More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1421 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
250 aa  524  1e-148  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  47.18 
 
 
248 aa  230  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 
250 aa  222  4.9999999999999996e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  41.49 
 
 
284 aa  217  1e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  40.66 
 
 
248 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 
252 aa  207  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 
258 aa  207  2e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 
253 aa  205  6e-52  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
252 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 
261 aa  192  4e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 
248 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 
267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 
267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 
245 aa  145  5e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.96 
 
 
244 aa  137  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  33.75 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  33.75 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 
275 aa  136  4e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 
252 aa  136  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  32.27 
 
 
268 aa  135  9e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  33.75 
 
 
246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  34.73 
 
 
233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 
244 aa  133  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
259 aa  132  6e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  33.89 
 
 
244 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 
257 aa  131  7.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
270 aa  131  9e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
252 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
259 aa  130  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 
261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  32.5 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  33.89 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 
243 aa  129  3e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  30.95 
 
 
306 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
264 aa  129  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  34.02 
 
 
249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 
258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  33.19 
 
 
247 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  33.19 
 
 
252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  32.1 
 
 
258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  32.08 
 
 
248 aa  129  6e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
247 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
252 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
255 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 
248 aa  128  8.000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  32.78 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  34.45 
 
 
244 aa  126  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  31.87 
 
 
267 aa  125  6e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
247 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 
264 aa  125  8.000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.87 
 
 
246 aa  125  9e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
249 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
270 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
270 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
270 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
271 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
271 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
270 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 
265 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
246 aa  124  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
270 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  30 
 
 
244 aa  123  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  30.8 
 
 
237 aa  124  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 
262 aa  123  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
247 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 
274 aa  122  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
251 aa  122  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
282 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  30.2 
 
 
272 aa  122  6e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  32.22 
 
 
243 aa  122  7e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  32.84 
 
 
310 aa  122  7e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 
246 aa  121  8e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.22 
 
 
245 aa  122  8e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
270 aa  121  9e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  32.07 
 
 
243 aa  121  9e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.93 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  31.85 
 
 
274 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  31.23 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1712  tRNA pseudouridine synthase A  28.45 
 
 
243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199289  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 
270 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 
261 aa  119  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>