More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1554 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  100 
 
 		 354 aa  724    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  38.66 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  39.42 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  38.33 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  36.18 
 
 		 327 aa  203  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  38.89 
 
 		 339 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  36.99 
 
 		 330 aa  200  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  40.45 
 
 		 323 aa  198  9e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  41.55 
 
 		 380 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  37.36 
 
 		 339 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  36.44 
 
 		 328 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  36.26 
 
 		 348 aa  185  9e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  35.67 
 
 		 340 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  39.71 
 
 		 356 aa  179  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  38.69 
 
 		 375 aa  179  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  39.45 
 
 		 374 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  40.34 
 
 		 395 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  35.73 
 
 		 340 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  35.45 
 
 		 347 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  35.28 
 
 		 366 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  38.23 
 
 		 374 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  37.88 
 
 		 374 aa  173  5e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  33.8 
 
 		 413 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  33.52 
 
 		 347 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  33.52 
 
 		 347 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  32.95 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  34.42 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  35.12 
 
 		 352 aa  170  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  33.42 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  38.36 
 
 		 222 aa  165  9e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  31.96 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  31.92 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  31.77 
 
 		 373 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  33.05 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  31.44 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  36.27 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  29.23 
 
 		 381 aa  143  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  34.07 
 
 		 359 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  31.85 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  34.5 
 
 		 251 aa  127  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  29.2 
 
 		 321 aa  126  7e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  30 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  31.58 
 
 		 531 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  30.17 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  30.97 
 
 		 571 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  26.85 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  30 
 
 		 365 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  25.83 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  27.45 
 
 		 398 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  30.38 
 
 		 401 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  27.64 
 
 		 337 aa  106  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  29.39 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  29.23 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  29.23 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  29 
 
 		 412 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  28.57 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  27.01 
 
 		 389 aa  100  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.39 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  30.79 
 
 		 351 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  28.74 
 
 		 404 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  25.68 
 
 		 357 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  32.88 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  25.68 
 
 		 380 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  25.48 
 
 		 362 aa  96.3  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  26.5 
 
 		 368 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.75 
 
 		 402 aa  95.5  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  26.63 
 
 		 380 aa  95.1  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  24.93 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.52 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  28.85 
 
 		 405 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  26.96 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.63 
 
 		 429 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  30.18 
 
 		 334 aa  94  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  30.37 
 
 		 204 aa  93.2  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  23.22 
 
 		 356 aa  92.8  8e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  30.77 
 
 		 386 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  38.61 
 
 		 172 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  27.4 
 
 		 421 aa  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  25 
 
 		 365 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  23.98 
 
 		 361 aa  90.5  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  31.08 
 
 		 387 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  25.36 
 
 		 365 aa  89  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  27.35 
 
 		 343 aa  89.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  31.5 
 
 		 278 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  36.36 
 
 		 159 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  28.31 
 
 		 341 aa  87.8  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  24.63 
 
 		 365 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  38.12 
 
 		 372 aa  87  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  26.5 
 
 		 365 aa  86.3  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  27.23 
 
 		 379 aa  85.9  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  26.29 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  30.99 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  27.05 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  27.05 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3424  integrase family protein  27.86 
 
 		 437 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  29.91 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  30.04 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  30.04 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  30.04 
 
 		 354 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  28.77 
 
 		 415 aa  82  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>