More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0065 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0065  GGDEF family protein  100 
 
 		 366 aa  755    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00648256  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06931  hypothetical protein  41.19 
 
 		 363 aa  265  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000932  GGDEF family protein  38.97 
 
 		 365 aa  219  6e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 449 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 555 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1763  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.816449  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2447  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 409 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.22 
 
 		 879 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 560 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1560  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 288 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.16 
 
 		 574 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.46 
 
 		 874 aa  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3057  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  38.46 
 
 		 841 aa  107  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 		 955 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  38.71 
 
 		 930 aa  106  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0892  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.61 
 
 		 693 aa  105  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.914859  decreased coverage  0.000000172581 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  41.14 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2868  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 555 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1523  GGDEF family protein  28.34 
 
 		 655 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  39.26 
 
 		 1494 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.74 
 
 		 1486 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.95 
 
 		 1010 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.16 
 
 		 752 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  40.51 
 
 		 523 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 		 1505 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 571 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0220  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 495 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 		 1504 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2206  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.74 
 
 		 752 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2168  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.49 
 
 		 831 aa  104  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.273298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.82 
 
 		 752 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.42 
 
 		 826 aa  103  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.97 
 
 		 774 aa  103  5e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.119443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.41 
 
 		 749 aa  103  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  39.51 
 
 		 1502 aa  103  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1331  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 811 aa  103  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.894809  normal  0.828271 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  39.51 
 
 		 1515 aa  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 557 aa  103  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.13 
 
 		 1030 aa  103  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.41 
 
 		 1076 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2177  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.88 
 
 		 755 aa  103  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.469319  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2984  GGDEF domain-containing protein  37.42 
 
 		 483 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.301535 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  38.06 
 
 		 297 aa  103  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.41 
 
 		 811 aa  102  7e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.308961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 757 aa  102  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2465  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 427 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.51 
 
 		 1504 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.4 
 
 		 1508 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  39.74 
 
 		 921 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  35.43 
 
 		 449 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.4 
 
 		 1508 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.99 
 
 		 828 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.532868  normal  0.92327 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.4 
 
 		 1508 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.99 
 
 		 780 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 		 1511 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 		 905 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.4 
 
 		 1508 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.17 
 
 		 614 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.97 
 
 		 399 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 459 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  37.22 
 
 		 944 aa  101  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.27 
 
 		 904 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 464 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.26 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.2 
 
 		 659 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.26 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.98 
 
 		 706 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.18 
 
 		 748 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  40 
 
 		 815 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  27.99 
 
 		 452 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.42 
 
 		 663 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 634 aa  100  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1116  hypothetical protein  31.84 
 
 		 435 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3585  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.41 
 
 		 701 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 618 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06949  hypothetical protein  31.91 
 
 		 394 aa  100  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 467 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0192  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 462 aa  100  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 387 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.76 
 
 		 706 aa  99.8  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 		 758 aa  99.8  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 696 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 696 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3748  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.76 
 
 		 706 aa  100  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  34.16 
 
 		 426 aa  99.8  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.6 
 
 		 908 aa  99.8  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03147  hypothetical protein  37.42 
 
 		 450 aa  99.4  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.601264  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2216  sensory box protein  37.5 
 
 		 752 aa  99.4  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 928 aa  99.4  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02533  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2 (EAL)  37.58 
 
 		 573 aa  99.4  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  36.36 
 
 		 1247 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  35.98 
 
 		 1534 aa  98.6  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40.26 
 
 		 684 aa  99  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1435  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.49 
 
 		 896 aa  99.4  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.665756  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.29 
 
 		 834 aa  99  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5603  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 		 833 aa  99  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748206  normal  0.248656 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.12 
 
 		 1020 aa  99  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>