More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2260 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2260  WD40 domain-containing protein  100 
 
 		 348 aa  684    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259667 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1631  WD40 domain-containing protein  74.29 
 
 		 347 aa  515  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1447  WD40 domain protein beta Propeller  39.42 
 
 		 325 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000967065  normal  0.55523 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1561  WD40 domain-containing protein  29.26 
 
 		 375 aa  143  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1253  TolB periplasmic receptor  31.78 
 
 		 430 aa  80.1  0.00000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0142198  normal  0.831456 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1133  TolB-like  31.36 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166843  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  28.32 
 
 		 432 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0325  WD40 domain-containing protein beta Propeller  28.45 
 
 		 901 aa  73.6  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  29.33 
 
 		 435 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  27.91 
 
 		 425 aa  69.7  0.00000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  28.72 
 
 		 1090 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  26.51 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  30.23 
 
 		 642 aa  67.4  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  28.51 
 
 		 292 aa  67  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  28.97 
 
 		 415 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  27.5 
 
 		 421 aa  66.2  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  23.16 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  27.06 
 
 		 441 aa  65.1  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  26.74 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  27.94 
 
 		 1028 aa  65.1  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.51 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  29.36 
 
 		 434 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  30 
 
 		 445 aa  62.8  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.3 
 
 		 430 aa  62.4  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0114  peptidase S9, prolyl oligopeptidase  31.67 
 
 		 674 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.54 
 
 		 407 aa  62  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  27.73 
 
 		 431 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  25.26 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  26.05 
 
 		 408 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  29.39 
 
 		 567 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  30.97 
 
 		 572 aa  60.5  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  27.27 
 
 		 431 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  27.73 
 
 		 431 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  25.56 
 
 		 1062 aa  60.1  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  24.88 
 
 		 1111 aa  60.1  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  26.61 
 
 		 431 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1373  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 463 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  25.83 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  28.57 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  28.77 
 
 		 1082 aa  59.7  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2060  WD40 domain-containing protein  27.02 
 
 		 1206 aa  59.7  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.456517  normal  0.995925 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  28.12 
 
 		 717 aa  59.7  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  25.12 
 
 		 441 aa  59.7  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 463 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  28.18 
 
 		 450 aa  59.3  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  29.49 
 
 		 434 aa  59.3  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  23.51 
 
 		 1069 aa  59.3  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 430 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 430 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 433 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 433 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  22.67 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0132  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  30.42 
 
 		 674 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 463 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  23.74 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  25 
 
 		 431 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  23.97 
 
 		 431 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1372  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  38.1 
 
 		 677 aa  58.9  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330488  normal  0.102589 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  27.27 
 
 		 431 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  26.05 
 
 		 421 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  27.84 
 
 		 450 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  22.87 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  28.24 
 
 		 441 aa  58.5  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  24.19 
 
 		 443 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  25.73 
 
 		 434 aa  57.4  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  22.42 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  22.42 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  22.42 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.1 
 
 		 407 aa  57  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0140  WD40 domain protein beta Propeller  27.71 
 
 		 970 aa  57.4  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  22.22 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  26.55 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0010  WD40 domain-containing protein  26.33 
 
 		 560 aa  57  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348529  normal  0.0411544 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  27.78 
 
 		 715 aa  57  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  26.64 
 
 		 774 aa  56.6  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  24.72 
 
 		 431 aa  57  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  24.19 
 
 		 440 aa  57  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  22.97 
 
 		 442 aa  57  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  26.03 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  25.69 
 
 		 426 aa  56.6  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  30.68 
 
 		 1042 aa  56.6  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3384  WD40 domain protein beta Propeller  29.26 
 
 		 398 aa  56.2  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.749473  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  25 
 
 		 1097 aa  56.2  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  23.87 
 
 		 1066 aa  56.2  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  37.62 
 
 		 446 aa  56.2  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  27.75 
 
 		 443 aa  56.2  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6131  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  26.25 
 
 		 667 aa  55.8  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  36 
 
 		 434 aa  55.8  0.0000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  35.11 
 
 		 444 aa  55.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0591  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  23.05 
 
 		 675 aa  55.8  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  22.27 
 
 		 442 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  23.77 
 
 		 1081 aa  55.8  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  22.27 
 
 		 442 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  24.91 
 
 		 430 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  23.98 
 
 		 1065 aa  55.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  22.27 
 
 		 442 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  24.91 
 
 		 430 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  24.36 
 
 		 437 aa  55.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1375  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  37.27 
 
 		 708 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.635972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  22.27 
 
 		 442 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>