270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1105 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1105  amidohydrolase  100 
 
 
478 aa  962    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.310318 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1790  amidohydrolase  36.44 
 
 
440 aa  261  3e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0268  amidohydrolase  33.26 
 
 
451 aa  224  2e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.863034  normal  0.27554 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3381  amidohydrolase  31.1 
 
 
455 aa  207  3e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.936479  normal  0.571146 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2344  amidohydrolase  29.88 
 
 
485 aa  166  6.9999999999999995e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.684912  normal  0.818181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2922  amidohydrolase  30.32 
 
 
511 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.802626 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2365  amidohydrolase  30.25 
 
 
470 aa  152  8.999999999999999e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0971  amidohydrolase 3  28.43 
 
 
666 aa  145  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.59323  normal  0.0406107 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1186  amidohydrolase  26.74 
 
 
512 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000825037 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5176  amidohydrolase  28.1 
 
 
686 aa  139  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.167618  normal  0.830849 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2661  amidohydrolase  29.98 
 
 
484 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0618  amidohydrolase  28.01 
 
 
496 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.210154 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3211  amidohydrolase  26.71 
 
 
680 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.361649  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2416  amidohydrolase  29.68 
 
 
702 aa  127  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0066037  normal  0.0385776 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2556  amidohydrolase  27.39 
 
 
483 aa  125  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3066  amidohydrolase  27.97 
 
 
490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11210  amidohydrolase  28.95 
 
 
456 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170748  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  26.85 
 
 
1005 aa  111  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1060  amidohydrolase  29.28 
 
 
438 aa  109  8.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000132044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2801  amidohydrolase  25.97 
 
 
585 aa  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00030  conserved hypothetical protein  27.75 
 
 
443 aa  109  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.215737 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0535  amidohydrolase family protein  22.43 
 
 
672 aa  108  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  28.6 
 
 
433 aa  103  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0533  amidohydrolase  28.15 
 
 
444 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0159  amidohydrolase  29.28 
 
 
415 aa  101  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1062  amidohydrolase  25.11 
 
 
426 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.574986 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  25.41 
 
 
431 aa  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  26.63 
 
 
1010 aa  100  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  26.24 
 
 
1014 aa  100  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2410  amidohydrolase  24.88 
 
 
438 aa  97.4  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0002152  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  27.77 
 
 
455 aa  97.8  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  24.24 
 
 
1066 aa  97.4  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2719  amidohydrolase  26.86 
 
 
440 aa  97.1  7e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0331  Imidazolonepropionase  28.42 
 
 
448 aa  95.1  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2711  amidohydrolase  26.39 
 
 
400 aa  94.7  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959959  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1901  amidohydrolase  24.42 
 
 
1084 aa  92.8  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2681  amidohydrolase  25.88 
 
 
692 aa  92.8  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.398807  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  24.19 
 
 
1069 aa  92  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5667  amidohydrolase:amidohydrolase-like  27.47 
 
 
529 aa  91.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1826  Pro-Hyp dipeptidase  27.04 
 
 
426 aa  90.9  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  27.75 
 
 
433 aa  90.5  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  25.72 
 
 
437 aa  90.5  7e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1413  amidohydrolase  28.18 
 
 
423 aa  90.1  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  26.97 
 
 
1062 aa  90.1  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3085  amidohydrolase family protein  22.68 
 
 
694 aa  89.7  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5309  amidohydrolase  24.49 
 
 
543 aa  89.7  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.700694  normal  0.749654 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3491  Pro-Hyp dipeptidase  25.47 
 
 
426 aa  88.6  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163826  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  26.68 
 
 
430 aa  88.2  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  26.58 
 
 
423 aa  88.2  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3987  amidohydrolase  24.77 
 
 
435 aa  88.6  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.589739 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2881  amidohydrolase  26.32 
 
 
819 aa  87.8  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1130  amidohydrolase  26.33 
 
 
425 aa  87.8  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.524947  normal  0.474819 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  24.36 
 
 
1065 aa  87.4  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4683  amidohydrolase  24.06 
 
 
540 aa  87  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.524351  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  23.19 
 
 
1067 aa  87.4  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2318  amidohydrolase  25.95 
 
 
428 aa  85.9  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246502  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3973  amidohydrolase  26.13 
 
 
409 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  26.12 
 
 
1059 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3194  hypothetical protein  28.47 
 
 
447 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.352282  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0258  amidohydrolase  25 
 
 
441 aa  85.5  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0639139  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  23.4 
 
 
1081 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  24.72 
 
 
407 aa  85.5  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2368  amidohydrolase  24.25 
 
 
441 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  26.61 
 
 
1078 aa  84.7  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  26.55 
 
 
444 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01184  conserved hypothetical protein  27.05 
 
 
445 aa  84.3  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2093  amidohydrolase  25.35 
 
 
568 aa  84  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.351411  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  26.12 
 
 
1031 aa  84.3  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  22.35 
 
 
1060 aa  84  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  25.22 
 
 
431 aa  84  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  25.22 
 
 
1138 aa  82.4  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  23.99 
 
 
430 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2823  amidohydrolase  25.31 
 
 
422 aa  82.4  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.750141  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02779  conserved hypothetical protein  26.16 
 
 
493 aa  80.9  0.00000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.243832  normal  0.291851 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  22.48 
 
 
1062 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  26.7 
 
 
407 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  24.06 
 
 
405 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  24.89 
 
 
1052 aa  81.3  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000234818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  22.97 
 
 
470 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  22.48 
 
 
1062 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  22.48 
 
 
1062 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1893  amidohydrolase  26.36 
 
 
409 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.342109 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1913  amidohydrolase  26.36 
 
 
409 aa  80.1  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.406706  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1959  amidohydrolase  26.36 
 
 
409 aa  80.1  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0681  amidohydrolase  27.45 
 
 
432 aa  79.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312549  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0935  amidohydrolase  26.46 
 
 
428 aa  79.3  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.755972  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  22.25 
 
 
1062 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  22.48 
 
 
1062 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2115  amidohydrolase  25.58 
 
 
426 aa  79.7  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0015  amidohydrolase  22.25 
 
 
598 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  22.25 
 
 
1062 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  22.99 
 
 
1071 aa  78.2  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0594  amidohydrolase  26.75 
 
 
480 aa  78.6  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251478 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  25.68 
 
 
433 aa  78.2  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4215  amidohydrolase  27.88 
 
 
412 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33185  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  25.92 
 
 
420 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4676  amidohydrolase  24.88 
 
 
414 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0192807  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13368  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  23.53 
 
 
426 aa  77  0.0000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.256749  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1549  amidohydrolase  24.25 
 
 
413 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64121  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0087  amidohydrolase  26.27 
 
 
423 aa  77  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0161193  normal  0.19517 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>