More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5017 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  86.22 
 
 		 566 aa  969    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  67.74 
 
 		 567 aa  753    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 		 566 aa  1130    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  84.81 
 
 		 566 aa  952    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.84 
 
 		 558 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  54.14 
 
 		 561 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  52.35 
 
 		 561 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  53.39 
 
 		 562 aa  548  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  53.49 
 
 		 560 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.46 
 
 		 629 aa  437  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.39 
 
 		 575 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.18 
 
 		 560 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  39.41 
 
 		 560 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  39.18 
 
 		 560 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.48 
 
 		 562 aa  424  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.48 
 
 		 562 aa  425  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.18 
 
 		 560 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.11 
 
 		 556 aa  423  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.39 
 
 		 567 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.74 
 
 		 567 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.92 
 
 		 577 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.27 
 
 		 560 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.1 
 
 		 558 aa  418  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.49 
 
 		 560 aa  418  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.89 
 
 		 561 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.22 
 
 		 561 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.11 
 
 		 561 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.41 
 
 		 561 aa  412  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.93 
 
 		 561 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.78 
 
 		 563 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.21 
 
 		 562 aa  394  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  24.52 
 
 		 681 aa  187  4e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  23.48 
 
 		 668 aa  187  5e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  25.3 
 
 		 692 aa  186  1.0000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  26.03 
 
 		 688 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  26.03 
 
 		 688 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  26.96 
 
 		 673 aa  182  1e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  24.82 
 
 		 699 aa  176  9e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  26.6 
 
 		 667 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  25.42 
 
 		 680 aa  173  5.999999999999999e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  28.15 
 
 		 674 aa  172  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  27.07 
 
 		 675 aa  171  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  22.55 
 
 		 675 aa  171  3e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  26.29 
 
 		 680 aa  170  5e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  25.09 
 
 		 663 aa  170  6e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  27.06 
 
 		 712 aa  169  9e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  25.56 
 
 		 684 aa  169  1e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  23.94 
 
 		 669 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.78 
 
 		 660 aa  167  5.9999999999999996e-40  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  26.51 
 
 		 676 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  27.62 
 
 		 666 aa  166  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  21.59 
 
 		 662 aa  163  7e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  25.29 
 
 		 694 aa  160  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.76 
 
 		 693 aa  160  5e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf373  DNA ligase  23.99 
 
 		 665 aa  160  5e-38  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000122507  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  22.68 
 
 		 665 aa  159  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.19 
 
 		 669 aa  159  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  24.7 
 
 		 684 aa  158  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  22.53 
 
 		 670 aa  158  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.98 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  25.73 
 
 		 673 aa  157  4e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.15 
 
 		 670 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  23.21 
 
 		 667 aa  157  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  27.24 
 
 		 672 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  23.21 
 
 		 667 aa  157  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.67 
 
 		 669 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.34 
 
 		 671 aa  157  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  25.34 
 
 		 671 aa  157  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.34 
 
 		 671 aa  157  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.33 
 
 		 669 aa  157  6e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.03 
 
 		 776 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6046  DNA ligase, NAD-dependent  28.54 
 
 		 751 aa  156  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.31 
 
 		 652 aa  156  1e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  26.81 
 
 		 681 aa  156  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.16 
 
 		 669 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.06 
 
 		 671 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.06 
 
 		 671 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.17 
 
 		 671 aa  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  23.22 
 
 		 668 aa  155  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.06 
 
 		 671 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  25.17 
 
 		 671 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.17 
 
 		 671 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  27.77 
 
 		 674 aa  155  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.17 
 
 		 671 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  25.04 
 
 		 670 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.06 
 
 		 671 aa  155  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.3 
 
 		 670 aa  154  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  25.39 
 
 		 680 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.06 
 
 		 671 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  24.66 
 
 		 671 aa  154  5.9999999999999996e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.83 
 
 		 776 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.98 
 
 		 669 aa  153  8e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  25 
 
 		 671 aa  153  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  25.63 
 
 		 673 aa  152  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  25.64 
 
 		 677 aa  152  2e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.16 
 
 		 669 aa  152  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  23.49 
 
 		 671 aa  152  2e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.64 
 
 		 669 aa  152  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.64 
 
 		 669 aa  152  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.64 
 
 		 669 aa  152  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>