More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2327 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 
522 aa  1084    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.860902  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2154  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.43 
 
 
529 aa  380  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.414477  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.27 
 
 
544 aa  335  1e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0570817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  36.7 
 
 
688 aa  320  3.9999999999999996e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.64 
 
 
724 aa  307  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.33 
 
 
692 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  37.33 
 
 
692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.33 
 
 
692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  37.33 
 
 
692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.52 
 
 
692 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.33 
 
 
692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  37.33 
 
 
692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.87 
 
 
670 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.06 
 
 
670 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  34.25 
 
 
733 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.52 
 
 
692 aa  303  6.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  35.87 
 
 
668 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  35.67 
 
 
670 aa  302  1e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.87 
 
 
670 aa  301  1e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.67 
 
 
648 aa  301  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  35.87 
 
 
670 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.88 
 
 
723 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  35.67 
 
 
670 aa  300  5e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.74 
 
 
692 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.74 
 
 
687 aa  299  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.74 
 
 
687 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.74 
 
 
692 aa  299  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.74 
 
 
692 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  37.07 
 
 
674 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 
693 aa  294  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  35.55 
 
 
690 aa  290  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  44.08 
 
 
607 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.51 
 
 
875 aa  285  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  42.6 
 
 
510 aa  281  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.96 
 
 
521 aa  280  4e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.9 
 
 
541 aa  280  4e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.75 
 
 
551 aa  278  1e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  38.11 
 
 
684 aa  277  3e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.38 
 
 
1082 aa  277  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.58 
 
 
474 aa  276  5e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.42 
 
 
508 aa  276  5e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  43.8 
 
 
480 aa  276  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  41.88 
 
 
624 aa  276  8e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.87 
 
 
664 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  38 
 
 
556 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.88 
 
 
508 aa  273  7e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  36.85 
 
 
681 aa  272  9e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.23 
 
 
653 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.7 
 
 
703 aa  271  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  41.62 
 
 
486 aa  271  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  40.5 
 
 
699 aa  271  2e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.53 
 
 
602 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.92 
 
 
515 aa  270  5e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.28 
 
 
648 aa  270  5.9999999999999995e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  41.76 
 
 
629 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  41.76 
 
 
629 aa  268  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
641 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.88 
 
 
488 aa  266  5.999999999999999e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  38.37 
 
 
664 aa  266  7e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.93 
 
 
515 aa  266  7e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0778  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.54 
 
 
461 aa  266  8e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  33.72 
 
 
508 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.28 
 
 
699 aa  266  8.999999999999999e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  35.68 
 
 
551 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.62 
 
 
514 aa  265  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  41.57 
 
 
639 aa  264  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.13 
 
 
461 aa  264  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.76 
 
 
515 aa  264  3e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  39.71 
 
 
575 aa  264  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
457 aa  263  6.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  41.02 
 
 
630 aa  262  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.71 
 
 
469 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  40 
 
 
647 aa  261  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.88 
 
 
502 aa  262  1e-68  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.76 
 
 
482 aa  261  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  40.8 
 
 
459 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
488 aa  260  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.85 
 
 
601 aa  260  4e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 
509 aa  260  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  39.89 
 
 
488 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.31 
 
 
459 aa  259  7e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  39.53 
 
 
516 aa  259  8e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.32 
 
 
650 aa  259  9e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  37.41 
 
 
518 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  39.73 
 
 
488 aa  259  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  39.5 
 
 
699 aa  258  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  41.62 
 
 
726 aa  258  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  34.58 
 
 
522 aa  257  3e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.72 
 
 
1139 aa  258  3e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.27 
 
 
463 aa  257  4e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.72 
 
 
694 aa  257  4e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
342 aa  257  4e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  39.07 
 
 
484 aa  257  4e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  39.5 
 
 
473 aa  256  5e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  36.2 
 
 
562 aa  256  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.43 
 
 
525 aa  256  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.42 
 
 
469 aa  256  7e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.2 
 
 
525 aa  256  7e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.42 
 
 
469 aa  256  7e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  39.73 
 
 
474 aa  256  9e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>