More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0902 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  62.43 
 
 
601 aa  677    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
551 aa  1112    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1399  ATPase  62.5 
 
 
419 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.91 
 
 
551 aa  460  9.999999999999999e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.31 
 
 
557 aa  408  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  54.41 
 
 
630 aa  389  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.95 
 
 
554 aa  386  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  59.05 
 
 
639 aa  388  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  53.66 
 
 
629 aa  385  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  58.45 
 
 
664 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  54.3 
 
 
629 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  58.4 
 
 
641 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  53.22 
 
 
607 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  50.24 
 
 
624 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.02 
 
 
653 aa  333  7.000000000000001e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  52.08 
 
 
699 aa  332  1e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  44.49 
 
 
514 aa  330  3e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.83 
 
 
693 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  56.65 
 
 
348 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.22 
 
 
875 aa  322  8e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  54.38 
 
 
509 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  49.16 
 
 
473 aa  318  1e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  42.08 
 
 
486 aa  318  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  53.35 
 
 
648 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  47.63 
 
 
517 aa  317  4e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  45.71 
 
 
674 aa  316  6e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.66 
 
 
670 aa  316  8e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  48.66 
 
 
668 aa  316  9e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  48.66 
 
 
670 aa  316  9e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  47.15 
 
 
700 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  48.66 
 
 
670 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  54.34 
 
 
369 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.66 
 
 
670 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  46.63 
 
 
479 aa  315  9.999999999999999e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.4 
 
 
670 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.5 
 
 
664 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.24 
 
 
1082 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.4 
 
 
648 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  48.4 
 
 
670 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.09 
 
 
488 aa  313  3.9999999999999997e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.85 
 
 
724 aa  312  9e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.09 
 
 
699 aa  312  9e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.7 
 
 
457 aa  312  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  44.44 
 
 
556 aa  311  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.45 
 
 
692 aa  311  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.45 
 
 
692 aa  311  2e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  44.94 
 
 
688 aa  311  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.3 
 
 
647 aa  310  4e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  47.96 
 
 
699 aa  310  4e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  44.72 
 
 
692 aa  310  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.72 
 
 
692 aa  310  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  44.72 
 
 
692 aa  310  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  44.72 
 
 
692 aa  310  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.72 
 
 
692 aa  310  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  44.39 
 
 
509 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.21 
 
 
692 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.29 
 
 
602 aa  309  8e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.95 
 
 
648 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  42.67 
 
 
733 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.91 
 
 
694 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.74 
 
 
723 aa  307  3e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  46.33 
 
 
510 aa  307  4.0000000000000004e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.92 
 
 
687 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.86 
 
 
641 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.92 
 
 
692 aa  306  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.92 
 
 
687 aa  306  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.92 
 
 
692 aa  306  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.47 
 
 
515 aa  306  8.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.2 
 
 
684 aa  306  9.000000000000001e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  44.2 
 
 
690 aa  305  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.5 
 
 
515 aa  305  1.0000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  44.2 
 
 
518 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.92 
 
 
692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  48.86 
 
 
687 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.11 
 
 
635 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.06 
 
 
509 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  40.84 
 
 
488 aa  302  9e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.92 
 
 
660 aa  302  1e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  48.47 
 
 
513 aa  301  1e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  40.99 
 
 
488 aa  301  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.33 
 
 
474 aa  302  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  46.02 
 
 
516 aa  301  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.57 
 
 
1139 aa  301  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.42 
 
 
474 aa  301  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  41.23 
 
 
480 aa  301  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  40.99 
 
 
488 aa  300  3e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.52 
 
 
650 aa  301  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.14 
 
 
515 aa  300  4e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  40.74 
 
 
488 aa  300  5e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  40.74 
 
 
488 aa  300  6e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  40.99 
 
 
484 aa  298  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.32 
 
 
575 aa  298  2e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  41.13 
 
 
486 aa  298  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.42 
 
 
462 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.18 
 
 
1079 aa  297  4e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.06 
 
 
481 aa  296  6e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.14 
 
 
806 aa  296  7e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.27 
 
 
521 aa  296  8e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0978  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.92 
 
 
466 aa  296  9e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0932912  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  43.22 
 
 
522 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>