More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1274 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_1274  diguanylate cyclase  100 
 
 
353 aa  699    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  20.58 
 
 
748 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  21.88 
 
 
781 aa  75.5  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  22.47 
 
 
482 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  25.88 
 
 
934 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.83 
 
 
480 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.54 
 
 
464 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  25.7 
 
 
1099 aa  70.1  0.00000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  27.1 
 
 
808 aa  69.7  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.06 
 
 
935 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.66 
 
 
571 aa  68.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.93 
 
 
768 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  23.12 
 
 
492 aa  68.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.69 
 
 
947 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  26.28 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 
689 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  19.74 
 
 
462 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  24.54 
 
 
882 aa  67.4  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.02 
 
 
784 aa  67.8  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.12 
 
 
689 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.07 
 
 
475 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.59 
 
 
1010 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 
689 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  27.85 
 
 
1346 aa  66.2  0.0000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  23.78 
 
 
523 aa  66.6  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.27 
 
 
1070 aa  66.2  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.87 
 
 
947 aa  66.2  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 
864 aa  66.2  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.56 
 
 
1289 aa  66.2  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  25 
 
 
560 aa  66.2  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
714 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  25 
 
 
686 aa  65.5  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.7 
 
 
935 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0335  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  24.77 
 
 
980 aa  65.5  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.376364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.55 
 
 
854 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2177  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.86 
 
 
755 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.469319  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  25.15 
 
 
466 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  25.15 
 
 
466 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.06 
 
 
1212 aa  65.1  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  25.15 
 
 
466 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  25.15 
 
 
466 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.22 
 
 
718 aa  65.1  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 
1466 aa  65.5  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  25.15 
 
 
466 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  25.15 
 
 
628 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  22.36 
 
 
314 aa  65.1  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  25.69 
 
 
1073 aa  64.7  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.58 
 
 
673 aa  64.7  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.54 
 
 
772 aa  64.3  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.52 
 
 
498 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  20.35 
 
 
287 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102142  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.7 
 
 
585 aa  64.3  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  25.15 
 
 
454 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  25.15 
 
 
454 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 
869 aa  64.3  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2544  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.89 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.374361  normal  0.108185 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1365  diguanylate cyclase  24 
 
 
276 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134313  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  25 
 
 
356 aa  64.3  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  23.39 
 
 
931 aa  63.9  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  22.52 
 
 
493 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2678  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.21 
 
 
515 aa  63.9  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.52 
 
 
498 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.52 
 
 
488 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  21.62 
 
 
273 aa  63.5  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.28 
 
 
654 aa  63.5  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  25.3 
 
 
923 aa  63.5  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  25 
 
 
513 aa  63.2  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.04 
 
 
461 aa  63.5  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.86 
 
 
458 aa  63.2  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.49 
 
 
1275 aa  63.2  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.61 
 
 
1050 aa  63.2  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  21.62 
 
 
565 aa  63.2  0.000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.84 
 
 
353 aa  63.2  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  21.47 
 
 
466 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  25 
 
 
464 aa  63.2  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.88 
 
 
739 aa  62.8  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  21.47 
 
 
466 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  23.12 
 
 
215 aa  62.8  0.000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3376  GGDEF domain-containing protein  22.55 
 
 
480 aa  63.2  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  26.51 
 
 
681 aa  62.8  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  25.15 
 
 
688 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.64 
 
 
582 aa  62.4  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 
869 aa  62.4  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
840 aa  62.4  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 
951 aa  62.8  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  24.55 
 
 
759 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  21.74 
 
 
1047 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  27.59 
 
 
1036 aa  62.4  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.48 
 
 
780 aa  62  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  26.63 
 
 
682 aa  62  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.83 
 
 
319 aa  61.2  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3695  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.41 
 
 
930 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2565  two component signal transduction response regulator  23.89 
 
 
703 aa  61.2  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.14 
 
 
556 aa  61.6  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.69 
 
 
704 aa  61.6  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.91 
 
 
777 aa  62  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.765489  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  25.29 
 
 
283 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  22.84 
 
 
474 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0234  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.16 
 
 
540 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
853 aa  60.8  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>