142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0010 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0010  WD40 domain-containing protein  100 
 
 		 560 aa  1095    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348529  normal  0.0411544 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3117  WD40 domain-containing protein  40.93 
 
 		 548 aa  261  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000028868  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1878  hypothetical protein  44.63 
 
 		 635 aa  260  5.0000000000000005e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154844  normal  0.0838621 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3116  WD40 domain-containing protein  40.48 
 
 		 544 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000226644  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1938  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like  31.84 
 
 		 593 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.154413  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4272  hypothetical protein  62.99 
 
 		 852 aa  138  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.176048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15281  hypothetical protein  29.11 
 
 		 572 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.493814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1719  hypothetical protein  30.86 
 
 		 644 aa  107  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0944619  decreased coverage  0.0039153 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0888  hypothetical protein  51.26 
 
 		 1191 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.199681 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2262  hypothetical protein  34.2 
 
 		 358 aa  102  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000146725  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4764  hypothetical protein  26.48 
 
 		 696 aa  82.8  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0139514 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6310  FG-GAP repeat protein  45 
 
 		 828 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1161  hypothetical protein  46.49 
 
 		 1902 aa  77.4  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125794  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4251  Ig family protein  46.09 
 
 		 2802 aa  76.3  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676511 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  28.57 
 
 		 1028 aa  74.7  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4021  WD40 domain protein beta Propeller  35.62 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  29.8 
 
 		 1059 aa  70.9  0.00000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3979  hypothetical protein  35.62 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1673  FHA domain-containing protein  42.31 
 
 		 1428 aa  70.5  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0675  Pyrrolo-quinoline quinone  41.61 
 
 		 3066 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00895028 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2807  FHA domain-containing protein  42.31 
 
 		 1424 aa  68.2  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0278  WD40 domain-containing protein  26.95 
 
 		 463 aa  65.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00000605867  unclonable  0.0000100324 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2014  hypothetical protein  32.46 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.598603 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1101  Fibronectin type III domain protein  33.15 
 
 		 1462 aa  64.3  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.62 
 
 		 717 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0777  hypothetical protein  32.39 
 
 		 441 aa  62.4  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.582755  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  21.72 
 
 		 1111 aa  62  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4138  WD40 domain protein beta Propeller  29.24 
 
 		 197 aa  61.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4178  WD40 domain protein beta Propeller  29.24 
 
 		 197 aa  61.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1039  Fibronectin type III domain protein  45.37 
 
 		 2927 aa  61.2  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.761605 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  26.64 
 
 		 436 aa  58.5  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  26.84 
 
 		 1082 aa  58.2  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1585  WD40 domain protein beta Propeller  28 
 
 		 437 aa  57.8  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.637887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3466  WD40 domain protein beta Propeller  30.26 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2651  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  30.26 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.136026 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3632  tolB protein, putative  27.68 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000231281  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  24.28 
 
 		 1090 aa  57  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3347  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  31.68 
 
 		 160 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.52168  normal  0.409524 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2755  WD40 domain-containing protein  31.68 
 
 		 160 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4016  WD40 domain protein beta Propeller  30.97 
 
 		 169 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.392857 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0314  hypothetical protein  28.88 
 
 		 644 aa  55.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0822878 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4015  WD40 domain protein beta Propeller  29.86 
 
 		 174 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.482104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  23.94 
 
 		 1062 aa  55.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2260  WD40 domain-containing protein  26.23 
 
 		 348 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259667 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2208  beta strand repeat-containing protein  40.43 
 
 		 1869 aa  56.2  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.848116  normal  0.0253068 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  24.76 
 
 		 1040 aa  55.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  24.95 
 
 		 1042 aa  55.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  26.91 
 
 		 440 aa  54.7  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2360  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.97 
 
 		 446 aa  54.7  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.28939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6131  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  24.61 
 
 		 667 aa  55.1  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.74 
 
 		 428 aa  53.5  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  28.35 
 
 		 442 aa  53.5  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3337  hypothetical protein  51.61 
 
 		 1202 aa  53.5  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  28.35 
 
 		 442 aa  53.5  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  28.35 
 
 		 442 aa  53.5  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  32.19 
 
 		 446 aa  53.1  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0056  WD40 domain-containing protein  27.84 
 
 		 184 aa  53.1  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  53.5  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4248  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  53.09 
 
 		 1848 aa  53.1  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296495 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0189  fibronectin type III domain-containing protein  34.15 
 
 		 2522 aa  52.4  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3329  polymorphic outer membrane protein  34.56 
 
 		 558 aa  52.8  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000300518 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  31.82 
 
 		 982 aa  52.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1039  WD40 domain-containing protein  24.43 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  26.3 
 
 		 1097 aa  52.8  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  25.74 
 
 		 431 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  25.41 
 
 		 403 aa  52  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0522  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  30.97 
 
 		 172 aa  51.2  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  28.52 
 
 		 441 aa  51.6  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  27.32 
 
 		 442 aa  51.6  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  26.71 
 
 		 430 aa  51.6  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2696  outer membrane autotransporter  44.55 
 
 		 2194 aa  50.8  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.533245 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0858  WD40 domain protein beta Propeller  25.19 
 
 		 439 aa  50.8  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000315652  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  25.37 
 
 		 431 aa  50.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2806  WD40 domain protein beta Propeller  25.37 
 
 		 509 aa  50.8  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  25.91 
 
 		 1081 aa  50.4  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0166  putative outer membrane adhesin like proteiin  38.05 
 
 		 3699 aa  50.4  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0520  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  27.1 
 
 		 186 aa  50.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.118512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1631  WD40 domain-containing protein  29.52 
 
 		 347 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  24.9 
 
 		 434 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1385  hypothetical protein  23.48 
 
 		 656 aa  49.7  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0057  WD40 domain-containing protein  28.39 
 
 		 175 aa  48.9  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  25.37 
 
 		 431 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.85 
 
 		 442 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  25.08 
 
 		 1067 aa  48.9  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  26.29 
 
 		 442 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  26.29 
 
 		 442 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  29.1 
 
 		 442 aa  49.7  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  23.22 
 
 		 969 aa  49.3  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  26.29 
 
 		 442 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  26.54 
 
 		 442 aa  48.5  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1611  hypothetical protein  23.97 
 
 		 656 aa  48.5  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  23.13 
 
 		 445 aa  48.5  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  26.29 
 
 		 442 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27440  dipeptidyl aminopeptidase/acylaminoacyl peptidase  25.86 
 
 		 681 aa  48.9  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.07 
 
 		 444 aa  48.5  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  25.2 
 
 		 450 aa  48.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  25.35 
 
 		 1042 aa  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  28.51 
 
 		 434 aa  48.1  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>