More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0335 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2659  lytic transglycosylase, catalytic  72.63 
 
 		 508 aa  693    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6050  lytic transglycosylase catalytic  70.22 
 
 		 505 aa  685    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.656585  hitchhiker  0.00000979429 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0335  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 499 aa  1026    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4438  lytic transglycosylase catalytic  42.45 
 
 		 516 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.662285  normal  0.867031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2520  lytic transglycosylase, catalytic  40.84 
 
 		 481 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0787  putative transglycosylase protein  36.08 
 
 		 472 aa  319  6e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01003  hypothetical protein  36.02 
 
 		 489 aa  301  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01772  hypothetical protein  36.5 
 
 		 461 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0524  periplasmic binding transport protein/transglycosylase  37.96 
 
 		 497 aa  296  7e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.60685  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004396  transglycosylase Slt family  34.73 
 
 		 502 aa  292  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1506  Lytic transglycosylase catalytic  37.73 
 
 		 485 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0243609 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1492  lytic transglycosylase, catalytic  36.05 
 
 		 500 aa  277  4e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.928362  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0786  transglycosylase protein  34.17 
 
 		 433 aa  266  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2552  transglycosylase SLT domain/extracellular solute-binding domain-containing protein  35.35 
 
 		 517 aa  262  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1034  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 		 505 aa  256  8e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27050  Slt family transglycosylase  30.43 
 
 		 476 aa  206  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23020  Lytic transglycosylase protein  31.14 
 
 		 475 aa  200  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2289  putative glycosylase  30.65 
 
 		 475 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2061  SLT  29.45 
 
 		 473 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4020  lytic transglycosylase, catalytic  29.7 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2442  lytic transglycosylase, catalytic  30.09 
 
 		 471 aa  187  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.207678  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2256  transglycosylase, SLT family  28.51 
 
 		 473 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.52446  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1914  lytic transglycosylase catalytic  26.35 
 
 		 468 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260626  hitchhiker  0.00000000157074 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2312  lytic transglycosylase family protein  26.78 
 
 		 468 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348067 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3457  lytic transglycosylase, catalytic  27.13 
 
 		 480 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.593202  hitchhiker  0.000121257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1754  lytic transglycosylase catalytic  26.24 
 
 		 468 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000408908 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1004  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 464 aa  125  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0784761 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3239  Slt family transglycosylase  25.88 
 
 		 714 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2596  putative transglycosylase  28.57 
 
 		 456 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0497  putative transglycosylase  26.93 
 
 		 457 aa  104  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3415  putative transglycosylase  26.23 
 
 		 488 aa  103  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1327  Lytic transglycosylase catalytic  25.75 
 
 		 511 aa  103  9e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.566975  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0998  putative transglycosylase  26.33 
 
 		 486 aa  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144242 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1049  putative transglycosylase  24.77 
 
 		 472 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00903015  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4190  putative transglycosylase  26.56 
 
 		 485 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0675173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15720  putative transglycosylase  26.87 
 
 		 451 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000412492 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39670  putative transglycosylase  25.28 
 
 		 444 aa  99.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.403858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1268  putative transglycosylase  26.87 
 
 		 498 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1477  putative transglycosylase  28.01 
 
 		 501 aa  96.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1458  periplasmic binding domain/transglycosylase SLT domain fusion protein  26.71 
 
 		 456 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.999918  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3674  putative transglycosylase  24.65 
 
 		 518 aa  94  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1316  putative transglycosylase  25.71 
 
 		 479 aa  94  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237496  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1036  putative transglycosylase  26.26 
 
 		 449 aa  93.6  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1353  putative transglycosylase  26.37 
 
 		 490 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1033  putative transglycosylase  25.34 
 
 		 485 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.336568  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1077  putative transglycosylase  26.63 
 
 		 485 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0564532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1004  putative transglycosylase  26.56 
 
 		 462 aa  92.8  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00893953  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1239  putative transglycosylase  24.62 
 
 		 478 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1237  putative transglycosylase  24.62 
 
 		 478 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2792  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase-related protein  27.05 
 
 		 477 aa  91.3  4e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0340285 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1308  putative transglycosylase  24.4 
 
 		 478 aa  90.9  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0643025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3114  lytic transglycosylase, catalytic  25.56 
 
 		 523 aa  90.5  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1646  lytic transglycosylase, catalytic  26.32 
 
 		 528 aa  89.7  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.991201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1272  putative transglycosylase  24.94 
 
 		 494 aa  89  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129454  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2772  putative transglycosylase  24 
 
 		 486 aa  87.8  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004281  transglycosylase Slt family  24.81 
 
 		 525 aa  87.4  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1300  putative transglycosylase  26.7 
 
 		 476 aa  87  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000125661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1140  putative transglycosylase  24.43 
 
 		 476 aa  87.4  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0392  putative transglycosylase  25.67 
 
 		 530 aa  87  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1081  putative transglycosylase  24.2 
 
 		 485 aa  86.3  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3288  putative transglycosylase  23.6 
 
 		 457 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2981  putative transglycosylase  23.67 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2995  putative transglycosylase  23.67 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.049065  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3139  putative transglycosylase  23.67 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01149  putative transglycosylase  25.08 
 
 		 534 aa  84.7  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1382  putative transglycosylase  23.67 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.249867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1563  putative transglycosylase  25.13 
 
 		 480 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.158828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2351  putative transglycosylase  24.6 
 
 		 502 aa  82  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115829  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1046  lytic transglycosylase, catalytic  26.46 
 
 		 450 aa  81.6  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.872  normal  0.0396105 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01395  transglycosylase, SLT family protein  23.92 
 
 		 437 aa  81.3  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3120  putative transglycosylase  25.06 
 
 		 480 aa  80.1  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2643  putative transglycosylase  23.58 
 
 		 477 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3053  putative transglycosylase  26.49 
 
 		 508 aa  79  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1222  putative transglycosylase  26.76 
 
 		 508 aa  77.4  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2485  lytic transglycosylase, catalytic  22.25 
 
 		 502 aa  77  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1230  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 470 aa  76.3  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0695  Lytic transglycosylase catalytic  30.54 
 
 		 523 aa  76.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.114922 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1582  lytic transglycosylase, catalytic  26.91 
 
 		 410 aa  75.9  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208694 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1272  soluble lytic transglycosylase  29.75 
 
 		 402 aa  74.7  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1113  lytic transglycosylase, catalytic  29.75 
 
 		 402 aa  74.7  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0126627  normal  0.0207439 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0288  transglycosylase SLT domain-containing protein  31.58 
 
 		 410 aa  74.3  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1301  lytic transglycosylase, catalytic  22.78 
 
 		 511 aa  74.3  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.462957  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1597  soluble lytic murein transglycosylase precursor  30.86 
 
 		 651 aa  74.3  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.116163  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1378  lytic transglycosylase, catalytic  33.12 
 
 		 661 aa  73.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.842597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1252  putative transglycosylase  22.93 
 
 		 513 aa  73.9  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.831517  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3622  putative transglycosylase  22.93 
 
 		 486 aa  73.9  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1146  putative transglycosylase  22.93 
 
 		 486 aa  73.9  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0182  lytic transglycosylase, catalytic  27.56 
 
 		 481 aa  73.9  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  40.62 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  43.75 
 
 		 196 aa  72  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0749  putative transglycosylase  24.36 
 
 		 494 aa  71.6  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0293  lytic transglycosylase, catalytic  32.12 
 
 		 637 aa  71.2  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.598213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2854  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 724 aa  71.2  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1018  putative transglycosylase  24.74 
 
 		 494 aa  71.2  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0598275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3655  putative transglycosylase  26.01 
 
 		 493 aa  71.2  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  38.94 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  39.36 
 
 		 362 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  36.04 
 
 		 199 aa  68.2  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  32.88 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  33.8 
 
 		 146 aa  68.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>