More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3862 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3862  diguanylate cyclase  100 
 
 		 318 aa  604  9.999999999999999e-173  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.561764  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  44.33 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 		 482 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 491 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  34.62 
 
 		 435 aa  119  9e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 378 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  46.31 
 
 		 584 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 728 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  42.59 
 
 		 400 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 385 aa  112  8.000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 736 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 492 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 403 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 646 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 493 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.33 
 
 		 603 aa  109  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  29.89 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 493 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.04 
 
 		 419 aa  108  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4011  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156035  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 484 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  29.01 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0350  diguanylate cyclase  45.89 
 
 		 776 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 548 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 440 aa  108  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.68 
 
 		 474 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 680 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  48.08 
 
 		 699 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.22 
 
 		 619 aa  107  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 408 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.53 
 
 		 565 aa  106  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.14 
 
 		 599 aa  106  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 471 aa  105  7e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 512 aa  105  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 583 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 408 aa  105  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 321 aa  105  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.04 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 227 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 		 772 aa  104  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 390 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 753 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 555 aa  104  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 391 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 391 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0369  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.65 
 
 		 600 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.136895  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.75 
 
 		 791 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  30.93 
 
 		 477 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 387 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 369 aa  103  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 493 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 355 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 768 aa  103  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 532 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 405 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.76 
 
 		 517 aa  103  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.18 
 
 		 675 aa  103  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0236  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.15 
 
 		 580 aa  103  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  40.79 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 516 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 375 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  34.48 
 
 		 413 aa  102  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 366 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 381 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4153  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  31.43 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  42.24 
 
 		 448 aa  102  7e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 389 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 381 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3516  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 370 aa  102  7e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 637 aa  102  8e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  34.9 
 
 		 498 aa  102  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 681 aa  102  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3413  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.54 
 
 		 342 aa  102  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4127  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0339065  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 696 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 604 aa  101  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  37.82 
 
 		 487 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  41.9 
 
 		 1093 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 384 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.79 
 
 		 325 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>