More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3729 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  100 
 
 		 312 aa  622  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  50.38 
 
 		 289 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  48.87 
 
 		 288 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  48.34 
 
 		 296 aa  235  6e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  48.88 
 
 		 296 aa  235  8e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  47.84 
 
 		 323 aa  230  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  44.36 
 
 		 299 aa  230  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  46.59 
 
 		 291 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  48.7 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  49.24 
 
 		 311 aa  222  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  44.74 
 
 		 292 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  48.81 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  38.24 
 
 		 291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  42.91 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  38.4 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  38.46 
 
 		 289 aa  185  9e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  38.1 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  35.66 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  36.3 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  33.67 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  31.27 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  33.23 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  29.79 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  31.43 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  31.14 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 322 aa  125  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  31.63 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  32.37 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  29.25 
 
 		 379 aa  123  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  33.46 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  33.46 
 
 		 483 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  33.59 
 
 		 478 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  30.8 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  28.31 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 322 aa  116  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  29.67 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  29.67 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  34.01 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  27.51 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8855  periplasmic binding protein  35.32 
 
 		 326 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.461733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  28.89 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  30.07 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  32.38 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  31.76 
 
 		 276 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  34.83 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  26.97 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  26.97 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  27.87 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  27.31 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  31.08 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  29.43 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  30.93 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  31.77 
 
 		 382 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.72 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  29.67 
 
 		 429 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 404 aa  92.8  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.68 
 
 		 287 aa  92.8  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.43 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  31.75 
 
 		 282 aa  92.4  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1388  iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  23.05 
 
 		 291 aa  91.7  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.783574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  24.09 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.1 
 
 		 356 aa  90.1  5e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.1 
 
 		 517 aa  90.1  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  27 
 
 		 278 aa  90.1  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.77 
 
 		 275 aa  90.1  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  26.58 
 
 		 406 aa  89.4  8e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.22 
 
 		 313 aa  89  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  29.41 
 
 		 312 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.54 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.04 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  32.51 
 
 		 315 aa  86.7  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  30.85 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  30.39 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  29.71 
 
 		 318 aa  85.5  9e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  30.59 
 
 		 270 aa  85.5  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  28.68 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.78 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  27 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  25.54 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  31.84 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  26 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  23.96 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  24.2 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  25.89 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  30.49 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 351 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  26.26 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  30.49 
 
 		 264 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  32.05 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  26.54 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  26.69 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  26.84 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>