More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4373 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4833  sensory box histidine kinase  90.64 
 
 
899 aa  1667    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4373  PAS  100 
 
 
907 aa  1837    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323082  normal  0.21328 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0839  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.45 
 
 
881 aa  774    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0637  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  62.39 
 
 
921 aa  1079    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4860  sensory box histidine kinase  41.92 
 
 
923 aa  549  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55780  putative two-component sensor  40.77 
 
 
922 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2152  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.41 
 
 
834 aa  357  7.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.116633 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1116  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.4 
 
 
707 aa  196  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
861 aa  194  5e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3718  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 
826 aa  185  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.3 
 
 
760 aa  174  5e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 
756 aa  174  9e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.39 
 
 
795 aa  165  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.57 
 
 
822 aa  160  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4457  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
586 aa  160  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0582  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
587 aa  160  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.5 
 
 
821 aa  157  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 
636 aa  157  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.67 
 
 
585 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.19 
 
 
804 aa  155  4e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2370  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 
672 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1222  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.83 
 
 
686 aa  154  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.56 
 
 
806 aa  154  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4321  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 
585 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.5 
 
 
944 aa  154  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.33 
 
 
1079 aa  153  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1043  histidine kinase  40.08 
 
 
585 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.96 
 
 
557 aa  153  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 
585 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3994  sensor histidine kinase  41.15 
 
 
585 aa  152  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0892776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.08 
 
 
1057 aa  152  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.46 
 
 
819 aa  152  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
819 aa  152  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4562  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.24 
 
 
591 aa  152  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0711  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.9 
 
 
702 aa  151  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0975  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.4 
 
 
683 aa  152  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72740  putative two-component sensor  39.76 
 
 
588 aa  151  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.658354  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.5 
 
 
1428 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18010  C4-dicarboylate transport sensory histidine protein kinase, two-component; DctB  40.82 
 
 
592 aa  150  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892386  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.47 
 
 
1432 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.09 
 
 
1059 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2962  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 
869 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  26.05 
 
 
1061 aa  149  3e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6314  putative two-component sensor  39.45 
 
 
586 aa  149  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 
869 aa  147  8.000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.39 
 
 
763 aa  147  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.21 
 
 
1255 aa  147  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4291  sensor histidine kinase  40.74 
 
 
585 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0478  histidine kinase  36.4 
 
 
616 aa  146  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.936007 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.62 
 
 
1076 aa  146  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 
1011 aa  144  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0986  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 
487 aa  144  8e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.57 
 
 
871 aa  144  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_134  sensor histidine kinase  25.88 
 
 
1062 aa  144  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 
695 aa  144  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  36.47 
 
 
630 aa  143  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.15 
 
 
588 aa  142  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_566  sensor histidine kinase  25.05 
 
 
852 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.49 
 
 
962 aa  142  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 
801 aa  142  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 
807 aa  142  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
494 aa  142  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.81 
 
 
1465 aa  141  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2523  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.29 
 
 
1194 aa  141  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.7 
 
 
852 aa  141  4.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.32 
 
 
1344 aa  141  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0079  histidine kinase  38.49 
 
 
710 aa  141  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.480201  normal  0.629381 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2388  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
552 aa  141  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.245714  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0555  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 
416 aa  140  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.564143 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
1000 aa  140  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.05 
 
 
1509 aa  140  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 
762 aa  140  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2960  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 
557 aa  140  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.48 
 
 
845 aa  139  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 
797 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2491  histidine kinase  39.17 
 
 
626 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00653758 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 
789 aa  140  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 
789 aa  140  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1349  histidine kinase  36.59 
 
 
554 aa  139  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.134136  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2283  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 
643 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0617  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 
557 aa  139  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543989  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1418 aa  139  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2584  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 
654 aa  139  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1104  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 
394 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0914  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.35 
 
 
771 aa  139  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.88 
 
 
774 aa  139  3.0000000000000003e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1076  sensor histidine kinase  33.6 
 
 
395 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0622  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 
753 aa  139  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.58 
 
 
833 aa  138  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.27 
 
 
771 aa  138  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0276  sensor histidine kinase  36.36 
 
 
659 aa  138  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
1021 aa  138  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  29.07 
 
 
1112 aa  138  5e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  27.02 
 
 
691 aa  138  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  32.21 
 
 
1299 aa  137  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.8 
 
 
789 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0320  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.95 
 
 
838 aa  137  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1054  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
552 aa  137  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000699137 
 
 
-
 
NC_002936  DET1293  sensory box sensor histidine kinase  32.52 
 
 
394 aa  136  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00147637  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1676  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.05 
 
 
850 aa  137  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109527  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>