174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2697 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  66.54 
 
 		 715 aa  944    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  72.94 
 
 		 784 aa  1067    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  80.89 
 
 		 773 aa  1212    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  77.57 
 
 		 742 aa  988    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 769 aa  1524    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  67.33 
 
 		 713 aa  956    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  60.82 
 
 		 763 aa  903    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5214  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.4 
 
 		 774 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40.31 
 
 		 737 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.77 
 
 		 766 aa  395  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2194  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.88 
 
 		 804 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1859  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.02 
 
 		 804 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2958  lipopolysaccharide biosynthesis protein  47.5 
 
 		 759 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  34.62 
 
 		 709 aa  349  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  34.02 
 
 		 747 aa  346  7e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  34.4 
 
 		 735 aa  335  3e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  36.47 
 
 		 720 aa  323  8e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.13 
 
 		 726 aa  316  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.71 
 
 		 724 aa  296  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  34.28 
 
 		 738 aa  275  3e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  28.64 
 
 		 734 aa  196  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.03 
 
 		 748 aa  168  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  28.89 
 
 		 758 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  28.36 
 
 		 688 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  25.95 
 
 		 756 aa  161  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  31.37 
 
 		 756 aa  161  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  28.87 
 
 		 758 aa  160  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.74 
 
 		 491 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.55 
 
 		 701 aa  153  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.73 
 
 		 739 aa  146  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.36 
 
 		 745 aa  145  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  24.86 
 
 		 750 aa  140  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  27.03 
 
 		 687 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  25.76 
 
 		 772 aa  138  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  28.44 
 
 		 764 aa  137  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  28.54 
 
 		 788 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  23.38 
 
 		 756 aa  134  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  26.73 
 
 		 753 aa  132  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3310  protein-tyrosine kinase  23.98 
 
 		 756 aa  131  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.375683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  25.94 
 
 		 782 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.91 
 
 		 696 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.83 
 
 		 759 aa  129  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  24.93 
 
 		 778 aa  129  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  25.61 
 
 		 743 aa  128  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.5 
 
 		 751 aa  124  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  28.81 
 
 		 779 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.29 
 
 		 537 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.08 
 
 		 764 aa  118  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  25.2 
 
 		 710 aa  115  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2583  protein-tyrosine kinase  28.01 
 
 		 711 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  26.41 
 
 		 776 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.62 
 
 		 707 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.38 
 
 		 707 aa  111  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.84 
 
 		 750 aa  109  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  25.73 
 
 		 729 aa  108  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.48 
 
 		 704 aa  108  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  23.25 
 
 		 797 aa  107  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  23.53 
 
 		 737 aa  107  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.85 
 
 		 491 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.52 
 
 		 595 aa  106  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  22.59 
 
 		 779 aa  103  8e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27 
 
 		 478 aa  103  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  22.63 
 
 		 753 aa  103  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2874  lipopolysaccharide biosynthesis  27.8 
 
 		 515 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.57 
 
 		 749 aa  102  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  24.26 
 
 		 770 aa  101  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  21.8 
 
 		 755 aa  101  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.21 
 
 		 731 aa  101  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.05 
 
 		 718 aa  100  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  21.8 
 
 		 731 aa  100  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  26.77 
 
 		 790 aa  100  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  24.18 
 
 		 872 aa  97.8  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.6 
 
 		 730 aa  97.1  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  27.29 
 
 		 572 aa  96.3  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01392  exopolysaccharide xanthan biosynthesis chain length determinant protein GumC  24.92 
 
 		 472 aa  95.9  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.402956  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  27.29 
 
 		 572 aa  95.1  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.53 
 
 		 467 aa  94.4  7e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  23.76 
 
 		 737 aa  94  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1794  chain length determinant protein  24.29 
 
 		 461 aa  93.2  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3224  protein-tyrosine kinase  24.09 
 
 		 733 aa  90.5  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  21.09 
 
 		 726 aa  90.5  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  24.92 
 
 		 466 aa  90.1  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  25.49 
 
 		 772 aa  88.2  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  23.94 
 
 		 771 aa  87.8  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  23.92 
 
 		 789 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1657  non-specific protein-tyrosine kinase  21.61 
 
 		 721 aa  87.4  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.779278  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  23.62 
 
 		 738 aa  85.9  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6092  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.72 
 
 		 730 aa  85.5  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666238  decreased coverage  0.00184203 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.39 
 
 		 548 aa  84.7  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  24.34 
 
 		 789 aa  84.7  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  24.05 
 
 		 466 aa  84.7  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0359  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  24.62 
 
 		 720 aa  83.2  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.302004  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.25 
 
 		 785 aa  82.4  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6236  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.37 
 
 		 735 aa  81.6  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573901  normal  0.403128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4817  non-specific protein-tyrosine kinase  23.15 
 
 		 727 aa  80.5  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.963107 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  22.05 
 
 		 745 aa  79  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  24.62 
 
 		 790 aa  79  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5599  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 776 aa  78.6  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  26.08 
 
 		 737 aa  78.6  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.93 
 
 		 537 aa  78.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>