More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0127 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  100 
 
 
261 aa  538  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  57.42 
 
 
257 aa  298  5e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  53.64 
 
 
259 aa  286  2e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  54.26 
 
 
261 aa  276  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  51.91 
 
 
260 aa  268  5.9999999999999995e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  52.9 
 
 
264 aa  263  2e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  49.05 
 
 
258 aa  254  7e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  52.11 
 
 
261 aa  254  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  48.67 
 
 
261 aa  246  3e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  41.37 
 
 
274 aa  191  1e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  42.01 
 
 
268 aa  186  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  41.97 
 
 
270 aa  186  3e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  42.07 
 
 
268 aa  186  4e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000359695  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  42.34 
 
 
272 aa  183  3e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  41.6 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  38.38 
 
 
287 aa  178  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  42.16 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  41.54 
 
 
266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  37.28 
 
 
292 aa  169  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 
279 aa  156  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  39.34 
 
 
277 aa  155  6e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1798  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 
283 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000300974  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  36.04 
 
 
274 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1297  diaminopimelate epimerase  38.01 
 
 
282 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0270469  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  35.52 
 
 
284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  34.29 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09951  diaminopimelate epimerase  35.17 
 
 
284 aa  146  3e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.51158 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  35.25 
 
 
272 aa  144  1e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  35.51 
 
 
274 aa  142  4e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08761  diaminopimelate epimerase  34.72 
 
 
284 aa  142  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0472927  hitchhiker  0.000801401 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1814  diaminopimelate epimerase  35.84 
 
 
272 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  35.82 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  33.68 
 
 
276 aa  138  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2100  diaminopimelate epimerase  35.48 
 
 
272 aa  138  7e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  36 
 
 
279 aa  136  4e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  31.49 
 
 
282 aa  135  5e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  34.13 
 
 
288 aa  135  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  32.52 
 
 
277 aa  135  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 
284 aa  135  9e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  32.98 
 
 
323 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1516  diaminopimelate epimerase  36.58 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  31.23 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0561  diaminopimelate epimerase  37 
 
 
282 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00183817 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  33.8 
 
 
275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  33.22 
 
 
334 aa  132  5e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  31.96 
 
 
281 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1107  diaminopimelate epimerase  32.29 
 
 
355 aa  132  6e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134817  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  31.01 
 
 
290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  33 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1883  diaminopimelate epimerase  35.27 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  31.72 
 
 
289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1702  diaminopimelate epimerase  35.41 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  32.53 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  31.97 
 
 
291 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  31.29 
 
 
295 aa  129  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 
292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  30.93 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  30.93 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  33.11 
 
 
299 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  30.87 
 
 
289 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  31.25 
 
 
279 aa  128  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  30.54 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  31.82 
 
 
278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  32.3 
 
 
287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  32.2 
 
 
309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  30.85 
 
 
277 aa  125  5e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  31.63 
 
 
387 aa  125  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  30.04 
 
 
280 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  31.68 
 
 
294 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  31.42 
 
 
286 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0072  diaminopimelate epimerase  33.99 
 
 
247 aa  124  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  33.82 
 
 
274 aa  124  1e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  32.27 
 
 
278 aa  124  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1723  Diaminopimelate epimerase  31.96 
 
 
284 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.714915  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  31.65 
 
 
292 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  30.85 
 
 
277 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  30.85 
 
 
277 aa  123  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  31.97 
 
 
286 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  31.27 
 
 
286 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  30.17 
 
 
407 aa  123  3e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  31.29 
 
 
286 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0790  diaminopimelate epimerase  33.57 
 
 
276 aa  123  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  30.98 
 
 
292 aa  122  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0348  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 
249 aa  123  4e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  30.47 
 
 
277 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  30.3 
 
 
315 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  31 
 
 
296 aa  122  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  31.45 
 
 
281 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  29.29 
 
 
368 aa  122  8e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2006  diaminopimelate epimerase  31.23 
 
 
284 aa  122  8e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  31.94 
 
 
278 aa  121  9e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  32.86 
 
 
269 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0714  diaminopimelate epimerase  33.78 
 
 
269 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  32.07 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  31.45 
 
 
281 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  29.66 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  30.88 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2994  diaminopimelate epimerase  30.85 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0384566 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>