109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2652 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  74.6 
 
 		 245 aa  393  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  74.6 
 
 		 245 aa  393  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 240 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  40.71 
 
 		 247 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  40.27 
 
 		 247 aa  158  6e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  33.93 
 
 		 247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  29.86 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  31.55 
 
 		 215 aa  108  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  29.41 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  27.27 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1643  repressor protein, putative  30.49 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.102671  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  38.81 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  37.12 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  29.07 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  27.05 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  35.61 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  26.45 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  28.04 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  27.27 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  32.59 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  32.28 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  30.48 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  32.12 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  32.12 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  39.52 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  26.47 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  24.14 
 
 		 225 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2378  bacteriophage CI repressor  31.72 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00068987  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0617  putative phage repressor  25.45 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1669  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 163 aa  65.1  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1158  transcriptional regulator, putative  27.46 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  33.61 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  25.32 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  25.11 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  34.21 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  35.29 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  29.71 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0717  phage repressor  27.23 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  30.14 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  23.4 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4500  putative phage repressor  27.83 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.145923 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  26.47 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  30.37 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  32.03 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  31.65 
 
 		 225 aa  58.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  30.23 
 
 		 229 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  37.17 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  33.33 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  23.47 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4549  putative phage repressor  26.61 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  26.79 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  24.77 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  25.69 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  25.74 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  30.69 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  30.3 
 
 		 144 aa  54.7  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  26.53 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  26.39 
 
 		 252 aa  53.5  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  27.55 
 
 		 233 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  30.16 
 
 		 219 aa  52.8  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  27.42 
 
 		 214 aa  52  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  26.13 
 
 		 219 aa  52  0.000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  30.23 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1124  putative phage repressor protein  26.56 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000298454  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  27.36 
 
 		 233 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  26.53 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  23.74 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0569  phage repressor protein, putative  35.23 
 
 		 244 aa  50.8  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.251206  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  25.96 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  26.13 
 
 		 214 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  25 
 
 		 236 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0316  putative phage repressor protein  34.78 
 
 		 244 aa  50.4  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00907838  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  25.96 
 
 		 229 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3398  putative phage repressor  36.36 
 
 		 280 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0077186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06231  hypothetical protein  41.94 
 
 		 139 aa  49.7  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2543  putative phage repressor  28.57 
 
 		 289 aa  49.7  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  24.56 
 
 		 302 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000476  hypothetical protein  41.27 
 
 		 137 aa  48.9  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0218  hypothetical protein  33.33 
 
 		 187 aa  48.9  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.201268  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1373  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 175 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.226433 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  26.28 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 209 aa  48.5  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  23.46 
 
 		 263 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  33.33 
 
 		 264 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  26.09 
 
 		 231 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0818  transcriptional regulator  21.86 
 
 		 211 aa  46.2  0.0004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.051861  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  31.58 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1013  DNA-binding protein  21.4 
 
 		 203 aa  46.2  0.0005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.149474  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  26.11 
 
 		 259 aa  45.8  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  25 
 
 		 225 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  26.62 
 
 		 237 aa  45.8  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  34.86 
 
 		 289 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131906  hitchhiker  0.000000754842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  32.52 
 
 		 289 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  32.52 
 
 		 289 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000855833  hitchhiker  0.0000527672 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  26.07 
 
 		 243 aa  45.4  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  25.68 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  28.64 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>