201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3285 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 377 aa  753    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  52.53 
 
 		 363 aa  342  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  52.34 
 
 		 353 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  51.1 
 
 		 354 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  51.1 
 
 		 354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  51.1 
 
 		 354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  50.55 
 
 		 354 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  37.64 
 
 		 357 aa  218  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  38.99 
 
 		 345 aa  179  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  35.34 
 
 		 346 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  33.62 
 
 		 330 aa  159  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  35.75 
 
 		 349 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  32.29 
 
 		 333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  34.77 
 
 		 356 aa  145  8.000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  30.92 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  35.9 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  32.22 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  31.93 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 351 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  33.88 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 354 aa  126  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  30.51 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 340 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  29.89 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  29.23 
 
 		 340 aa  120  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  29.26 
 
 		 343 aa  116  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  29.81 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  31.92 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  30.37 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 339 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  27.8 
 
 		 339 aa  96.3  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  26.54 
 
 		 340 aa  95.9  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  28.53 
 
 		 345 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 342 aa  90.1  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  29.14 
 
 		 350 aa  88.6  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  27.1 
 
 		 339 aa  86.7  7e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  26.76 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  28.57 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  26.67 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  27.56 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  26.84 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  21.28 
 
 		 352 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  27.3 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  21.39 
 
 		 364 aa  73.6  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  26.18 
 
 		 341 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.03 
 
 		 338 aa  72  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  28.3 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  26.18 
 
 		 347 aa  68.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  23.34 
 
 		 354 aa  64.3  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  26.62 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  25.78 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  27.05 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  30.1 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  27.07 
 
 		 332 aa  62.4  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  29.38 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  24.92 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  22.55 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  24.26 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.86 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  24.53 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1972  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  30.43 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0103522 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  27.53 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0595  LacI family transcription regulator  22.99 
 
 		 349 aa  55.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000015362  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.51 
 
 		 339 aa  55.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  29.52 
 
 		 344 aa  55.5  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.55 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.55 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.81 
 
 		 351 aa  54.3  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  22.88 
 
 		 331 aa  54.3  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0550  LacI family transcription regulator  26.34 
 
 		 336 aa  54.3  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  26.67 
 
 		 328 aa  53.1  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  26.99 
 
 		 337 aa  53.1  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.51 
 
 		 331 aa  52.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  25.64 
 
 		 342 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.32 
 
 		 328 aa  52.4  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  25.93 
 
 		 337 aa  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  24.59 
 
 		 331 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  24.57 
 
 		 332 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 294 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 294 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4188  regulatory protein, LacI  22.02 
 
 		 332 aa  50.8  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  29.21 
 
 		 332 aa  50.8  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  26.85 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>