More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0072 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0072  diaminopimelate epimerase  100 
 
 
247 aa  520  1e-147  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2046  diaminopimelate epimerase  59.6 
 
 
257 aa  314  6e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1841  diaminopimelate epimerase  57.89 
 
 
247 aa  288  8e-77  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1771  diaminopimelate epimerase  56.15 
 
 
247 aa  284  7e-76  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0348  diaminopimelate epimerase  56.56 
 
 
249 aa  282  4e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0107  diaminopimelate epimerase  51.69 
 
 
272 aa  278  6e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1516  diaminopimelate epimerase  54.07 
 
 
249 aa  273  2e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1883  diaminopimelate epimerase  54.07 
 
 
249 aa  273  2e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1702  diaminopimelate epimerase  53.66 
 
 
249 aa  273  2e-72  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0054  diaminopimelate epimerase  52.46 
 
 
249 aa  265  3e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  5.06343e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0492  diaminopimelate epimerase  50.62 
 
 
247 aa  248  9e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  36.9 
 
 
287 aa  168  7e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  38.24 
 
 
277 aa  160  2e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  37.84 
 
 
257 aa  149  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1297  diaminopimelate epimerase  38.76 
 
 
282 aa  141  8e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0270469  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  35.41 
 
 
279 aa  140  1e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  33.94 
 
 
264 aa  139  3e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  6.51876e-06  decreased coverage  2.61892e-05 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 
259 aa  139  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  2.17016e-13  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  33.2 
 
 
270 aa  137  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  34.47 
 
 
279 aa  134  2e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  38.08 
 
 
281 aa  134  2e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  35.88 
 
 
264 aa  133  2e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  32.95 
 
 
269 aa  129  5e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0561  diaminopimelate epimerase  37.55 
 
 
282 aa  128  7e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00183817 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  33.83 
 
 
277 aa  128  7e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  33.65 
 
 
256 aa  128  1e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  33.08 
 
 
260 aa  127  1e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 
292 aa  127  2e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  32.97 
 
 
272 aa  126  3e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  31.2 
 
 
272 aa  126  4e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 
274 aa  125  9e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  33.99 
 
 
261 aa  124  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 
266 aa  123  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2345  diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 
279 aa  123  3e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  32.73 
 
 
278 aa  123  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  39.41 
 
 
261 aa  122  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  31.41 
 
 
283 aa  120  2e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1874  diaminopimelate epimerase  32.93 
 
 
232 aa  120  2e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1798  diaminopimelate epimerase  35.52 
 
 
283 aa  120  2e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  3.00974e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  30.94 
 
 
279 aa  120  2e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.85766e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  34.53 
 
 
275 aa  119  3e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  29.09 
 
 
284 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  33.2 
 
 
261 aa  118  8e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  35.9 
 
 
258 aa  118  8e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  38.25 
 
 
274 aa  115  5e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  29.46 
 
 
268 aa  115  6e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  3.59695e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  38.28 
 
 
261 aa  115  6e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1270  diaminopimelate epimerase  34.03 
 
 
236 aa  114  2e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000437124  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1814  diaminopimelate epimerase  32.21 
 
 
272 aa  114  2e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1416  diaminopimelate epimerase  34.03 
 
 
236 aa  114  2e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2100  diaminopimelate epimerase  31.84 
 
 
272 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  31.25 
 
 
277 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.12903e-05  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  31.4 
 
 
274 aa  113  3e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  29.09 
 
 
274 aa  112  6e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  32.73 
 
 
278 aa  112  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  3.80809e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  29.3 
 
 
278 aa  111  8e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  32.22 
 
 
268 aa  111  9e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  32.01 
 
 
278 aa  111  1e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.69201e-35 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  30.94 
 
 
278 aa  111  1e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  31.77 
 
 
280 aa  110  2e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 
292 aa  110  2e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  32.73 
 
 
278 aa  110  2e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.4608e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  29.93 
 
 
282 aa  109  4e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  30.43 
 
 
282 aa  109  4e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  4.59249e-11  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0998  diaminopimelate epimerase  31.09 
 
 
260 aa  109  5e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  30.07 
 
 
278 aa  108  6e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2622  diaminopimelate epimerase  32.68 
 
 
260 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  27.8 
 
 
280 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  28.57 
 
 
280 aa  106  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0071  diaminopimelate epimerase  33.65 
 
 
245 aa  105  5e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0888  diaminopimelate epimerase  33.64 
 
 
279 aa  105  8e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  6.73594e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  28.62 
 
 
277 aa  104  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  28.26 
 
 
277 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  31.29 
 
 
280 aa  104  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  28.32 
 
 
277 aa  104  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  31.27 
 
 
282 aa  103  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  30.91 
 
 
304 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1107  diaminopimelate epimerase  30 
 
 
355 aa  103  3e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134817  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  28.67 
 
 
279 aa  103  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0790  diaminopimelate epimerase  34.45 
 
 
276 aa  101  9e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  28.57 
 
 
284 aa  99.4  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  29.56 
 
 
278 aa  99.4  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  27.66 
 
 
281 aa  99  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  30.96 
 
 
368 aa  99  6e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09951  diaminopimelate epimerase  28.62 
 
 
284 aa  98.6  9e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.51158 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0063  diaminopimelate epimerase  33.89 
 
 
273 aa  98.2  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2751  diaminopimelate epimerase  30.2 
 
 
268 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  28.36 
 
 
284 aa  97.8  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  27.62 
 
 
334 aa  97.4  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  30.11 
 
 
286 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  31.69 
 
 
276 aa  97.1  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  30.8 
 
 
279 aa  96.7  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  26.71 
 
 
288 aa  95.5  7e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  28.1 
 
 
286 aa  94.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  27.01 
 
 
274 aa  94  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_002620  TC0714  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 
269 aa  94.4  2e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  29.89 
 
 
278 aa  93.6  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  25.63 
 
 
288 aa  92.8  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  26.88 
 
 
288 aa  92.4  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  26.35 
 
 
288 aa  92  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>