More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6157 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6157  porin  100 
 
 		 355 aa  707    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0964625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5890  porin  98.31 
 
 		 355 aa  698    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5977  porin  89.33 
 
 		 356 aa  607  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0893366 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3237  outer membrane protein (porin)  75 
 
 		 356 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133992  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5131  outer membrane protein (porin)  75 
 
 		 356 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5150  porin  75 
 
 		 356 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2457  porin  62.25 
 
 		 359 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0201668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1202  outer membrane protein (porin)  60.4 
 
 		 361 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.818549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  61.27 
 
 		 359 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6809  porin gram-negative type  57.54 
 
 		 359 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.357402  hitchhiker  0.0000584942 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5613  porin  54.73 
 
 		 363 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00000212183  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7462  outer membrane protein (porin)  54.46 
 
 		 360 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00141122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5977  porin  54.73 
 
 		 363 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00000000297374  decreased coverage  0.000158153 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6767  outer membrane protein (porin)-like  51.14 
 
 		 370 aa  343  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0380133  normal  0.91585 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7310  outer membrane protein (porin)  51.24 
 
 		 369 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  0.523788 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  41.87 
 
 		 351 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0274  OmpC family outer membrane porin  41 
 
 		 350 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000878136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4837  outer membrane protein, (porin)  35.54 
 
 		 374 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816794 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1582  porin  35.26 
 
 		 374 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1601  porin  34.13 
 
 		 374 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.32825  normal  0.100291 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6355  porin  33.69 
 
 		 398 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3095  putative outer membrane porin  33.89 
 
 		 391 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2036  putative outer membrane porin  33.89 
 
 		 375 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2327  putative outer membrane porin  33.89 
 
 		 376 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1434  putative porin protein  33.89 
 
 		 379 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1346  putative outer membrane porin  33.89 
 
 		 376 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.80313  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1060  putative outer membrane porin  33.89 
 
 		 376 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  35.45 
 
 		 355 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4265  porin Gram-negative type  32.91 
 
 		 348 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.505475 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  33.87 
 
 		 386 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  35.77 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3115  outer membrane protein (porin)  34.16 
 
 		 374 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  35.77 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  33.33 
 
 		 356 aa  137  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  33.6 
 
 		 386 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  34.07 
 
 		 353 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  34.42 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5230  outer membrane protein, (porin)  32.46 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.07 
 
 		 358 aa  133  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  33.42 
 
 		 377 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  30.11 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3632  porin  34.45 
 
 		 362 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5547  porin  34.45 
 
 		 362 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4735  porin  34.45 
 
 		 362 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  32.05 
 
 		 394 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  34.04 
 
 		 386 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  32.78 
 
 		 356 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  33.53 
 
 		 374 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  33.84 
 
 		 386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  33.84 
 
 		 386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  33.84 
 
 		 386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  33.08 
 
 		 386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  33.08 
 
 		 386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  32.78 
 
 		 356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  32.78 
 
 		 356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6772  porin Gram-negative type  33.96 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00264492  normal  0.103826 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4447  porin Gram-negative type  33.07 
 
 		 393 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  33.08 
 
 		 376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  33.08 
 
 		 376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5077  porin Gram-negative type  31.49 
 
 		 382 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0332495  hitchhiker  0.00543855 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  33.07 
 
 		 393 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1571  OmpC family outer membrane porin  31.74 
 
 		 382 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.319374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  33.75 
 
 		 386 aa  126  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  33.71 
 
 		 390 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  33.08 
 
 		 376 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  33.06 
 
 		 350 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  33.97 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3938  porin  34.37 
 
 		 363 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  34.18 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  32.14 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  34.83 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  34.48 
 
 		 373 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  33.24 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  33.51 
 
 		 354 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7203  porin Gram-negative type  30.87 
 
 		 386 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  31.71 
 
 		 375 aa  123  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  33.69 
 
 		 373 aa  122  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  31.73 
 
 		 354 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  33.06 
 
 		 372 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  30 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  30 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  32.43 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  30.46 
 
 		 449 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  33.42 
 
 		 375 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  33.42 
 
 		 375 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  30.33 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  33.23 
 
 		 385 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  30 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6078  porin  33.13 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  30 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  30 
 
 		 363 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3381  porin  34.85 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.573075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0415  OmpC family outer membrane porin  31.33 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1917  porin  31.55 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  30.95 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  30.95 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6642  porin  30.34 
 
 		 386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000730188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  32.79 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3435  porin  32.1 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  31.23 
 
 		 411 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>