More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2154 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2154  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  100 
 
 
529 aa  1092    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.414477  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.84 
 
 
544 aa  462  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0570817  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.43 
 
 
522 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.860902  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  45.11 
 
 
556 aa  264  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.95 
 
 
601 aa  259  1e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.95 
 
 
724 aa  258  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.08 
 
 
693 aa  256  9e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  36.81 
 
 
670 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.3 
 
 
670 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.8 
 
 
521 aa  254  4.0000000000000004e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  44.77 
 
 
473 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  36.89 
 
 
551 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  36.9 
 
 
692 aa  252  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.9 
 
 
692 aa  252  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.46 
 
 
692 aa  252  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.9 
 
 
692 aa  252  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  36.9 
 
 
692 aa  252  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  36.9 
 
 
692 aa  252  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  44.55 
 
 
486 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  38.07 
 
 
688 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
488 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
488 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  37.3 
 
 
670 aa  251  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  44.55 
 
 
486 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  43.99 
 
 
488 aa  251  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.46 
 
 
692 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  44.55 
 
 
486 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.55 
 
 
486 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.87 
 
 
703 aa  251  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  36.46 
 
 
692 aa  251  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
488 aa  251  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.1 
 
 
482 aa  251  3e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  42.42 
 
 
726 aa  250  4e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  44.38 
 
 
668 aa  250  5e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  44.38 
 
 
670 aa  250  5e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.38 
 
 
670 aa  250  6e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.93 
 
 
723 aa  249  6e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  39.45 
 
 
513 aa  249  9e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.06 
 
 
648 aa  248  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  44.28 
 
 
484 aa  249  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  42.51 
 
 
624 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  44.68 
 
 
486 aa  248  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  39.46 
 
 
674 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  44.06 
 
 
670 aa  248  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  32 
 
 
733 aa  247  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  42.68 
 
 
510 aa  246  8e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  43.81 
 
 
488 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  43.69 
 
 
687 aa  246  9.999999999999999e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  43.04 
 
 
639 aa  244  3e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.93 
 
 
684 aa  244  3e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.47 
 
 
1082 aa  244  3.9999999999999997e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4836  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 
456 aa  243  6e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  44.41 
 
 
474 aa  243  6e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.5 
 
 
551 aa  243  7e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35 
 
 
664 aa  243  7e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.69 
 
 
474 aa  242  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.32 
 
 
557 aa  242  1e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  44.13 
 
 
516 aa  242  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.31 
 
 
346 aa  242  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.07 
 
 
875 aa  241  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.94 
 
 
457 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.86 
 
 
602 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  43.27 
 
 
480 aa  241  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  42.86 
 
 
486 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.69 
 
 
692 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.69 
 
 
687 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.69 
 
 
687 aa  241  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.69 
 
 
692 aa  240  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  42.59 
 
 
647 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.69 
 
 
692 aa  239  6.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.08 
 
 
457 aa  239  8e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.25 
 
 
442 aa  239  1e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.62 
 
 
457 aa  238  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  44.13 
 
 
641 aa  238  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0791  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC (Ornithine/argininedecarboxylase inhibitor)  38.7 
 
 
451 aa  238  3e-61  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.261898  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.92 
 
 
469 aa  238  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.85 
 
 
461 aa  237  3e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.85 
 
 
460 aa  237  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.17 
 
 
653 aa  237  4e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  43.18 
 
 
681 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  36.34 
 
 
690 aa  237  5.0000000000000005e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  35.62 
 
 
514 aa  236  6e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.09 
 
 
1139 aa  236  6e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3111  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.49 
 
 
458 aa  236  6e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.59 
 
 
515 aa  236  6e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  43.37 
 
 
491 aa  236  7e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  43.26 
 
 
641 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  42.15 
 
 
630 aa  236  8e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.73 
 
 
464 aa  236  9e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.48 
 
 
648 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
463 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.96 
 
 
463 aa  235  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.2 
 
 
465 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.39 
 
 
464 aa  235  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  41.9 
 
 
459 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  33.4 
 
 
509 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.46 
 
 
495 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  44.06 
 
 
348 aa  235  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  42.86 
 
 
629 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.41 
 
 
469 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>