More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2410 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2410  amidohydrolase  100 
 
 
438 aa  897    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0002152  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0971  amidohydrolase 3  30.31 
 
 
666 aa  150  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.59323  normal  0.0406107 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5176  amidohydrolase  28.7 
 
 
686 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.167618  normal  0.830849 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3066  amidohydrolase  27.46 
 
 
490 aa  136  9e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0535  amidohydrolase family protein  28.08 
 
 
672 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  26.57 
 
 
1005 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2556  amidohydrolase  26.93 
 
 
483 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2365  amidohydrolase  29.54 
 
 
470 aa  121  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2416  amidohydrolase  30.73 
 
 
702 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0066037  normal  0.0385776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0594  amidohydrolase  26.36 
 
 
480 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251478 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  29.45 
 
 
426 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0258  amidohydrolase  26.09 
 
 
441 aa  107  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0639139  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  26.15 
 
 
407 aa  106  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  29.09 
 
 
1010 aa  106  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  28.08 
 
 
431 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  27.48 
 
 
1066 aa  103  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1790  amidohydrolase  25.49 
 
 
440 aa  103  9e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1901  amidohydrolase  26.04 
 
 
1084 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  27.11 
 
 
1081 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0618  amidohydrolase  28.24 
 
 
496 aa  99.4  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.210154 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  27.3 
 
 
1069 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3211  amidohydrolase  25.29 
 
 
680 aa  97.8  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.361649  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  28.51 
 
 
459 aa  97.8  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  27.17 
 
 
1031 aa  97.4  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4683  amidohydrolase  25.17 
 
 
540 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.524351  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1105  amidohydrolase  24.88 
 
 
478 aa  97.4  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.310318 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1060  amidohydrolase  27.69 
 
 
438 aa  97.1  6e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000132044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2344  amidohydrolase  24.61 
 
 
485 aa  96.7  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.684912  normal  0.818181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3381  amidohydrolase  22.63 
 
 
455 aa  96.7  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.936479  normal  0.571146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11210  amidohydrolase  27.23 
 
 
456 aa  95.9  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170748  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3085  amidohydrolase family protein  28.78 
 
 
694 aa  95.1  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2093  amidohydrolase  23.65 
 
 
568 aa  95.1  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.351411  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3987  amidohydrolase  24.54 
 
 
435 aa  95.1  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.589739 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  27.18 
 
 
1052 aa  94.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000234818 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  26.96 
 
 
1138 aa  94  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  25 
 
 
1071 aa  94.4  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  28.2 
 
 
1062 aa  94  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5427  amidohydrolase  25.74 
 
 
432 aa  94  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.726254  normal  0.0808338 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2368  amidohydrolase  28.24 
 
 
441 aa  93.6  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2801  amidohydrolase  24.84 
 
 
585 aa  92.8  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2318  amidohydrolase  27.37 
 
 
428 aa  92.8  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246502  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2661  amidohydrolase  26.89 
 
 
484 aa  92  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5309  amidohydrolase  23.39 
 
 
543 aa  91.3  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.700694  normal  0.749654 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0268  amidohydrolase  23.39 
 
 
451 aa  90.9  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.863034  normal  0.27554 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0913  amidohydrolase  26.17 
 
 
438 aa  90.5  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887966  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2922  amidohydrolase  25.17 
 
 
511 aa  90.5  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.802626 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  26.4 
 
 
430 aa  90.1  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  26.6 
 
 
430 aa  89.4  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01184  conserved hypothetical protein  27.01 
 
 
445 aa  89  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  26.33 
 
 
433 aa  88.2  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1062  amidohydrolase  25.94 
 
 
426 aa  87.8  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.574986 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  24.15 
 
 
455 aa  87  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  27.06 
 
 
405 aa  87  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5667  amidohydrolase:amidohydrolase-like  25.34 
 
 
529 aa  86.7  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2681  amidohydrolase  26.52 
 
 
692 aa  86.7  7e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.398807  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2823  amidohydrolase  24.6 
 
 
422 aa  86.7  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.750141  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  26.16 
 
 
433 aa  86.3  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  26 
 
 
1014 aa  85.5  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  24.31 
 
 
444 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0868  amidohydrolase  30.03 
 
 
351 aa  85.5  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1186  amidohydrolase  22.25 
 
 
512 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000825037 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1413  amidohydrolase  26.98 
 
 
423 aa  84  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0331  Imidazolonepropionase  26.17 
 
 
448 aa  84  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  25.24 
 
 
1111 aa  84  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0479  amidohydrolase  24.59 
 
 
401 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0533  amidohydrolase  24.83 
 
 
444 aa  83.6  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4905  amidohydrolase  28.99 
 
 
381 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0270368  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2881  amidohydrolase  25.74 
 
 
819 aa  82.8  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1348  putative Xaa-Pro dipeptidase  24.42 
 
 
434 aa  82.8  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  25.55 
 
 
470 aa  82.4  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  23.4 
 
 
437 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1275  amidohydrolase  25 
 
 
415 aa  81.6  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2275  amidohydrolase  25.98 
 
 
450 aa  80.9  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.776694  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  25.96 
 
 
1059 aa  80.9  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1826  Pro-Hyp dipeptidase  24.11 
 
 
426 aa  80.1  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2719  amidohydrolase  26.84 
 
 
440 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0935  amidohydrolase  25.62 
 
 
428 aa  79.7  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.755972  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  26.32 
 
 
1042 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2646  amidohydrolase  26.5 
 
 
407 aa  78.2  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  26.39 
 
 
1042 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  26.04 
 
 
1040 aa  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2377  amidohydrolase  26.27 
 
 
421 aa  77  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134161  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3982  amidohydrolase  25.34 
 
 
445 aa  76.6  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  27.65 
 
 
431 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2208  amidohydrolase  26.67 
 
 
440 aa  75.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00166067 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0681  amidohydrolase  24.29 
 
 
432 aa  74.7  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312549  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1893  amidohydrolase  28.98 
 
 
409 aa  74.3  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.342109 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3194  hypothetical protein  27.69 
 
 
447 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.352282  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1959  amidohydrolase  28.98 
 
 
409 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1913  amidohydrolase  28.98 
 
 
409 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.406706  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0432  amidohydrolase  25 
 
 
421 aa  73.9  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5037  amidohydrolase  26.1 
 
 
432 aa  73.9  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2711  amidohydrolase  24.14 
 
 
400 aa  73.6  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959959  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00030  conserved hypothetical protein  25.29 
 
 
443 aa  73.6  0.000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.215737 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1852  imidazolonepropionase related amidohydrolase  23.87 
 
 
410 aa  73.2  0.000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4333  amidohydrolase  26.39 
 
 
424 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.48776  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4194  amidohydrolase  26.3 
 
 
406 aa  72.8  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268221  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2289  amidohydrolase  25.78 
 
 
456 aa  72.4  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2475  amidohydrolase  30.77 
 
 
397 aa  71.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4676  amidohydrolase  26.11 
 
 
414 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0192807  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>