More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0610 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  100 
 
 		 400 aa  800    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  68.33 
 
 		 414 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  59.7 
 
 		 381 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  57.46 
 
 		 387 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  56.72 
 
 		 385 aa  398  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  49.32 
 
 		 426 aa  362  5.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  49.89 
 
 		 431 aa  350  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  45.74 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  44.47 
 
 		 368 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  43.3 
 
 		 349 aa  267  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  41.34 
 
 		 339 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  40.65 
 
 		 351 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  40.77 
 
 		 362 aa  223  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  40.58 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  38.46 
 
 		 355 aa  209  8e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  38.41 
 
 		 355 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  37.62 
 
 		 344 aa  204  3e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  39.45 
 
 		 348 aa  199  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  37.69 
 
 		 366 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  34.48 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  35.89 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  35.19 
 
 		 372 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  32.21 
 
 		 355 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  34.47 
 
 		 374 aa  159  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  34.25 
 
 		 375 aa  156  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  34.16 
 
 		 358 aa  154  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  34.67 
 
 		 335 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  32.6 
 
 		 357 aa  140  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  33.8 
 
 		 369 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  34.44 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  31.33 
 
 		 344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  30.29 
 
 		 350 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  30.68 
 
 		 372 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  30.86 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  34.96 
 
 		 335 aa  106  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  30.98 
 
 		 336 aa  106  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  33.24 
 
 		 352 aa  106  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  33.24 
 
 		 352 aa  106  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  30.73 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  31.98 
 
 		 360 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  32.3 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  27.54 
 
 		 327 aa  103  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  32.16 
 
 		 359 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  28.8 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  30.11 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  30.64 
 
 		 384 aa  100  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  29.71 
 
 		 358 aa  99.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.26 
 
 		 389 aa  99.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  29.67 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  30.97 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  29.85 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  30.77 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  29.17 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  32.99 
 
 		 354 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  31.34 
 
 		 392 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  30.33 
 
 		 402 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  31.34 
 
 		 392 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  27.75 
 
 		 352 aa  97.1  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  30.53 
 
 		 373 aa  96.7  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6157  porin  29.44 
 
 		 355 aa  96.7  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0964625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  31.64 
 
 		 354 aa  96.7  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  30.33 
 
 		 373 aa  96.3  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  33.9 
 
 		 367 aa  96.3  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3237  outer membrane protein (porin)  30 
 
 		 356 aa  96.3  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133992  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5131  outer membrane protein (porin)  30 
 
 		 356 aa  96.3  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  31.32 
 
 		 356 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  29.7 
 
 		 340 aa  95.9  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5150  porin  29.76 
 
 		 356 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  29.52 
 
 		 359 aa  95.1  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5977  porin  29.18 
 
 		 356 aa  94  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0893366 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0216  hypothetical protein  41.4 
 
 		 220 aa  93.6  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  29.35 
 
 		 383 aa  94  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  30.19 
 
 		 358 aa  94  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  29.16 
 
 		 341 aa  93.6  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  30.28 
 
 		 383 aa  93.2  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  29.47 
 
 		 382 aa  93.2  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5890  porin  28.95 
 
 		 355 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  28.71 
 
 		 375 aa  92.8  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  30.05 
 
 		 353 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  27.82 
 
 		 349 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  28.44 
 
 		 365 aa  90.9  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  30.75 
 
 		 368 aa  90.1  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  29.24 
 
 		 365 aa  89.7  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  28.81 
 
 		 352 aa  89.4  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  29.23 
 
 		 358 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6809  porin gram-negative type  28.68 
 
 		 359 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.357402  hitchhiker  0.0000584942 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  29.68 
 
 		 362 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  30.17 
 
 		 356 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  30.84 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  29.44 
 
 		 449 aa  88.6  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  31.16 
 
 		 357 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  29.95 
 
 		 363 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  29.95 
 
 		 363 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  29.03 
 
 		 356 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  30.13 
 
 		 363 aa  87.4  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  27.25 
 
 		 346 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  29.41 
 
 		 363 aa  87.4  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  29.81 
 
 		 363 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  29.81 
 
 		 363 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  29.81 
 
 		 363 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>