More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0755 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 292 aa  590  1e-167  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  44.44 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  38.57 
 
 		 260 aa  192  5e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  40.64 
 
 		 274 aa  182  6e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  38.08 
 
 		 270 aa  182  8.000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  37.68 
 
 		 268 aa  179  4e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000359695  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  37.14 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  37.02 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  39.15 
 
 		 257 aa  176  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  34.81 
 
 		 284 aa  176  6e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  40.94 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  34.17 
 
 		 261 aa  171  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  37.28 
 
 		 261 aa  169  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  38.71 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  36.56 
 
 		 264 aa  167  2e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  38.71 
 
 		 268 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  34.74 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  36.36 
 
 		 272 aa  162  7e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  36.88 
 
 		 261 aa  162  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  34.88 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  37.8 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  37.8 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  37.8 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  37.8 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  37.02 
 
 		 275 aa  158  8e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  38.14 
 
 		 275 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  37.8 
 
 		 275 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  37.8 
 
 		 275 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  36.91 
 
 		 288 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  37.37 
 
 		 279 aa  155  6e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  38.54 
 
 		 272 aa  155  1e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  36.12 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  37.28 
 
 		 275 aa  152  5e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  36.52 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  36.12 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  37.37 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  36.45 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  39.51 
 
 		 276 aa  151  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  36.12 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  36.12 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  36.12 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  36.12 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  36.55 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  37.36 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  42.47 
 
 		 279 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  37.04 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  35.29 
 
 		 278 aa  149  6e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  33.33 
 
 		 258 aa  148  9e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  35.86 
 
 		 387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  37.13 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  34.27 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  35.59 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  35.35 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  35.29 
 
 		 276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  36.03 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  35.64 
 
 		 309 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  35.64 
 
 		 309 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  37.59 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  36.42 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  37.46 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  35.36 
 
 		 261 aa  146  5e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  35.52 
 
 		 276 aa  145  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  36.21 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2345  diaminopimelate epimerase  32.08 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  35.96 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  35.79 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  40.69 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  36.95 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  35.99 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  36 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  35.03 
 
 		 279 aa  142  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  35.59 
 
 		 279 aa  142  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  34.49 
 
 		 276 aa  142  8e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  34.49 
 
 		 276 aa  142  8e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  35.74 
 
 		 283 aa  142  9e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0998  diaminopimelate epimerase  30.14 
 
 		 260 aa  142  9e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  36.04 
 
 		 269 aa  142  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  35.37 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  35.64 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  36.39 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0063  diaminopimelate epimerase  38.43 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  34.6 
 
 		 281 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1200  diaminopimelate epimerase  39.38 
 
 		 287 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0570214  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0445  diaminopimelate epimerase  37.88 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  30.17 
 
 		 286 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  34.83 
 
 		 274 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  34.81 
 
 		 281 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  34.83 
 
 		 274 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  36.52 
 
 		 278 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  34.83 
 
 		 274 aa  139  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  34.83 
 
 		 274 aa  139  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  34.83 
 
 		 274 aa  139  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>