More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4248 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  96.98 
 
 		 298 aa  590  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  96.64 
 
 		 298 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  91.28 
 
 		 298 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 		 298 aa  340  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 299 aa  340  2e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 316 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 308 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 313 aa  315  6e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 299 aa  312  4.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 299 aa  308  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 299 aa  305  6e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  56.61 
 
 		 301 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  56.23 
 
 		 302 aa  300  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  57.29 
 
 		 301 aa  297  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  56.46 
 
 		 302 aa  294  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 296 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 317 aa  285  5e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 310 aa  277  1e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.76 
 
 		 301 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 296 aa  275  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 301 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 307 aa  262  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 312 aa  261  8e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 298 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 342 aa  255  7e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  47.24 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 303 aa  241  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 308 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 294 aa  231  8.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  47.04 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 300 aa  218  7.999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  43.23 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 296 aa  206  4e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  38.87 
 
 		 290 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  36.4 
 
 		 288 aa  201  8e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.56 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.04 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 335 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 289 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.27 
 
 		 290 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.68 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 296 aa  193  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  37.68 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>