More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0018 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  63.12 
 
 		 1071 aa  1402    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0017  amidohydrolase  78.2 
 
 		 1049 aa  1769    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1901  amidohydrolase  47.8 
 
 		 1084 aa  1012    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0015  amidohydrolase  81.09 
 
 		 598 aa  1044    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  100 
 
 		 1081 aa  2238    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  79.33 
 
 		 1062 aa  1799    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  78.39 
 
 		 1062 aa  1783    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  90.15 
 
 		 1069 aa  2033    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  77.92 
 
 		 1065 aa  1770    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  49.36 
 
 		 1111 aa  1071    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  78.78 
 
 		 445 aa  727    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  79.15 
 
 		 1062 aa  1790    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  79.24 
 
 		 1062 aa  1791    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  45.98 
 
 		 1078 aa  985    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  84.77 
 
 		 1066 aa  1914    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0466  amidohydrolase  48.64 
 
 		 1113 aa  1061    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.83396  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  51.7 
 
 		 1138 aa  1143    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  77.44 
 
 		 1062 aa  1766    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  78.66 
 
 		 1062 aa  1790    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  78.2 
 
 		 1062 aa  1785    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  78.48 
 
 		 1062 aa  1787    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  83.46 
 
 		 1067 aa  1885    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  79.28 
 
 		 1060 aa  1792    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  47.49 
 
 		 1062 aa  1048    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  28.1 
 
 		 1052 aa  387  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000234818 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  25.95 
 
 		 1005 aa  241  5e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.65 
 
 		 1059 aa  231  7e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  24.77 
 
 		 1042 aa  210  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  24.44 
 
 		 1040 aa  207  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  24.67 
 
 		 1042 aa  202  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  24.2 
 
 		 1014 aa  196  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  23.97 
 
 		 1010 aa  172  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  23.78 
 
 		 1031 aa  169  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  25.12 
 
 		 1097 aa  115  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  24.47 
 
 		 1090 aa  106  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  25.71 
 
 		 1082 aa  102  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  24.83 
 
 		 430 aa  101  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  25.59 
 
 		 1067 aa  99.4  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0618  amidohydrolase  24.4 
 
 		 496 aa  97.4  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210154 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.28 
 
 		 717 aa  95.5  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2410  amidohydrolase  27.34 
 
 		 438 aa  95.1  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0002152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1275  amidohydrolase  25.89 
 
 		 415 aa  92.4  4e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0535  amidohydrolase family protein  22.12 
 
 		 672 aa  92  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  25.48 
 
 		 433 aa  90.5  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3987  amidohydrolase  26.32 
 
 		 435 aa  87  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.589739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1105  amidohydrolase  23.4 
 
 		 478 aa  85.5  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.310318 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  21.8 
 
 		 1167 aa  85.1  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1790  amidohydrolase  23.61 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  27.23 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0926  peptidase S41  22.74 
 
 		 1075 aa  85.1  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  26.97 
 
 		 444 aa  84  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0533  amidohydrolase  24.77 
 
 		 444 aa  84  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  25.76 
 
 		 413 aa  84  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3211  amidohydrolase  23.33 
 
 		 680 aa  83.2  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.361649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  24.25 
 
 		 437 aa  83.6  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  27.29 
 
 		 969 aa  82  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  25.95 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  23.04 
 
 		 470 aa  82  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3085  amidohydrolase family protein  24.14 
 
 		 694 aa  81.6  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2365  amidohydrolase  25.37 
 
 		 470 aa  81.3  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  25 
 
 		 407 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6483  peptidase S41  24.49 
 
 		 1125 aa  80.1  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  31.91 
 
 		 432 aa  79.3  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  30.49 
 
 		 427 aa  79.7  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2556  amidohydrolase  24.59 
 
 		 483 aa  79.3  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  79.7  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  79.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  79.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  23.54 
 
 		 433 aa  78.2  0.0000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  23.61 
 
 		 459 aa  78.2  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  23.55 
 
 		 590 aa  78.2  0.0000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  31.45 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  33.51 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00030  conserved hypothetical protein  23.27 
 
 		 443 aa  77.4  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.215737 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01184  conserved hypothetical protein  26 
 
 		 445 aa  77.4  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  31.58 
 
 		 427 aa  77.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  26.81 
 
 		 431 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  22.97 
 
 		 431 aa  77.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  31.05 
 
 		 436 aa  77  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  25.86 
 
 		 419 aa  77  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  26.81 
 
 		 431 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  23.11 
 
 		 423 aa  77  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  29.41 
 
 		 442 aa  77  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  25 
 
 		 407 aa  75.9  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  33.92 
 
 		 567 aa  75.9  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  26.84 
 
 		 1028 aa  75.1  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2801  amidohydrolase  21.78 
 
 		 585 aa  75.1  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.03 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  28.65 
 
 		 445 aa  75.1  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2416  amidohydrolase  22.82 
 
 		 702 aa  74.7  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0066037  normal  0.0385776 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  24.57 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  27.98 
 
 		 428 aa  74.7  0.000000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0249  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  30.81 
 
 		 497 aa  74.3  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0089  tricorn protease  23.42 
 
 		 1084 aa  74.3  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000582269  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0147  peptidase S41  24.94 
 
 		 1193 aa  73.2  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2932  amidohydrolase  23.02 
 
 		 431 aa  73.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  28.57 
 
 		 446 aa  73.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1597  amidohydrolase  22.72 
 
 		 477 aa  73.6  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.080388  normal  0.526129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>