More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3660 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1148 aa  743    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  40.33 
 
 		 1164 aa  744    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  42.23 
 
 		 1148 aa  875    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  60.76 
 
 		 1157 aa  704    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1265 aa  2532    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1189 aa  652    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  34.87 
 
 		 1155 aa  658    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1169 aa  768    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1147 aa  698    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 		 1189 aa  648    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.7 
 
 		 1176 aa  808    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1207 aa  712    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1165 aa  696    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  39.48 
 
 		 1163 aa  648    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 		 1171 aa  638    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1189 aa  652    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.7 
 
 		 1176 aa  806    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.7 
 
 		 1178 aa  807    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.7 
 
 		 1176 aa  807    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1157 aa  652    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1153 aa  688    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  38.69 
 
 		 1153 aa  688    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1176 aa  815    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.72 
 
 		 1167 aa  684    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  42.64 
 
 		 1148 aa  902    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  43.86 
 
 		 1210 aa  819    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  34.63 
 
 		 1167 aa  682    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1178 aa  808    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  40.09 
 
 		 1146 aa  689    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1148 aa  744    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1188 aa  717    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1189 aa  652    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1198 aa  736    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 		 1179 aa  732    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1168 aa  748    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  41.78 
 
 		 1161 aa  735    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  39.64 
 
 		 1156 aa  657    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  40.1 
 
 		 1211 aa  754    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1192 aa  706    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  48.26 
 
 		 1234 aa  684    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  42.11 
 
 		 1216 aa  733    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  43.18 
 
 		 1158 aa  814    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  39.42 
 
 		 1212 aa  751    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1193 aa  665    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.7 
 
 		 1176 aa  806    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1189 aa  652    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  40.97 
 
 		 1153 aa  761    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1156 aa  675    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  41.72 
 
 		 1193 aa  726    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  48.37 
 
 		 1183 aa  740    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1157 aa  652    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  82.36 
 
 		 1246 aa  2033    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1208 aa  775    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1176 aa  716    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 		 1174 aa  641    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  38.56 
 
 		 1164 aa  655    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1148 aa  696    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1134 aa  692    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  37.72 
 
 		 1201 aa  658    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1160 aa  667    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  39.56 
 
 		 1179 aa  710    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  38.36 
 
 		 1166 aa  721    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.59 
 
 		 1169 aa  812    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1173 aa  704    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  39.12 
 
 		 1184 aa  640    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.51 
 
 		 1182 aa  749    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1149 aa  649    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  39.12 
 
 		 1157 aa  697    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1156 aa  662    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  40.1 
 
 		 1211 aa  754    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  38.92 
 
 		 1148 aa  725    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  40.1 
 
 		 1211 aa  756    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  39.4 
 
 		 1157 aa  731    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1155 aa  711    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.6 
 
 		 1162 aa  803    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  45.63 
 
 		 1162 aa  738    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  49.01 
 
 		 1143 aa  645    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  47.73 
 
 		 1180 aa  641    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  51.38 
 
 		 1159 aa  735    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1271 aa  656    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  39.08 
 
 		 1166 aa  651    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  39.86 
 
 		 1178 aa  709    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  49.86 
 
 		 1073 aa  692    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1185 aa  662    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 		 1168 aa  748    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1162 aa  733    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  45.82 
 
 		 1188 aa  649    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1165 aa  714    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1179 aa  729    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  37.93 
 
 		 1168 aa  715    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  39.58 
 
 		 1222 aa  712    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  39.81 
 
 		 1156 aa  662    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  41.21 
 
 		 1189 aa  769    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.56 
 
 		 1198 aa  719    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1137 aa  689    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  42.28 
 
 		 1192 aa  729    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  49.86 
 
 		 1177 aa  699    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1161 aa  650    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 		 1148 aa  744    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  41.47 
 
 		 1224 aa  756    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>