139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0662 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0662  putative integral membrane sensor protein  100 
 
 
262 aa  522  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.601986 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5176  MHYT  65.52 
 
 
264 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0524  putative integral membrane sensor protein  37.82 
 
 
269 aa  133  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0328  putative integral membrane sensor protein  41.03 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1466  putative integral membrane sensor protein  35.65 
 
 
322 aa  125  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4364  putative integral membrane sensor protein  35.65 
 
 
273 aa  125  6e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  33.47 
 
 
1120 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1690  putative integral membrane sensor protein  42.29 
 
 
341 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 
766 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
1122 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0988  putative integral membrane sensor protein  37.18 
 
 
331 aa  112  9e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.012877  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1118 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1118 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  29.41 
 
 
1111 aa  107  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.37 
 
 
766 aa  105  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.1 
 
 
692 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 
632 aa  103  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  38.92 
 
 
632 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5273  putative integral membrane sensor protein  36.73 
 
 
337 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.44 
 
 
1143 aa  99  8e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.18 
 
 
1132 aa  97.8  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.84 
 
 
632 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.83 
 
 
683 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.27 
 
 
685 aa  96.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 
709 aa  95.9  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.5 
 
 
724 aa  95.5  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.8 
 
 
709 aa  95.1  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 
695 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.19 
 
 
966 aa  95.1  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  34.34 
 
 
687 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.14 
 
 
807 aa  94.7  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  34.31 
 
 
691 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.27 
 
 
694 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 
695 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
693 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4067  putative integral membrane sensor protein  31.58 
 
 
289 aa  93.2  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  30.5 
 
 
1141 aa  93.2  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  34.31 
 
 
699 aa  92.8  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  34.31 
 
 
699 aa  92.8  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  33.83 
 
 
685 aa  92  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  34.63 
 
 
699 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  33.82 
 
 
699 aa  91.3  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
695 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  34.98 
 
 
799 aa  90.1  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  35.82 
 
 
626 aa  90.1  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1661  putative integral membrane sensor protein  33.83 
 
 
252 aa  89.4  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161452  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  34.83 
 
 
685 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.5 
 
 
602 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.18 
 
 
589 aa  87.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 
594 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  32.85 
 
 
367 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.86 
 
 
689 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
611 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
611 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 
693 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  35.75 
 
 
701 aa  85.5  8e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.85 
 
 
693 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.96 
 
 
1121 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.17 
 
 
689 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  35.82 
 
 
627 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.82 
 
 
627 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  35.82 
 
 
627 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  35.82 
 
 
627 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  35.82 
 
 
627 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  35.82 
 
 
627 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  30.25 
 
 
694 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3716  putative integral membrane sensor protein  34.21 
 
 
306 aa  83.2  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.20203  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  35.32 
 
 
627 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.26 
 
 
774 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7582  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.38 
 
 
690 aa  82  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7284  putative integral membrane sensor protein  34.16 
 
 
263 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.609148 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  31.25 
 
 
689 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
695 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  31.58 
 
 
678 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 
627 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.72 
 
 
688 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.72 
 
 
688 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.72 
 
 
688 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.72 
 
 
688 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.72 
 
 
688 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.76 
 
 
726 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1012  putative integral membrane sensor protein  36.87 
 
 
257 aa  79  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.158695  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  29.77 
 
 
756 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.68 
 
 
760 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.02 
 
 
686 aa  78.6  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7535  putative integral membrane sensor protein  31.58 
 
 
269 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.379142  normal  0.129061 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.99 
 
 
716 aa  78.2  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  34.2 
 
 
688 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.51 
 
 
685 aa  77  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0910  putative integral membrane sensor protein  32.02 
 
 
251 aa  76.6  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  35.1 
 
 
611 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  28.44 
 
 
763 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0834  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.74 
 
 
831 aa  74.7  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.153138  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0009  hypothetical protein  28.11 
 
 
288 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 
689 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5320  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
903 aa  73.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544718  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
1128 aa  72.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
694 aa  72.4  0.000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.31 
 
 
710 aa  72  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.16 
 
 
797 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450628 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>