More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4968 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 		 566 aa  1135    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  94.35 
 
 		 566 aa  1052    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  70.07 
 
 		 567 aa  778    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  86.22 
 
 		 566 aa  952    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.22 
 
 		 561 aa  618  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  53.51 
 
 		 561 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.95 
 
 		 558 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  54.04 
 
 		 562 aa  557  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  52.94 
 
 		 560 aa  532  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.14 
 
 		 629 aa  449  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.7 
 
 		 575 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.61 
 
 		 560 aa  429  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.67 
 
 		 567 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.22 
 
 		 558 aa  426  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.03 
 
 		 567 aa  428  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.15 
 
 		 556 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.34 
 
 		 560 aa  421  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.49 
 
 		 560 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  38.49 
 
 		 560 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  37.43 
 
 		 562 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.49 
 
 		 560 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.4 
 
 		 561 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.22 
 
 		 561 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  37.66 
 
 		 562 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  38.49 
 
 		 560 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.04 
 
 		 561 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.22 
 
 		 561 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.85 
 
 		 563 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.26 
 
 		 577 aa  414  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.04 
 
 		 561 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.02 
 
 		 562 aa  410  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  23.53 
 
 		 668 aa  190  7e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  26.35 
 
 		 692 aa  188  2e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  24.39 
 
 		 681 aa  187  6e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  26.2 
 
 		 688 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  26.2 
 
 		 688 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  23.53 
 
 		 669 aa  179  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  26.76 
 
 		 694 aa  176  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  26.46 
 
 		 699 aa  176  9.999999999999999e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  24.31 
 
 		 684 aa  174  2.9999999999999996e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  26.72 
 
 		 670 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  26.77 
 
 		 712 aa  173  7.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  24.66 
 
 		 680 aa  172  1e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  27.07 
 
 		 674 aa  170  6e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  26.69 
 
 		 673 aa  170  7e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  26.92 
 
 		 675 aa  169  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  21.91 
 
 		 675 aa  169  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  26.09 
 
 		 676 aa  167  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  26.42 
 
 		 677 aa  167  5e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.54 
 
 		 660 aa  167  6.9999999999999995e-40  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  27.42 
 
 		 681 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.61 
 
 		 693 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  23.92 
 
 		 670 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  25.09 
 
 		 680 aa  166  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  25.38 
 
 		 667 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  25.68 
 
 		 680 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  26.16 
 
 		 680 aa  163  6e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  24.22 
 
 		 663 aa  162  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1554  DNA ligase, NAD-dependent  25.91 
 
 		 664 aa  162  2e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.344764  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  25.86 
 
 		 675 aa  161  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  25.35 
 
 		 670 aa  160  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  23.62 
 
 		 665 aa  160  5e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  25.48 
 
 		 666 aa  160  5e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.03 
 
 		 671 aa  160  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  25.88 
 
 		 684 aa  160  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3499  DNA ligase, NAD-dependent  25.21 
 
 		 700 aa  160  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0569727 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.61 
 
 		 669 aa  160  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.03 
 
 		 671 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.24 
 
 		 671 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.03 
 
 		 671 aa  160  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  25.72 
 
 		 678 aa  160  8e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.72 
 
 		 670 aa  160  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  25.67 
 
 		 673 aa  159  9e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  22.45 
 
 		 662 aa  159  9e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.47 
 
 		 671 aa  159  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  25.47 
 
 		 671 aa  159  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.96 
 
 		 669 aa  159  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.24 
 
 		 671 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.47 
 
 		 671 aa  159  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.47 
 
 		 671 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.47 
 
 		 671 aa  158  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6046  DNA ligase, NAD-dependent  29.15 
 
 		 751 aa  159  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  25.47 
 
 		 671 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.47 
 
 		 671 aa  159  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.61 
 
 		 669 aa  158  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.44 
 
 		 669 aa  158  3e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.27 
 
 		 669 aa  158  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.78 
 
 		 669 aa  157  4e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  25.48 
 
 		 677 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.68 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.3 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.42 
 
 		 670 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.44 
 
 		 669 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  25.75 
 
 		 674 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  23.46 
 
 		 668 aa  156  7e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.56 
 
 		 669 aa  157  7e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  26.49 
 
 		 684 aa  156  7e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.1 
 
 		 669 aa  156  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.1 
 
 		 669 aa  156  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.1 
 
 		 669 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>