More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1570 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  79.53 
 
 		 557 aa  900    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 555 aa  1144    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  57.46 
 
 		 556 aa  641    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  79.53 
 
 		 557 aa  899    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  87.39 
 
 		 555 aa  989    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1389  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  79.17 
 
 		 557 aa  879    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  88.11 
 
 		 555 aa  980    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  87.93 
 
 		 555 aa  983    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  79.17 
 
 		 557 aa  888    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  60.23 
 
 		 562 aa  620  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3296  diguanylate cyclase  59.33 
 
 		 507 aa  600  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000430363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2961  diguanylate cyclase  51.97 
 
 		 565 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  27.68 
 
 		 603 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  24.81 
 
 		 564 aa  120  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 561 aa  110  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  25.9 
 
 		 612 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  24.33 
 
 		 638 aa  102  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  26.03 
 
 		 569 aa  97.8  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.96 
 
 		 1011 aa  97.8  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  24.35 
 
 		 571 aa  97.8  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.46 
 
 		 867 aa  97.4  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2484  GGDEF domain-containing protein  26.95 
 
 		 571 aa  96.7  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  21.72 
 
 		 588 aa  95.9  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  25.42 
 
 		 614 aa  95.5  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 		 663 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.2 
 
 		 611 aa  91.3  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 566 aa  91.3  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  24.94 
 
 		 636 aa  90.9  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  25.06 
 
 		 631 aa  89.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 577 aa  89  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  26.33 
 
 		 571 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 491 aa  88.6  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  26.65 
 
 		 581 aa  87.8  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  33.13 
 
 		 868 aa  86.7  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  22.83 
 
 		 565 aa  86.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 662 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  23.23 
 
 		 630 aa  85.1  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 		 1264 aa  84.7  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 		 662 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 516 aa  83.2  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  29.5 
 
 		 531 aa  83.2  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 339 aa  83.2  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  23.64 
 
 		 578 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 610 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 562 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  26.59 
 
 		 564 aa  82.4  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 		 662 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  23.43 
 
 		 629 aa  82  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  23.76 
 
 		 628 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.53 
 
 		 660 aa  81.3  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  32 
 
 		 507 aa  80.9  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3341  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.05 
 
 		 655 aa  80.5  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0053874 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  32 
 
 		 507 aa  80.5  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  35 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 517 aa  80.1  0.00000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  33.33 
 
 		 799 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  28.49 
 
 		 340 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.85 
 
 		 1248 aa  79.7  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.95 
 
 		 953 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  23.94 
 
 		 628 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 		 694 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  21.97 
 
 		 628 aa  80.1  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.72 
 
 		 1073 aa  79  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 		 557 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.18 
 
 		 1078 aa  79  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1827  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 		 569 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3161  response regulator  36.78 
 
 		 576 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  24.47 
 
 		 621 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 308 aa  79.3  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.97 
 
 		 748 aa  79  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  26.51 
 
 		 556 aa  78.6  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  25.24 
 
 		 570 aa  78.6  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.92 
 
 		 739 aa  78.2  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1669  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 499 aa  77.8  0.0000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  23.62 
 
 		 628 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2519  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 		 901 aa  78.2  0.0000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  30.05 
 
 		 624 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3414  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 444 aa  77.8  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1927  sensory box/response regulator  33.71 
 
 		 660 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.18 
 
 		 925 aa  77.8  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32 
 
 		 909 aa  77.8  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4206  GGDEF  31.25 
 
 		 361 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 		 1466 aa  77.4  0.0000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  27.32 
 
 		 621 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.12 
 
 		 572 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3485  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.12 
 
 		 572 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 553 aa  77  0.0000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  24.21 
 
 		 673 aa  77.4  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  27.56 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 953 aa  77  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 		 797 aa  77  0.0000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 366 aa  76.3  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.34 
 
 		 853 aa  76.3  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  27.95 
 
 		 1636 aa  76.3  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  29.7 
 
 		 308 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  27.56 
 
 		 351 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3946  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.54 
 
 		 577 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3764  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.54 
 
 		 577 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 469 aa  76.6  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>