114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_754 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_754  hypothetical protein  100 
 
 		 184 aa  380  1e-105  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.903751  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0850  hypothetical protein  87.98 
 
 		 183 aa  333  9e-91  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000581551  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0769  hypothetical protein  87.43 
 
 		 184 aa  333  9e-91  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2179  hypothetical protein  58.82 
 
 		 197 aa  221  3e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.930875  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  48.15 
 
 		 843 aa  189  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  54.05 
 
 		 847 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  51.87 
 
 		 845 aa  185  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  54.05 
 
 		 837 aa  185  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  54.3 
 
 		 840 aa  184  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  53.01 
 
 		 815 aa  184  7e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  52.41 
 
 		 834 aa  184  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  51.32 
 
 		 832 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  52.69 
 
 		 877 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  51.89 
 
 		 833 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  51.05 
 
 		 848 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  52.08 
 
 		 866 aa  181  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  52.15 
 
 		 855 aa  179  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  50.79 
 
 		 851 aa  178  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  50.25 
 
 		 867 aa  177  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  50.26 
 
 		 927 aa  175  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  49.22 
 
 		 901 aa  174  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  51.89 
 
 		 833 aa  174  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50 
 
 		 544 aa  174  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 913 aa  174  7e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  49.49 
 
 		 863 aa  174  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  52.17 
 
 		 882 aa  174  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  47.24 
 
 		 954 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  46.77 
 
 		 936 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  48.21 
 
 		 932 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  46.77 
 
 		 936 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  48.92 
 
 		 837 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  47.67 
 
 		 856 aa  172  3.9999999999999995e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  48.6 
 
 		 846 aa  171  5.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  50.26 
 
 		 864 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  47.69 
 
 		 949 aa  170  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  49.49 
 
 		 940 aa  170  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  49.49 
 
 		 847 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  50.81 
 
 		 833 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  48.72 
 
 		 1001 aa  168  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  46.77 
 
 		 927 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  45.1 
 
 		 918 aa  168  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  48.66 
 
 		 853 aa  167  6e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2115  hypothetical protein  56.41 
 
 		 151 aa  167  8e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0221889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  49.21 
 
 		 871 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  46.41 
 
 		 847 aa  166  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  45.45 
 
 		 868 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  48.96 
 
 		 900 aa  165  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  45.45 
 
 		 868 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  46.91 
 
 		 893 aa  165  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  45.6 
 
 		 882 aa  165  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  48.15 
 
 		 846 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  46.67 
 
 		 895 aa  164  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  44.62 
 
 		 883 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  50.3 
 
 		 861 aa  164  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  45.45 
 
 		 865 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  45.92 
 
 		 902 aa  163  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  47.18 
 
 		 911 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  46.67 
 
 		 888 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  49.4 
 
 		 896 aa  162  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  49.72 
 
 		 603 aa  161  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  44.62 
 
 		 881 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  46.88 
 
 		 817 aa  160  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  47.87 
 
 		 872 aa  160  8.000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  48.4 
 
 		 871 aa  160  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  46.43 
 
 		 789 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  47.89 
 
 		 825 aa  159  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  46.84 
 
 		 939 aa  159  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  46.15 
 
 		 914 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  46.67 
 
 		 737 aa  159  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  47.37 
 
 		 213 aa  159  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  47.03 
 
 		 837 aa  158  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  48.68 
 
 		 534 aa  158  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  46.99 
 
 		 726 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  45.6 
 
 		 914 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.23 
 
 		 797 aa  156  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  48.6 
 
 		 522 aa  155  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  43.15 
 
 		 822 aa  155  4e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  46.52 
 
 		 608 aa  153  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  47.43 
 
 		 1157 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  47.43 
 
 		 1163 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  45.13 
 
 		 886 aa  151  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  44.39 
 
 		 527 aa  150  7e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  45.26 
 
 		 930 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  44.81 
 
 		 845 aa  149  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  47.4 
 
 		 896 aa  147  9e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  42.62 
 
 		 813 aa  146  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  42.62 
 
 		 818 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  49.1 
 
 		 825 aa  144  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0647  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  49.03 
 
 		 146 aa  142  3e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0128093  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3638  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  47.37 
 
 		 252 aa  140  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0783731  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50 
 
 		 778 aa  138  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  48.08 
 
 		 866 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  45.71 
 
 		 831 aa  136  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  47.74 
 
 		 763 aa  135  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  44.31 
 
 		 495 aa  135  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  43.83 
 
 		 759 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 758 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 758 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  42.77 
 
 		 816 aa  125  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 758 aa  125  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>