More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2989 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1150 aa  636    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  41.71 
 
 		 1103 aa  647    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.16 
 
 		 1158 aa  636    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.7 
 
 		 1183 aa  640    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  47.67 
 
 		 1246 aa  639    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  47.88 
 
 		 1207 aa  648    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2989  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1205 aa  2437    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.147706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  46.05 
 
 		 1265 aa  649    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1112 aa  664    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  39.29 
 
 		 1169 aa  646    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  48.95 
 
 		 1182 aa  647    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  39.32 
 
 		 1073 aa  633  1e-180  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1165 aa  627  1e-178  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.06 
 
 		 1179 aa  624  1e-177  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1182 aa  625  1e-177  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  42.65 
 
 		 1112 aa  625  1e-177  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  39.22 
 
 		 1177 aa  625  1e-177  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  36.02 
 
 		 1177 aa  624  1e-177  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  38.36 
 
 		 1177 aa  624  1e-177  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  50.09 
 
 		 1178 aa  619  1e-176  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  47.28 
 
 		 1170 aa  618  1e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  51.42 
 
 		 1183 aa  616  1e-175  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  36.86 
 
 		 1168 aa  612  1e-173  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  39.96 
 
 		 1208 aa  607  9.999999999999999e-173  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  39.91 
 
 		 1164 aa  606  9.999999999999999e-173  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  34.24 
 
 		 1059 aa  607  9.999999999999999e-173  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  50.89 
 
 		 1197 aa  604  1.0000000000000001e-171  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  47.06 
 
 		 1159 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  37.8 
 
 		 1123 aa  604  1.0000000000000001e-171  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  35.24 
 
 		 1155 aa  599  1e-170  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  49.29 
 
 		 1165 aa  597  1e-169  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  45.08 
 
 		 1162 aa  596  1e-169  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  49.64 
 
 		 1176 aa  593  1e-168  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  37.27 
 
 		 1126 aa  594  1e-168  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  44.92 
 
 		 1162 aa  594  1e-168  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  31.8 
 
 		 1126 aa  593  1e-168  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  52.72 
 
 		 1176 aa  593  1e-168  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  41.38 
 
 		 1196 aa  591  1e-167  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3189  transcription-repair coupling factor  35.28 
 
 		 1218 aa  591  1e-167  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  52.27 
 
 		 1148 aa  590  1e-167  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  45.21 
 
 		 1197 aa  592  1e-167  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  52.72 
 
 		 1154 aa  592  1e-167  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  40.09 
 
 		 1134 aa  591  1e-167  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  52.66 
 
 		 1157 aa  590  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1148 aa  588  1e-166  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  49.82 
 
 		 1176 aa  586  1e-166  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1148 aa  586  1e-166  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  49.82 
 
 		 1176 aa  586  1e-166  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  49.82 
 
 		 1176 aa  586  1e-166  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  37.13 
 
 		 1148 aa  588  1e-166  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  49.82 
 
 		 1176 aa  586  1e-166  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1216 aa  587  1e-166  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  49.46 
 
 		 1179 aa  588  1e-166  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  49.03 
 
 		 1176 aa  588  1e-166  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  52.66 
 
 		 1157 aa  589  1e-166  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  49.21 
 
 		 1162 aa  587  1e-166  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  36.72 
 
 		 1109 aa  586  1e-166  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  49.82 
 
 		 1176 aa  586  1e-166  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  49.82 
 
 		 1176 aa  586  1e-166  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  51.6 
 
 		 1157 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  49.82 
 
 		 1178 aa  586  1.0000000000000001e-165  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 		 1160 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8585  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1204 aa  584  1.0000000000000001e-165  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1148 aa  586  1.0000000000000001e-165  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1148 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1148 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1121 aa  584  1.0000000000000001e-165  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  49.28 
 
 		 1176 aa  584  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1164 aa  582  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1157 aa  580  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  50.56 
 
 		 1141 aa  581  1e-164  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  47.16 
 
 		 1174 aa  582  1e-164  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1148 aa  581  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  49.28 
 
 		 1176 aa  579  1e-164  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  46.46 
 
 		 1123 aa  580  1e-164  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1164 aa  581  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2006  transcription-repair coupling factor  36 
 
 		 1155 aa  581  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000316908 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1122 aa  580  1e-164  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  39.47 
 
 		 1180 aa  581  1e-164  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  47.65 
 
 		 1165 aa  582  1e-164  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  46.62 
 
 		 1224 aa  581  1e-164  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  51.44 
 
 		 1148 aa  578  1.0000000000000001e-163  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  35.45 
 
 		 1156 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1157 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  46.5 
 
 		 1161 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1150 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  33.3 
 
 		 1122 aa  575  1.0000000000000001e-162  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  35.1 
 
 		 1156 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1164 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  35.1 
 
 		 1185 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1155 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1218 aa  575  1.0000000000000001e-162  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1150 aa  572  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1202 aa  572  1e-161  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0912  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1181 aa  571  1e-161  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  35.02 
 
 		 1151 aa  571  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1179 aa  572  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  49.64 
 
 		 1168 aa  571  1e-161  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  34.82 
 
 		 1169 aa  567  1e-160  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0967  transcription-repair coupling factor  34.46 
 
 		 1170 aa  569  1e-160  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.8826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>