More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3981 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  97.14 
 
 
560 aa  1114    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  96.96 
 
 
560 aa  1112    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.69 
 
 
561 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  97.14 
 
 
560 aa  1114    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  59.27 
 
 
556 aa  696    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  97.14 
 
 
560 aa  1114    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.16 
 
 
561 aa  810    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 
560 aa  1143    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  97.14 
 
 
562 aa  1112    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  96.79 
 
 
577 aa  1107    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.34 
 
 
561 aa  813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.52 
 
 
561 aa  811    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.52 
 
 
561 aa  811    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  96.96 
 
 
562 aa  1110    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.48 
 
 
563 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.57 
 
 
560 aa  498  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.3 
 
 
562 aa  497  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.96 
 
 
575 aa  492  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.15 
 
 
567 aa  488  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.15 
 
 
567 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.29 
 
 
558 aa  483  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 
558 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  40.75 
 
 
561 aa  435  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.65 
 
 
561 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.78 
 
 
566 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.19 
 
 
567 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.82 
 
 
566 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.53 
 
 
562 aa  421  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.27 
 
 
566 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.68 
 
 
560 aa  405  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.27 
 
 
629 aa  375  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  25.21 
 
 
680 aa  157  6e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  24.57 
 
 
667 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  25 
 
 
692 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  24.27 
 
 
699 aa  142  9.999999999999999e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.67 
 
 
660 aa  140  7.999999999999999e-32  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  24.17 
 
 
688 aa  139  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  24.17 
 
 
688 aa  139  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  25.43 
 
 
684 aa  138  2e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0673  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.6 
 
 
651 aa  137  4e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  23.04 
 
 
667 aa  137  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  23.04 
 
 
667 aa  137  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  23.41 
 
 
665 aa  136  8e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  25.78 
 
 
680 aa  135  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  24.37 
 
 
668 aa  134  5e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  22.84 
 
 
670 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  24.11 
 
 
676 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  23.05 
 
 
668 aa  131  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf373  DNA ligase  24.54 
 
 
665 aa  131  3e-29  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000122507  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1227  DNA ligase, NAD-dependent  26.21 
 
 
656 aa  131  4.0000000000000003e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  24.78 
 
 
685 aa  131  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  24.47 
 
 
663 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  22.78 
 
 
662 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  23.85 
 
 
673 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  23.46 
 
 
674 aa  128  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0011  DNA ligase, NAD-dependent  25.37 
 
 
794 aa  127  6e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.996124  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  25.26 
 
 
708 aa  127  7e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  23.02 
 
 
681 aa  127  8.000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  26.4 
 
 
677 aa  125  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.69 
 
 
670 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  22.09 
 
 
677 aa  125  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  25.61 
 
 
686 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  23.74 
 
 
673 aa  125  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1017  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.68 
 
 
645 aa  124  4e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.682519  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1371  DNA ligase, NAD-dependent  22.06 
 
 
648 aa  124  5e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00123694  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  26.33 
 
 
795 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  23.72 
 
 
668 aa  123  8e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  25.67 
 
 
669 aa  123  9e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.01 
 
 
652 aa  123  9.999999999999999e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  23.71 
 
 
670 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1554  DNA ligase, NAD-dependent  25.18 
 
 
664 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.344764  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  24.21 
 
 
661 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0689  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.81 
 
 
647 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0696  DNA ligase, NAD-dependent  24.54 
 
 
684 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.266157  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  24.91 
 
 
685 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  24.44 
 
 
670 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  23.91 
 
 
675 aa  121  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  24.02 
 
 
672 aa  121  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0728  DNA ligase, NAD-dependent  25.86 
 
 
687 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  25.19 
 
 
694 aa  121  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  24.05 
 
 
675 aa  120  4.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1084  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.95 
 
 
700 aa  120  6e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.419808  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0136  DNA ligase, NAD-dependent  21.62 
 
 
673 aa  120  6e-26  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.145225  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  26.64 
 
 
668 aa  120  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  24.6 
 
 
673 aa  120  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  23.61 
 
 
670 aa  120  7e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.75 
 
 
670 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  24.47 
 
 
715 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  22.86 
 
 
671 aa  120  9e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1083  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.79 
 
 
647 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.88186  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  21.9 
 
 
676 aa  119  9.999999999999999e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  22.81 
 
 
664 aa  119  9.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0423  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.37 
 
 
660 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0729  DNA ligase, NAD-dependent  26.48 
 
 
687 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  25.13 
 
 
741 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  23.95 
 
 
680 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0614  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.63 
 
 
647 aa  119  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  23.58 
 
 
677 aa  118  3e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  24.03 
 
 
680 aa  118  3e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1762  DNA ligase, NAD-dependent  25.84 
 
 
720 aa  118  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654069  normal  0.115232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>