119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1822 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  64.12 
 
 		 757 aa  987    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 756 aa  1538    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  68.87 
 
 		 761 aa  1096    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  64.55 
 
 		 754 aa  1010    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  48.7 
 
 		 864 aa  665    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  65.56 
 
 		 753 aa  1024    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  37.38 
 
 		 786 aa  442  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  32.83 
 
 		 793 aa  391  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 866 aa  277  6e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 798 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  28.26 
 
 		 798 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 798 aa  234  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 798 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 798 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 835 aa  228  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 814 aa  228  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 798 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 798 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 798 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 882 aa  216  8e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 836 aa  213  9e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  25.74 
 
 		 959 aa  200  7e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 812 aa  196  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 870 aa  188  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  25.12 
 
 		 831 aa  155  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 798 aa  144  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 875 aa  130  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 		 815 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 		 923 aa  114  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 838 aa  109  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 879 aa  103  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  26.11 
 
 		 711 aa  58.5  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 777 aa  57.4  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  27.04 
 
 		 742 aa  56.6  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  27.04 
 
 		 738 aa  56.6  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  27.04 
 
 		 742 aa  55.1  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  31.58 
 
 		 708 aa  55.1  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 718 aa  53.1  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  25.73 
 
 		 707 aa  53.1  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 749 aa  53.5  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0106  TonB-dependent siderophore receptor  26.09 
 
 		 728 aa  52.4  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  27.18 
 
 		 922 aa  52  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  26.96 
 
 		 680 aa  51.6  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.77 
 
 		 705 aa  51.6  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 751 aa  50.8  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  24.23 
 
 		 699 aa  50.8  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2242  outer membrane receptor FepA  26.61 
 
 		 744 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.620188 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  21.58 
 
 		 798 aa  50.1  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  27.15 
 
 		 623 aa  49.3  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3196  TonB-dependent siderophore receptor  26.71 
 
 		 803 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222384  normal  0.197486 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 		 704 aa  49.7  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.85 
 
 		 694 aa  49.7  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2121  TonB-dependent siderophore receptor  24.42 
 
 		 722 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0440064  normal  0.552205 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 783 aa  49.3  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52230  outer membrane receptor FepA  27.53 
 
 		 742 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.267722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3430  outer membrane receptor FepA  25.31 
 
 		 759 aa  49.3  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3544  TonB-dependent siderophore receptor  26.42 
 
 		 844 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  21.63 
 
 		 715 aa  48.5  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 748 aa  48.5  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 748 aa  48.5  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 641 aa  48.5  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 730 aa  48.5  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  24.03 
 
 		 723 aa  48.1  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 749 aa  47.8  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4579  outer membrane receptor FepA  26.97 
 
 		 742 aa  47.4  0.0009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 740 aa  47.4  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 1017 aa  47  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25 
 
 		 783 aa  47.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 713 aa  47.4  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  28.04 
 
 		 623 aa  47  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  26.46 
 
 		 655 aa  47  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  26.22 
 
 		 638 aa  46.2  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  24.85 
 
 		 634 aa  46.6  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  22.45 
 
 		 634 aa  46.6  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0114  TonB-dependent siderophore receptor  25.38 
 
 		 728 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 720 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 737 aa  46.6  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  29.29 
 
 		 628 aa  46.6  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0846  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 		 841 aa  46.6  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3496  outer membrane receptor FepA  27.92 
 
 		 744 aa  46.6  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 886 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 720 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4286  TonB-dependent siderophore receptor  25.38 
 
 		 728 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  24.31 
 
 		 682 aa  46.6  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 886 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 720 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4426  TonB-dependent siderophore receptor  25.38 
 
 		 728 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 720 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0860  TonB-dependent siderophore receptor  25.91 
 
 		 841 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4894  TonB-dependent siderophore receptor  31.91 
 
 		 714 aa  46.6  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142345  normal  0.811526 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  36.79 
 
 		 943 aa  45.8  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 627 aa  45.4  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  31.19 
 
 		 1048 aa  45.8  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 724 aa  45.8  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 724 aa  45.8  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 720 aa  45.8  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1870  outer membrane receptor FepA  27.03 
 
 		 744 aa  45.8  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 710 aa  45.4  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 925 aa  45.4  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 737 aa  45.4  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>