More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5748 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  95.66 
 
 
470 aa  884    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
470 aa  940    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.152454  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  44.34 
 
 
1748 aa  342  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  46.32 
 
 
1685 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  45.84 
 
 
1685 aa  320  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  34.31 
 
 
1744 aa  205  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  29.79 
 
 
1712 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  30.79 
 
 
1685 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  30.86 
 
 
1710 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  29.86 
 
 
1682 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  31.61 
 
 
1697 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  29.26 
 
 
1682 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
427 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
779 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.24 
 
 
666 aa  160  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.71 
 
 
773 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.33 
 
 
729 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 
632 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.11 
 
 
733 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 
632 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 
632 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  39.47 
 
 
1833 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  37.33 
 
 
1845 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 
484 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 
640 aa  143  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  37.66 
 
 
356 aa  141  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1552  histidine kinase  33.95 
 
 
382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
739 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 
748 aa  137  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2537  two-component hybrid sensor and regulator  36.99 
 
 
225 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 
636 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.09 
 
 
494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.77 
 
 
713 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.41 
 
 
902 aa  134  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  35.56 
 
 
355 aa  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 
495 aa  133  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  38.67 
 
 
1822 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  37.65 
 
 
1836 aa  133  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
845 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  36.64 
 
 
1837 aa  131  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 
635 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1269  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.56 
 
 
839 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.834147 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
886 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  34.38 
 
 
355 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
657 aa  130  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1947  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
369 aa  129  9.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  23.79 
 
 
1850 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
553 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 
759 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4373  PAS  32.77 
 
 
907 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323082  normal  0.21328 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
799 aa  127  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
662 aa  126  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 
498 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  32.05 
 
 
635 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  33.78 
 
 
406 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 
978 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
1000 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3388  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.98 
 
 
648 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1517  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 
632 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
796 aa  124  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4833  sensory box histidine kinase  32.47 
 
 
899 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 
902 aa  123  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  32.59 
 
 
357 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3795  histidine kinase  30.59 
 
 
610 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
351 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  37.23 
 
 
630 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  23.57 
 
 
1808 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 
658 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
538 aa  121  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
416 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.465456  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
871 aa  120  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
848 aa  119  7.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0041  sensor histidine kinase  32.89 
 
 
356 aa  119  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 
745 aa  119  9e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.78 
 
 
661 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
803 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 
963 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
501 aa  118  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
708 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
1211 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1515  C4-dicarboxylate transport sensor protein  27.43 
 
 
597 aa  118  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0225348  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 
875 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0037  sensor histidine kinase  32.44 
 
 
337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1952  histidine kinase  29.61 
 
 
560 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 
513 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 
857 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
857 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0854  ATP-binding region ATPase domain protein  26 
 
 
1871 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  23.63 
 
 
1795 aa  114  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.48 
 
 
975 aa  114  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 
494 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
692 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6903  histidine kinase  31.96 
 
 
631 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 
512 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
680 aa  114  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 
851 aa  114  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  30.04 
 
 
594 aa  113  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
1211 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
526 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>