More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3909 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  100 
 
 		 637 aa  1310    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  58.1 
 
 		 635 aa  720    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  51.44 
 
 		 619 aa  622  1e-177  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2857  ribonuclease II  48.31 
 
 		 714 aa  598  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  50.08 
 
 		 617 aa  600  1e-170  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  47.73 
 
 		 692 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  47.73 
 
 		 692 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  47.57 
 
 		 692 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  47.57 
 
 		 692 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  47.57 
 
 		 692 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  46.55 
 
 		 712 aa  579  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  47.57 
 
 		 692 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  48.55 
 
 		 622 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  47.02 
 
 		 695 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  47.34 
 
 		 709 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  46.87 
 
 		 694 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  46.87 
 
 		 694 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2623  ribonuclease II  46.79 
 
 		 701 aa  571  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  46.55 
 
 		 696 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  46.71 
 
 		 696 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  47.57 
 
 		 698 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  46.55 
 
 		 696 aa  568  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  46.39 
 
 		 690 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  47.35 
 
 		 698 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  46.88 
 
 		 705 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  48.84 
 
 		 685 aa  560  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  46.96 
 
 		 693 aa  561  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  48.81 
 
 		 695 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  45.97 
 
 		 705 aa  532  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  47.49 
 
 		 691 aa  535  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  48.01 
 
 		 707 aa  519  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  47.27 
 
 		 639 aa  521  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  47.27 
 
 		 637 aa  520  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  45.58 
 
 		 693 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  45.63 
 
 		 695 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1484  ribonuclease II  46.76 
 
 		 692 aa  518  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  45.3 
 
 		 686 aa  504  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  45.03 
 
 		 702 aa  493  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2964  ribonuclease II  44.08 
 
 		 723 aa  495  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  40.12 
 
 		 676 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  39.69 
 
 		 680 aa  439  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  26.14 
 
 		 659 aa  134  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  25.44 
 
 		 676 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  24.85 
 
 		 671 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  25 
 
 		 671 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  24.8 
 
 		 671 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  25.89 
 
 		 666 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  27.82 
 
 		 735 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  26.74 
 
 		 670 aa  116  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  26.43 
 
 		 645 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  28.29 
 
 		 698 aa  114  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  28.18 
 
 		 686 aa  114  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  28.57 
 
 		 698 aa  110  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  24.63 
 
 		 674 aa  107  8e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  25.62 
 
 		 680 aa  106  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  25.81 
 
 		 735 aa  98.6  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  26.59 
 
 		 427 aa  97.4  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  24.51 
 
 		 680 aa  95.9  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  27.11 
 
 		 683 aa  95.9  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  23.84 
 
 		 424 aa  94.4  5e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  27.45 
 
 		 469 aa  94.7  5e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  24.23 
 
 		 424 aa  94  8e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  27.09 
 
 		 646 aa  89.7  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  26.72 
 
 		 683 aa  88.6  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  23.66 
 
 		 863 aa  87.8  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  26.89 
 
 		 667 aa  87  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  28.34 
 
 		 644 aa  87  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  26.61 
 
 		 689 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  26.12 
 
 		 617 aa  86.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  26.09 
 
 		 602 aa  84.7  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  24.47 
 
 		 676 aa  83.2  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  23.71 
 
 		 623 aa  82  0.00000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09491  ribonuclease II  25.24 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.595683  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  27.53 
 
 		 678 aa  81.3  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  26.9 
 
 		 644 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  26.9 
 
 		 644 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  26.9 
 
 		 644 aa  79.3  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  26.9 
 
 		 644 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  26.9 
 
 		 644 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  26.81 
 
 		 644 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  26.9 
 
 		 644 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  26.64 
 
 		 704 aa  76.3  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  24.41 
 
 		 813 aa  76.3  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83466  3'-5' RNA exonuclease complex component  23.98 
 
 		 1146 aa  76.3  0.000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00000298042 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  27.66 
 
 		 720 aa  75.1  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  25.32 
 
 		 762 aa  75.1  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  26.24 
 
 		 804 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  26.24 
 
 		 810 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  26.24 
 
 		 806 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  26.24 
 
 		 808 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  26.25 
 
 		 812 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  25.86 
 
 		 806 aa  74.3  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  27.12 
 
 		 644 aa  73.9  0.000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  27.12 
 
 		 644 aa  73.9  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  24.89 
 
 		 814 aa  73.6  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  25.86 
 
 		 808 aa  73.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  25.86 
 
 		 808 aa  73.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  25 
 
 		 806 aa  73.6  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09151  mitochondrial exoribonuclease Cyt-4, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01550)  24.71 
 
 		 1050 aa  72.8  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.361435 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  26.75 
 
 		 709 aa  72.8  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>