209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0683 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  100 
 
 		 754 aa  1526    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  30.17 
 
 		 924 aa  264  4.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  30.17 
 
 		 924 aa  264  4.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  30.57 
 
 		 678 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  34.73 
 
 		 474 aa  239  1e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  35.76 
 
 		 476 aa  238  2e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  31.8 
 
 		 471 aa  234  3e-60  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  34.17 
 
 		 488 aa  234  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  34.6 
 
 		 473 aa  228  2e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  34.15 
 
 		 475 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  35.08 
 
 		 469 aa  213  9e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  31.74 
 
 		 496 aa  206  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  29.39 
 
 		 480 aa  201  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0717  ribonuclease H  37.7 
 
 		 220 aa  147  5e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0082  ribonuclease H  46.1 
 
 		 201 aa  106  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.000796029  decreased coverage  0.0000638977 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1820  ribonuclease H  47.01 
 
 		 201 aa  104  7e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1097  ribonuclease H  46.62 
 
 		 201 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1703  putative ribonuclease HI  40.43 
 
 		 209 aa  96.3  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0820498  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1622  ribonuclease H  40.99 
 
 		 209 aa  96.7  2e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.0000792323  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1436  RNAse H family protein  40.43 
 
 		 209 aa  95.9  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1536  ribonuclease H  40.51 
 
 		 194 aa  93.6  1e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000285387  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1523  ribonuclease H  37.33 
 
 		 221 aa  90.9  7e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  24.83 
 
 		 365 aa  89.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0319  ribonuclease H1, putative  35.92 
 
 		 206 aa  87.8  7e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.531487  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  24.37 
 
 		 365 aa  87.8  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  25.23 
 
 		 365 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  24.59 
 
 		 373 aa  85.9  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  25.69 
 
 		 369 aa  82.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  25.12 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  25.52 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  24.71 
 
 		 372 aa  79.7  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  25.12 
 
 		 397 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  24.6 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  23.85 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  24.26 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1484  ribonuclease H  34.9 
 
 		 221 aa  78.6  0.0000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000443868  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  24.53 
 
 		 363 aa  78.2  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  25.93 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  25.54 
 
 		 728 aa  76.3  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  23.54 
 
 		 486 aa  76.6  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  25.81 
 
 		 373 aa  76.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  24.36 
 
 		 369 aa  73.9  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  25.75 
 
 		 373 aa  73.9  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf660  ribonuclease HI  31.54 
 
 		 487 aa  73.6  0.00000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.218986  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  25.75 
 
 		 373 aa  72.8  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  25.16 
 
 		 744 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  25.46 
 
 		 376 aa  72  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  31.31 
 
 		 738 aa  71.6  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  24.14 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2944  ribonuclease H-related protein  36.57 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.78167e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  28.16 
 
 		 738 aa  71.2  0.00000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  29.63 
 
 		 728 aa  70.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  26.91 
 
 		 728 aa  70.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  25.87 
 
 		 727 aa  70.5  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  23.64 
 
 		 733 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  23.64 
 
 		 733 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  22.54 
 
 		 486 aa  69.3  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0558  RNAse H family protein  33.33 
 
 		 152 aa  70.1  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  24.08 
 
 		 375 aa  68.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  23.39 
 
 		 740 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  24.94 
 
 		 375 aa  68.9  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  23.87 
 
 		 737 aa  68.2  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  24.26 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  27.19 
 
 		 688 aa  67.8  0.0000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  27.96 
 
 		 733 aa  67  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  23.33 
 
 		 727 aa  67  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  28.42 
 
 		 375 aa  67.4  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13950  hypothetical protein  29.24 
 
 		 957 aa  66.2  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  24.46 
 
 		 750 aa  65.9  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  24.53 
 
 		 731 aa  65.5  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  28.64 
 
 		 813 aa  64.7  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  27.84 
 
 		 731 aa  65.1  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  25 
 
 		 728 aa  64.7  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  26.81 
 
 		 739 aa  64.3  0.000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  24.68 
 
 		 462 aa  64.3  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  25.47 
 
 		 726 aa  64.7  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  24.21 
 
 		 747 aa  64.7  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  24.82 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  23.31 
 
 		 738 aa  63.9  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  24.71 
 
 		 749 aa  63.5  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  23.96 
 
 		 740 aa  63.9  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  26.98 
 
 		 725 aa  63.2  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  21.87 
 
 		 448 aa  63.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  26.29 
 
 		 491 aa  63.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  26.18 
 
 		 750 aa  62.4  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  33.1 
 
 		 1214 aa  62.4  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  26.98 
 
 		 731 aa  62.4  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  22.68 
 
 		 926 aa  61.6  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  23.27 
 
 		 1093 aa  61.6  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  24.41 
 
 		 744 aa  61.2  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  24.15 
 
 		 772 aa  61.6  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  26.32 
 
 		 754 aa  61.2  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  27.24 
 
 		 728 aa  61.2  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  24.41 
 
 		 744 aa  60.8  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  24.22 
 
 		 731 aa  60.8  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  26.95 
 
 		 961 aa  60.1  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.04 
 
 		 744 aa  59.7  0.0000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  25.49 
 
 		 746 aa  60.1  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  24.38 
 
 		 367 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  25 
 
 		 744 aa  59.7  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>