12 
 
 		 782 aa  510  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  44.83 
 
 		 750 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  42.49 
 
 		 745 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  42.05 
 
 		 842 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  45.99 
 
 		 751 aa  502  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  43.48 
 
 		 791 aa  495  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  43.09 
 
 		 781 aa  489  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  41.97 
 
 		 787 aa  479  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  41.77 
 
 		 754 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  38.32 
 
 		 681 aa  458  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  35.69 
 
 		 722 aa  351  4e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  34.21 
 
 		 840 aa  350  6e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  32.82 
 
 		 812 aa  345  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  32.99 
 
 		 812 aa  345  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  32.82 
 
 		 812 aa  345  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  32.82 
 
 		 812 aa  345  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  32.91 
 
 		 812 aa  344  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  35.15 
 
 		 844 aa  344  4e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  35.15 
 
 		 844 aa  344  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  35.15 
 
 		 844 aa  344  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  37.82 
 
 		 733 aa  344  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  35.33 
 
 		 819 aa  343  7e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  35.99 
 
 		 828 aa  342  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  32.48 
 
 		 834 aa  341  2.9999999999999998e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  36.46 
 
 		 812 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  32.61 
 
 		 833 aa  341  4e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  36.32 
 
 		 886 aa  340  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  33.81 
 
 		 808 aa  340  4e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  36.32 
 
 		 896 aa  340  5e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  36.32 
 
 		 896 aa  340  5e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  36.32 
 
 		 838 aa  340  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  36.43 
 
 		 895 aa  340  5e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  36.32 
 
 		 838 aa  340  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  36.32 
 
 		 838 aa  340  5e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  32.69 
 
 		 824 aa  340  5.9999999999999996e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  33.81 
 
 		 808 aa  340  8e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  33.81 
 
 		 808 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  33.24 
 
 		 813 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  33.29 
 
 		 871 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  33.24 
 
 		 813 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  33.24 
 
 		 813 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  36.28 
 
 		 817 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  36.67 
 
 		 827 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  36.67 
 
 		 827 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  36.28 
 
 		 817 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  36.67 
 
 		 827 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.24 
 
 		 813 aa  338  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  33.69 
 
 		 864 aa  338  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  33.24 
 
 		 813 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  33.59 
 
 		 809 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  33.24 
 
 		 813 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  33.24 
 
 		 813 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  33.24 
 
 		 813 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  32.74 
 
 		 821 aa  337  3.9999999999999995e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  33.24 
 
 		 813 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  36.32 
 
 		 848 aa  337  7e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  32.02 
 
 		 834 aa  336  7.999999999999999e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  32.78 
 
 		 819 aa  336  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  33.84 
 
 		 720 aa  334  3e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  32.15 
 
 		 830 aa  335  3e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  36.33 
 
 		 842 aa  335  3e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  34.95 
 
 		 763 aa  334  4e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  36.49 
 
 		 818 aa  333  5e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  32.46 
 
 		 819 aa  333  6e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  34.89 
 
 		 817 aa  333  6e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  32.49 
 
 		 857 aa  333  8e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  32.62 
 
 		 859 aa  333  8e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  36.67 
 
 		 876 aa  333  8e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  33.77 
 
 		 807 aa  333  9e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>