More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4217 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  80.46 
 
 		 390 aa  657    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  85.9 
 
 		 390 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  79.95 
 
 		 390 aa  656    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 390 aa  790    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  87.44 
 
 		 390 aa  710    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  80.72 
 
 		 390 aa  660    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  61.04 
 
 		 391 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  61.46 
 
 		 390 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  48.7 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  48.7 
 
 		 388 aa  362  8e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  48.7 
 
 		 388 aa  362  8e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  47.69 
 
 		 392 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  47.42 
 
 		 393 aa  346  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  46.58 
 
 		 391 aa  334  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  43.75 
 
 		 392 aa  321  9.999999999999999e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  44.29 
 
 		 395 aa  306  5.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  43.33 
 
 		 390 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  44.73 
 
 		 392 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  42.3 
 
 		 397 aa  303  5.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  44.41 
 
 		 392 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  42.34 
 
 		 390 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  43.3 
 
 		 392 aa  288  8e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  44.66 
 
 		 392 aa  285  8e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  41.96 
 
 		 390 aa  283  5.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  42.71 
 
 		 391 aa  276  6e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  41.51 
 
 		 406 aa  267  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  37.06 
 
 		 368 aa  263  4.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 		 395 aa  189  7e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 412 aa  158  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 		 390 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 395 aa  143  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  29.38 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 		 387 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  29.1 
 
 		 402 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 389 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 		 390 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 397 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 		 410 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 393 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 392 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 		 387 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 395 aa  130  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  28.11 
 
 		 406 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  29.84 
 
 		 390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 		 390 aa  126  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 390 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 		 414 aa  124  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 		 389 aa  123  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 390 aa  122  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 		 395 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 395 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 391 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 		 394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  27.35 
 
 		 392 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 395 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 423 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 426 aa  116  7.999999999999999e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  28.16 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 		 388 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  28.65 
 
 		 381 aa  109  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 407 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  28.42 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 398 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 413 aa  100  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  28.18 
 
 		 396 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.6 
 
 		 399 aa  99  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 		 379 aa  97.8  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 389 aa  97.1  5e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 		 379 aa  96.7  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 		 390 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 400 aa  94.4  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 		 376 aa  93.6  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 390 aa  92.8  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 401 aa  90.1  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 470 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 391 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  25 
 
 		 463 aa  87.8  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 400 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 399 aa  85.5  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  26.1 
 
 		 418 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.33 
 
 		 374 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 374 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.61 
 
 		 373 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 386 aa  84  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 393 aa  84  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 404 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  21.67 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 417 aa  82  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.4 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  27.02 
 
 		 393 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>