158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0030 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 447 aa  914    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  49.66 
 
 		 419 aa  367  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  43.6 
 
 		 440 aa  280  3e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  38.92 
 
 		 471 aa  269  8.999999999999999e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  36.58 
 
 		 432 aa  225  1e-57  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  32.06 
 
 		 453 aa  201  3e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.97 
 
 		 384 aa  199  6e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.44 
 
 		 429 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  34.82 
 
 		 412 aa  192  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  35.42 
 
 		 549 aa  189  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  30.46 
 
 		 436 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.09 
 
 		 400 aa  177  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  34.57 
 
 		 422 aa  177  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  30.73 
 
 		 416 aa  176  6e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  33.5 
 
 		 418 aa  176  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  33.5 
 
 		 418 aa  176  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  32.97 
 
 		 417 aa  160  3e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  29.61 
 
 		 415 aa  156  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  30.92 
 
 		 416 aa  151  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  31.35 
 
 		 451 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  28.48 
 
 		 438 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.09 
 
 		 428 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  25.46 
 
 		 420 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  27.98 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  28.22 
 
 		 405 aa  126  8.000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  25.55 
 
 		 412 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  30.21 
 
 		 424 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 		 456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  25.83 
 
 		 453 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  29.77 
 
 		 422 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  34.2 
 
 		 411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  28.21 
 
 		 430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.11 
 
 		 412 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  26.02 
 
 		 483 aa  111  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.07 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.17 
 
 		 620 aa  109  8.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  29.18 
 
 		 429 aa  109  9.000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  32.68 
 
 		 511 aa  108  3e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.98 
 
 		 428 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 485 aa  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.73 
 
 		 565 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  30.15 
 
 		 476 aa  102  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  34.97 
 
 		 211 aa  102  2e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 285 aa  99.8  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  26.44 
 
 		 412 aa  94  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  23.78 
 
 		 412 aa  93.2  8e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 		 397 aa  93.2  9e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.06 
 
 		 429 aa  90.5  5e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.59 
 
 		 456 aa  90.5  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  41.3 
 
 		 398 aa  89.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.34 
 
 		 385 aa  88.2  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  24.41 
 
 		 401 aa  88.6  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  27.23 
 
 		 400 aa  88.2  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  24.94 
 
 		 446 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  35.42 
 
 		 450 aa  82  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  25.71 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  25.71 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.11 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.35 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.26 
 
 		 425 aa  80.1  0.00000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  23.54 
 
 		 458 aa  79.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  27.19 
 
 		 428 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  22.47 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.85 
 
 		 413 aa  78.6  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.5 
 
 		 378 aa  78.6  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.23 
 
 		 457 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  30.63 
 
 		 415 aa  76.3  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  24.84 
 
 		 426 aa  75.5  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.5 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  24.84 
 
 		 409 aa  75.1  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.16 
 
 		 427 aa  74.3  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  24.77 
 
 		 438 aa  73.2  0.000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.69 
 
 		 424 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.51 
 
 		 373 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  34.62 
 
 		 401 aa  70.9  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 		 413 aa  70.5  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  20.46 
 
 		 438 aa  70.5  0.00000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  29.05 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  27.62 
 
 		 439 aa  69.7  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  27.46 
 
 		 387 aa  69.3  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  29.49 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.64 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.18 
 
 		 453 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  23.63 
 
 		 500 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.92 
 
 		 413 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.89 
 
 		 528 aa  63.9  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  21.49 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  27.38 
 
 		 453 aa  63.5  0.000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  19.96 
 
 		 460 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  28.45 
 
 		 575 aa  62.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  25.71 
 
 		 403 aa  62.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  19.73 
 
 		 426 aa  62  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 386 aa  62.4  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.79 
 
 		 408 aa  61.2  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  24.79 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.8 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 		 425 aa  60.5  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 406 aa  60.5  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>