68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCAP_0319 on replicon NC_007633
Organism: Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007633  MCAP_0319  ribonuclease H1, putative  100 
 
 
206 aa  419  1e-116  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.531487  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl475  ribonuclease HI  47.32 
 
 
206 aa  204  1e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1536  ribonuclease H  42.86 
 
 
194 aa  151  5.9999999999999996e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000285387  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1097  ribonuclease H  36.32 
 
 
201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0082  ribonuclease H  35.32 
 
 
201 aa  142  2e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.000796029  decreased coverage  0.0000638977 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1820  ribonuclease H  36.32 
 
 
201 aa  142  3e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf660  ribonuclease HI  35.65 
 
 
487 aa  128  7.000000000000001e-29  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.218986  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1484  ribonuclease H  34.67 
 
 
221 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000443868  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1523  ribonuclease H  35.68 
 
 
221 aa  124  9e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1436  RNAse H family protein  35.61 
 
 
209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1703  putative ribonuclease HI  35.61 
 
 
209 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0820498  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2944  ribonuclease H-related protein  34.98 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.78167e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1622  ribonuclease H  31.1 
 
 
209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.0000792323  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0717  ribonuclease H  37.12 
 
 
220 aa  87.4  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  35.92 
 
 
754 aa  87.8  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  27.63 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0675  RNase HI  47.3 
 
 
222 aa  66.6  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00564267  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  24.07 
 
 
321 aa  64.7  0.000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  25.44 
 
 
241 aa  63.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0558  RNAse H family protein  28.36 
 
 
152 aa  62.4  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1677  ribonuclease H  28.97 
 
 
145 aa  60.5  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.157391  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  27.47 
 
 
254 aa  58.2  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3543  hypothetical protein  34.18 
 
 
321 aa  57  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0291623  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  52 
 
 
251 aa  55.8  0.0000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  25.11 
 
 
251 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0617  ribonuclease H-related protein  24.6 
 
 
210 aa  55.8  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0129838 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84962  predicted protein  52.08 
 
 
289 aa  55.1  0.0000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.536372  normal  0.854998 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  21.99 
 
 
262 aa  55.1  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  25.61 
 
 
263 aa  55.1  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  23.81 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  22.81 
 
 
252 aa  53.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  27.16 
 
 
251 aa  53.9  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5118  ribonuclease H-related protein  24.87 
 
 
209 aa  52.4  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.465125 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  26.03 
 
 
163 aa  52.4  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  26.03 
 
 
163 aa  52.4  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  55.56 
 
 
211 aa  52  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  24.89 
 
 
254 aa  51.6  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44751  predicted protein  45.28 
 
 
376 aa  51.2  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00155872  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  23.49 
 
 
148 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  22.82 
 
 
148 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  25.34 
 
 
157 aa  48.9  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  27.08 
 
 
185 aa  47.8  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  41.51 
 
 
463 aa  47  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2729  ribonuclease H  25.81 
 
 
192 aa  47.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01860  hypothetical protein  37.78 
 
 
553 aa  46.6  0.0003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.948924  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2542  putative ribonuclease H1  46.51 
 
 
215 aa  45.8  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  24.65 
 
 
156 aa  45.8  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  27.01 
 
 
159 aa  45.1  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  23.45 
 
 
157 aa  45.1  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3655  ribonuclease H  29.45 
 
 
151 aa  44.7  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00499502  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03160  ribonuclease H-related protein  43.75 
 
 
212 aa  43.5  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  24.34 
 
 
148 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1213  ribonuclease H  45.45 
 
 
216 aa  43.5  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.799475 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  24.48 
 
 
150 aa  43.9  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02480  mitochondrial DNA repair and recombination protein PIF1 precursor, putative  37.25 
 
 
691 aa  43.5  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.255709  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0304  ribonuclease H  30.3 
 
 
145 aa  43.1  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0206259  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0774  ribonuclease H  27.4 
 
 
474 aa  43.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.245945  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  25.83 
 
 
154 aa  43.1  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  24.82 
 
 
154 aa  42.7  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  25.34 
 
 
156 aa  42  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  23.13 
 
 
157 aa  41.6  0.007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  22.67 
 
 
155 aa  42  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  25.74 
 
 
159 aa  41.6  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0825  5'-3' exonuclease  28.57 
 
 
474 aa  41.6  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  23.49 
 
 
148 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  23.49 
 
 
148 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  23.49 
 
 
148 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  24.48 
 
 
150 aa  41.2  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>