More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0382 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  100 
 
 		 561 aa  1141    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  84.85 
 
 		 561 aa  962    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  63.22 
 
 		 558 aa  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  54.13 
 
 		 566 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  53.49 
 
 		 567 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  54.33 
 
 		 566 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  56.16 
 
 		 560 aa  605  9.999999999999999e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  53.91 
 
 		 562 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  52.94 
 
 		 566 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.12 
 
 		 563 aa  499  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.02 
 
 		 560 aa  488  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.59 
 
 		 567 aa  480  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.65 
 
 		 567 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.65 
 
 		 558 aa  479  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.91 
 
 		 575 aa  481  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.93 
 
 		 562 aa  476  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.09 
 
 		 561 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.73 
 
 		 561 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.73 
 
 		 561 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.91 
 
 		 561 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.54 
 
 		 561 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.67 
 
 		 556 aa  444  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.59 
 
 		 562 aa  442  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.68 
 
 		 629 aa  444  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.75 
 
 		 560 aa  443  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.59 
 
 		 560 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  41.59 
 
 		 560 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.59 
 
 		 562 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  41.59 
 
 		 560 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.59 
 
 		 560 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.77 
 
 		 577 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  25.22 
 
 		 663 aa  191  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  29.34 
 
 		 693 aa  187  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  25 
 
 		 688 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  25 
 
 		 688 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  23.81 
 
 		 681 aa  183  7e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  27.39 
 
 		 691 aa  182  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  26.75 
 
 		 675 aa  178  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  23.32 
 
 		 668 aa  178  2e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  25.27 
 
 		 692 aa  176  9e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  26.04 
 
 		 667 aa  174  5e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  24.01 
 
 		 670 aa  174  5e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  25.56 
 
 		 673 aa  173  5.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  25.56 
 
 		 673 aa  172  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  25.51 
 
 		 675 aa  172  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  24.91 
 
 		 680 aa  171  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.44 
 
 		 670 aa  169  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.22 
 
 		 670 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  22.77 
 
 		 669 aa  168  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  24.75 
 
 		 684 aa  169  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  24.4 
 
 		 673 aa  169  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.22 
 
 		 670 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.22 
 
 		 670 aa  169  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.55 
 
 		 673 aa  168  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0004  DNA ligase, NAD-dependent  26.44 
 
 		 675 aa  167  6.9999999999999995e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.72 
 
 		 671 aa  166  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.72 
 
 		 671 aa  166  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.72 
 
 		 671 aa  166  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.72 
 
 		 671 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  25.72 
 
 		 671 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  25.72 
 
 		 671 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.72 
 
 		 671 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  26.53 
 
 		 672 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  25.04 
 
 		 671 aa  166  1.0000000000000001e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.72 
 
 		 671 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.47 
 
 		 776 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.63 
 
 		 776 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.8 
 
 		 776 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  26.45 
 
 		 684 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.16 
 
 		 693 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  23.88 
 
 		 670 aa  165  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  23.91 
 
 		 675 aa  165  2.0000000000000002e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.05 
 
 		 776 aa  165  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  24.01 
 
 		 670 aa  164  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  26.98 
 
 		 673 aa  164  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  25.48 
 
 		 666 aa  164  4.0000000000000004e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  24.26 
 
 		 673 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1672  DNA ligase, NAD-dependent  26.32 
 
 		 740 aa  163  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.672303  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  25.13 
 
 		 675 aa  163  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.3 
 
 		 671 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.3 
 
 		 671 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.3 
 
 		 671 aa  163  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  25.59 
 
 		 703 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.3 
 
 		 671 aa  163  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  24.37 
 
 		 699 aa  162  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  26.88 
 
 		 712 aa  162  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  26.32 
 
 		 731 aa  162  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2645  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.42 
 
 		 710 aa  162  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  25.89 
 
 		 673 aa  162  2e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  25.62 
 
 		 690 aa  162  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.74 
 
 		 681 aa  162  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  22.57 
 
 		 662 aa  161  3e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.73 
 
 		 671 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  25.39 
 
 		 671 aa  161  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  24 
 
 		 680 aa  160  6e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.97 
 
 		 669 aa  160  7e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.21 
 
 		 671 aa  160  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  26.59 
 
 		 691 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.14 
 
 		 669 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  26.59 
 
 		 691 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>